RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000574099.1

CCDC40-211, Transcript of coiled-coil domain containing 40, humanhuman

TSL 4

Gene CCDC40, Length 537 nt, Biotype protein coding.

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40-211ENST00000574099 SCAPERQ9BY12 1400 aa29.41■■■□□ 2.3
CCDC40-211ENST00000574099 PLCH2O75038 1416 aa29.37■■■□□ 2.29
CCDC40-211ENST00000574099 MYO5CQ9NQX4 1742 aa29.37■■■□□ 2.29
CCDC40-211ENST00000574099 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP29.33■■■□□ 2.29
CCDC40-211ENST00000574099 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa29.32■■■□□ 2.28
CCDC40-211ENST00000574099 EHMT2Q96KQ7 1210 aa29.32■■■□□ 2.28
CCDC40-211ENST00000574099 C9orf84Q5VXU9 1444 aa29.31■■■□□ 2.28
CCDC40-211ENST00000574099 ATP10AO60312 1499 aa29.3■■■□□ 2.28
CCDC40-211ENST00000574099 CERKQ8TCT0 537 aa29.3■■■□□ 2.28
CCDC40-211ENST00000574099 PREX1Q8TCU6 1659 aa29.3■■■□□ 2.28
CCDC40-211ENST00000574099 KIF14Q15058 1648 aa29.3■■■□□ 2.28
CCDC40-211ENST00000574099 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa29.25■■■□□ 2.27
CCDC40-211ENST00000574099 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP29.23■■■□□ 2.27
CCDC40-211ENST00000574099 FMN1Q68DA7 1419 aa29.22■■■□□ 2.27
CCDC40-211ENST00000574099 ARHGAP5Q13017 1502 aa29.21■■■□□ 2.27
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa29.2■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa29.2■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 UBTFP17480 764 aaKnown RBP29.19■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 KDM5CP41229 1560 aa29.18■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 MYT1LQ9UL68 1186 aa29.16■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP29.16■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa29.16■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 STRCQ7RTU9 1775 aa29.16■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa29.15■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP29.15■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 AFAP1Q8N556 730 aa29.14■■■□□ 2.26
CCDC40-211ENST00000574099 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa29.12■■■□□ 2.25
CCDC40-211ENST00000574099 ABCA6Q8N139 1617 aa29.12■■■□□ 2.25
CCDC40-211ENST00000574099 CLIP1P30622 1438 aa29.11■■■□□ 2.25
CCDC40-211ENST00000574099 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa29.1■■■□□ 2.25
CCDC40-211ENST00000574099 C3P01024 1663 aa29.08■■■□□ 2.25
CCDC40-211ENST00000574099 REREQ9P2R6 1566 aa29.06■■■□□ 2.24
CCDC40-211ENST00000574099 PREX2Q70Z35 1606 aa29.04■■■□□ 2.24
CCDC40-211ENST00000574099 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP29.03■■■□□ 2.24
CCDC40-211ENST00000574099 DMRT2Q9Y5R5 561 aa29.03■■■□□ 2.24
CCDC40-211ENST00000574099 ABCC1P33527 1531 aa29.02■■■□□ 2.24
CCDC40-211ENST00000574099 ITSN2Q9NZM3 1697 aa29.02■■■□□ 2.24
CCDC40-211ENST00000574099 MLH3Q9UHC1 1453 aa29.01■■■□□ 2.23
CCDC40-211ENST00000574099 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa29■■■□□ 2.23
CCDC40-211ENST00000574099 DISP3Q9P2K9 1392 aa28.99■■■□□ 2.23
CCDC40-211ENST00000574099 AGLP35573 1532 aa28.96■■■□□ 2.23
CCDC40-211ENST00000574099 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP28.96■■■□□ 2.23
CCDC40-211ENST00000574099 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa28.94■■■□□ 2.22
CCDC40-211ENST00000574099 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa28.93■■■□□ 2.22
CCDC40-211ENST00000574099 PTPRTO14522 1441 aa28.92■■■□□ 2.22
CCDC40-211ENST00000574099 ILDR2Q71H61 639 aa28.91■■■□□ 2.22
CCDC40-211ENST00000574099 CCDC18Q5T9S5 1454 aa28.91■■■□□ 2.22
CCDC40-211ENST00000574099 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa28.86■■■□□ 2.21
CCDC40-211ENST00000574099 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa28.85■■■□□ 2.21
