RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	IGDCC4	Q8TDY8	1250 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	SEZ6L	Q9BYH1	1024 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	LSG1	Q9H089	658 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	RIOX1	Q9H6W3	641 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	VAT1L	Q9HCJ6	419 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL11	Q9Y3B7	192 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM8A	Q9Y5S9	174 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	IFIT3	O14879	490 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB5	O15062	677 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TLR3	O15455	904 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	PPIG	Q13427	754 aa	Known RBP eCLIP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP2R5B	Q15173	497 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CHST3	Q7LGC8	479 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	NSUN6	Q8TEA1	469 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM161B	Q96MY7	647 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	AMN	Q9BXJ7	453 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ALDH8A1	Q9H2A2	487 aa	Predicted RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	GPHN	Q9NQX3	736 aa	Predicted RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	POLR3E	Q9NVU0	708 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	RGS20	O76081	388 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TXN	P10599	105 aa	Known RBP	13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CPT1A	P50416	773 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGAP1	Q07960	439 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TRDN	Q13061	729 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF697	Q5TEC3	545 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MCF2L2	Q86YR7	1114 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	NCOA7	Q8NI08	942 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	IWS1	Q96ST2	819 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	RMDN3	Q96TC7	470 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	SEMA6B	Q9H3T3	888 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	HIPK3	Q9H422	1215 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	LY9	Q9HBG7	655 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	PXMP2	Q9NR77	195 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	DHX16	O60231	1041 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MYL3	P08590	195 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ACR	P10323	421 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF2AK2	P19525	551 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TTLL4	Q14679	1199 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	WTAP	Q15007	396 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	LY6K	Q17RY6	165 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	NBPF20	Q3BBV1	942 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF365	Q70YC5	407 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM199	Q8N511	208 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	IL31RA	Q8NI17	732 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R13L	Q8WUF5	828 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CTAGE1	Q96RT6	745 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	PIGS	Q96S52	555 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MPHOSPH6	Q99547	160 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ESYT1	Q9BSJ8	1104 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MTG1	Q9BT17	334 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	IL23A	Q9NPF7	189 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TRMT13	Q9NUP7	481 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM265	A0A087WTH1	108 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CFB	P00751	764 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	NR3C2	P08235	984 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	STXBP2	Q15833	593 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM67	Q5HYA8	995 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	HERVK_113	Q902F9	699 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CDX2	Q99626	313 aa	Predicted RBP	13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	PDCD2L	Q9BRP1	358 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CXXC1	Q9P0U4	656 aa	Predicted RBP	13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	UNC80	Q8N2C7	3258 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464		B4DLN1	442 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC27A2	O14975	620 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2C9	P11712	490 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAJB2	P25686	324 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL12	P52815	198 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL23	P55773	120 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	NECTIN1	Q15223	517 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGEF16	Q5VV41	709 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	PSRC1	Q6PGN9	363 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	SEPT14	Q6ZU15	432 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	HOMER1	Q86YM7	354 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	AFG1L	Q8WV93	481 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	KAT2B	Q92831	832 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	EMID1	Q96A84	441 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP3K14	Q99558	947 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MTA3	Q9BTC8	594 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MYL10	Q9BUA6	226 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP3K20	Q9NYL2	800 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX41	Q9UJV9	622 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	FRMPD4	Q14CM0	1322 aa		13.9	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	ERICH2	A1L162	156 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GRXCR1	A8MXD5	290 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	SH2B2	O14492	632 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PRC1	O43663	620 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	KPNA6	O60684	536 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF3J	O75822	258 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	GH1	P01241	217 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	MMP3	P08254	477 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXA13	P31271	388 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	PGM5	Q15124	567 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-211	ENST00000467464	BMP2KL	Q5H9B9	411 aa		13.89	□□□□□ -0.19

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