RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 MICAL3Q7RTP6 2002 aa21.33■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 FRMPD4Q14CM0 1322 aa21.33■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 CYTH3O43739 400 aa21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 POU3F3P20264 500 aaPredicted RBP21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 IGFBP4P22692 258 aa21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 KIAA0753Q2KHM9 967 aa21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 SLC35G1Q2M3R5 365 aa21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 GNPTABQ3T906 1256 aa21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 PPP1R13LQ8WUF5 828 aa21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 TSPYL2Q9H2G4 693 aaPredicted RBP21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 HDAC6Q9UBN7 1215 aa21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 PRRC2BQ5JSZ5 2229 aaKnown RBP21.32■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 MUC3AQ02505 3323 aa21.31■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 EFCAB14O75071 495 aa21.31■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 CXCL10P02778 98 aa21.31■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 HOXA13P31271 388 aaPredicted RBP21.31■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 KCNJ6P48051 423 aa21.31■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 HERC6Q8IVU3 1022 aa21.31■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 MB21D2Q8IYB1 491 aaPredicted RBP21.31■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 IGDCC4Q8TDY8 1250 aa21.31■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 SPATA33Q96N06 139 aa21.31■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 DDAH1O94760 285 aa21.3■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 GGPS1O95749 300 aa21.3■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 CA3P07451 260 aa21.3■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 CKBP12277 381 aa21.3■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 MYOGP15173 224 aa21.3■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 KIF5BP33176 963 aa21.3■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 CNKSR3Q6P9H4 555 aa21.3■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 TMTC2Q8N394 836 aa21.3■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 DHX38Q92620 1227 aaKnown RBP21.3■■□□□ 1
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CLN3-241ENST00000635861 SPZ1Q9BXG8 430 aa21.3■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 SIP14410 1827 aa21.3■■□□□ 1
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CLN3-241ENST00000635861 ICAM3P32942 547 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 HSDL1Q3SXM5 330 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 CTCFLQ8NI51 663 aaPredicted RBP21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 PPM1EQ8WY54 764 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 ALG1Q9BT22 464 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 MLXIPQ9HAP2 919 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 SENP2Q9HC62 589 aa21.29■■□□□ 1
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CLN3-241ENST00000635861 BDP1A6H8Y1 2624 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 ZNF286BP0CG31 522 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 GNAQP50148 359 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 ANTXR2P58335 489 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 CASC1Q6TDU7 716 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 FCHSD1Q86WN1 690 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 IL31RAQ8NI17 732 aa21.29■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 ABHD14A-ACY1A0A1B0GW23 586 aa21.28■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 GTPBP6O43824 516 aaPredicted RBP21.28■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 WDR5P61964 334 aaKnown RBP21.28■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 MRPS5P82675 430 aaKnown RBP21.28■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 NEDD9Q14511 834 aa21.28■■□□□ 1
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CLN3-241ENST00000635861 XRRA1Q6P2D8 792 aa21.28■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 ZNF654Q8IZM8 581 aa21.28■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 RRP36Q96EU6 259 aaKnown RBP21.28■■□□□ 1
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CLN3-241ENST00000635861 LY9Q9HBG7 655 aa21.28■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 TAF6LQ9Y6J9 622 aa21.28■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 COL4A4P53420 1690 aaPredicted RBP21.28■■□□□ 1
CLN3-241ENST00000635861 EMSYQ7Z589 1322 aa21.27■■□□□ 1
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CLN3-241ENST00000635861 SP2Q02086 613 aa21.27■■□□□ 1
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CLN3-241ENST00000635861 C16orf70Q9BSU1 422 aa21.27■■□□□ 1
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CLN3-241ENST00000635861 TLL1O43897 1013 aa21.26■□□□□ 0.99
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CLN3-241ENST00000635861 CALM2P0DP24 149 aa21.26■□□□□ 0.99
CLN3-241ENST00000635861 CALM3P0DP25 149 aa21.26■□□□□ 0.99
CLN3-241ENST00000635861 TAP1Q03518 808 aa21.26■□□□□ 0.99
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CLN3-241ENST00000635861 H3BRB1 525 aa21.25■□□□□ 0.99
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CLN3-241ENST00000635861 CCDC85BQ15834 202 aaPredicted RBP21.25■□□□□ 0.99
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CLN3-241ENST00000635861 AAK1Q2M2I8 961 aa21.24■□□□□ 0.99
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