RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000468534.1

CCDC88A-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88A, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88A, Length 536 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88A-210ENST00000468534 FBXL7Q9UJT9 491 aa6.57□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 DDX3XO00571 662 aaKnown RBP eCLIP6.56□□□□□ -1.36
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CCDC88A-210ENST00000468534 ITGA1P56199 1179 aa6.56□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 MROH9Q5TGP6 573 aa6.56□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 PPIL6Q8IXY8 311 aa6.56□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 ZSWIM3Q96MP5 696 aa6.56□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 PCDH18Q9HCL0 1135 aa6.56□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 SMPD4Q9NXE4 827 aa6.56□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 COA3Q9Y2R0 106 aaPredicted RBP6.56□□□□□ -1.36
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CCDC88A-210ENST00000468534 SUSD5O60279 629 aa6.55□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 ITGB3P05106 788 aa6.55□□□□□ -1.36
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CCDC88A-210ENST00000468534 E4F1Q66K89 784 aaPredicted RBP6.55□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 FAM126BQ8IXS8 530 aa6.55□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 TTLL6Q8N841 843 aa6.55□□□□□ -1.36
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CCDC88A-210ENST00000468534 PCDHA2Q9Y5H9 948 aa6.55□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 ZNF536O15090 1300 aa6.54□□□□□ -1.36
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CCDC88A-210ENST00000468534 MARCH6O60337 910 aa6.54□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 LCP1P13796 627 aa6.54□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 HOXC12P31275 282 aa6.54□□□□□ -1.36
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CCDC88A-210ENST00000468534 GTF2A2P52657 109 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 NKX3-2P78367 333 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 ADAM17P78536 824 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 KIAA2012Q0VF49 1180 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 CR1LQ2VPA4 569 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 TBC1D10BQ4KMP7 808 aaPredicted RBP6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 TNNI3KQ59H18 835 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 FAM26FQ5R3K3 315 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 BORAQ6PGQ7 559 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 FAM124AQ86V42 546 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 LGI4Q8N135 537 aa6.53□□□□□ -1.36
CCDC88A-210ENST00000468534 MICAL1Q8TDZ2 1067 aa6.53□□□□□ -1.36
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CCDC88A-210ENST00000468534 Q8N1Y9 231 aa6.52□□□□□ -1.37
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CCDC88A-210ENST00000468534 C8orf49Q96NF6 230 aa6.52□□□□□ -1.37
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CCDC88A-210ENST00000468534 MYH16Q9H6N6 1097 aa6.52□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 CLDND1Q9NY35 253 aa6.52□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 MYRFQ9Y2G1 1151 aa6.52□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 PCDHB4Q9Y5E5 795 aa6.52□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 HGSO14964 777 aaPredicted RBP6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 CPP00450 1065 aa6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 CYP1A1P04798 512 aaPredicted RBP6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 SCG5P05408 212 aa6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 LTBRP36941 435 aa6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 GFRA1P56159 465 aa6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 LSAMPQ13449 338 aa6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 PRR31Q5SQ13 230 aa6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 TOE1Q96GM8 510 aaKnown RBP6.51□□□□□ -1.37
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CCDC88A-210ENST00000468534 CROTQ9UKG9 612 aa6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 ZNF652Q9Y2D9 606 aa6.51□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 CHRNA2Q15822 529 aa6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 FXNQ16595 210 aa6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 ACBD5Q5T8D3 534 aaPredicted RBP6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 DENND5AQ6IQ26 1287 aa6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 LIMS2Q7Z4I7 341 aa6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 CHST13Q8NET6 341 aa6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 BUD13Q9BRD0 619 aaKnown RBP eCLIP6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 L2HGDHQ9H9P8 463 aa6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 DTLQ9NZJ0 730 aa6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 PRKAG3Q9UGI9 489 aa6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 ST6GALNAC2Q9UJ37 374 aa6.5□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 TCRBV5S2A0A599 114 aa6.49□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 H7BY64 318 aa6.49□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 TPD52L2O43399 206 aaKnown RBP6.49□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 GRIA2P42262 883 aa6.49□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 GLB1LQ6UWU2 654 aa6.49□□□□□ -1.37
CCDC88A-210ENST00000468534 CLIC6Q96NY7 704 aa6.49□□□□□ -1.37
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