CCDC40-211ENST00000574099 LTBP4Q8N2S1 1624 aa28.85■■■□□ 2.21
CCDC40-211ENST00000574099 CNTLNQ9NXG0 1405 aa28.85■■■□□ 2.21
CCDC40-211ENST00000574099 NCOA1Q15788 1441 aa28.84■■■□□ 2.21
CCDC40-211ENST00000574099 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa28.84■■■□□ 2.21
CCDC40-211ENST00000574099 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP28.81■■■□□ 2.2
CCDC40-211ENST00000574099 MROH2AA6NES4 1674 aa28.81■■■□□ 2.2
CCDC40-211ENST00000574099 SYCP2Q9BX26 1530 aa28.81■■■□□ 2.2
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP28.81■■■□□ 2.2
CCDC40-211ENST00000574099 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa28.8■■■□□ 2.2
CCDC40-211ENST00000574099 CHIC1Q5VXU3 224 aa28.77■■■□□ 2.2
CCDC40-211ENST00000574099 FYCO1Q9BQS8 1478 aa28.75■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 SOCS7O14512 581 aa28.75■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP28.74■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 NPATQ14207 1427 aa28.74■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 IQSEC2Q5JU85 1478 aa28.73■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP28.72■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 ZMYM3Q14202 1370 aa28.72■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 ATP7AQ04656 1500 aa28.71■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP28.71■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP28.71■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 MYO3AQ8NEV4 1616 aa28.71■■■□□ 2.19
CCDC40-211ENST00000574099 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa28.69■■■□□ 2.18
CCDC40-211ENST00000574099 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP28.68■■■□□ 2.18
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP28.67■■■□□ 2.18
CCDC40-211ENST00000574099 PLXNC1O60486 1568 aa28.67■■■□□ 2.18
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP28.65■■■□□ 2.18
CCDC40-211ENST00000574099 A2MP01023 1474 aa28.64■■■□□ 2.17
CCDC40-211ENST00000574099 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP28.63■■■□□ 2.17
CCDC40-211ENST00000574099 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa28.6■■■□□ 2.17
CCDC40-211ENST00000574099 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP28.6■■■□□ 2.17
CCDC40-211ENST00000574099 PTPRKQ15262 1439 aa28.6■■■□□ 2.17
CCDC40-211ENST00000574099 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa28.6■■■□□ 2.17
CCDC40-211ENST00000574099 GGT6Q6P531 493 aa28.59■■■□□ 2.17
CCDC40-211ENST00000574099 PLA2R1Q13018 1463 aa28.59■■■□□ 2.17
CCDC40-211ENST00000574099 CCNB3Q8WWL7 1395 aa28.58■■■□□ 2.17
CCDC40-211ENST00000574099 ADGBQ8N7X0 1667 aa28.57■■■□□ 2.16
CCDC40-211ENST00000574099 UBAP1LF5GYI3 381 aa28.56■■■□□ 2.16
CCDC40-211ENST00000574099 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP28.55■■■□□ 2.16
CCDC40-211ENST00000574099 PKD2Q13563 968 aa28.53■■■□□ 2.16
CCDC40-211ENST00000574099 MTUS2Q5JR59 1369 aa28.51■■■□□ 2.16
CCDC40-211ENST00000574099 TIAM1Q13009 1591 aa28.49■■■□□ 2.15
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP28.47■■■□□ 2.15
CCDC40-211ENST00000574099 PPP6R1Q9UPN7 881 aa28.47■■■□□ 2.15
CCDC40-211ENST00000574099 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP28.46■■■□□ 2.15
CCDC40-211ENST00000574099 A2ML1A8K2U0 1454 aa28.45■■■□□ 2.14
CCDC40-211ENST00000574099 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP28.43■■■□□ 2.14
CCDC40-211ENST00000574099 MBD5Q9P267 1494 aa28.41■■■□□ 2.14
CCDC40-211ENST00000574099 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa28.41■■■□□ 2.14
CCDC40-211ENST00000574099 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP28.38■■■□□ 2.13
CCDC40-211ENST00000574099 NEURL4Q96JN8 1562 aa28.37■■■□□ 2.13
CCDC40-211ENST00000574099 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa28.35■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.7 ms