RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000552688.5

CS-233, Transcript of citrate synthase, human

TSL 4

Gene CS, Length 580 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-233	ENST00000552688	CERK	Q8TCT0	537 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CS-233	ENST00000552688	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CS-233	ENST00000552688	ATP10A	O60312	1499 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CS-233	ENST00000552688	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
CS-233	ENST00000552688	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	11.34	□□□□□ -0.59
CS-233	ENST00000552688	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	HECW1	Q76N89	1606 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	11.31	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		11.3	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		11.3	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	CLIP1	P30622	1438 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	AFAP1	Q8N556	730 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		11.28	□□□□□ -0.6
CS-233	ENST00000552688	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	KDM5C	P41229	1560 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	KIF14	Q15058	1648 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		11.23	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	RERE	Q9P2R6	1566 aa		11.22	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	AGL	P35573	1532 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	PTPRT	O14522	1441 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		11.21	□□□□□ -0.61
CS-233	ENST00000552688	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		11.2	□□□□□ -0.62
CS-233	ENST00000552688	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CS-233	ENST00000552688	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
CS-233	ENST00000552688	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CS-233	ENST00000552688	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CS-233	ENST00000552688	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CS-233	ENST00000552688	NPAT	Q14207	1427 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CS-233	ENST00000552688	ABCC1	P33527	1531 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CS-233	ENST00000552688	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	STRC	Q7RTU9	1775 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	SOCS7	O14512	581 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	ZMYM3	Q14202	1370 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	NCOA1	Q15788	1441 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	PREX2	Q70Z35	1606 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	ABCA6	Q8N139	1617 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	PKD2	Q13563	968 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	C3	P01024	1663 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	11.11	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	ILDR2	Q71H61	639 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		11.09	□□□□□ -0.63
CS-233	ENST00000552688	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		11.08	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	PLA2R1	Q13018	1463 aa		11.07	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		11.07	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	GGT6	Q6P531	493 aa		11.07	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		11.07	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	A2M	P01023	1474 aa		11.06	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		11.06	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	MROH2A	A6NES4	1674 aa		11.06	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		11.05	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		11.05	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	PTPRK	Q15262	1439 aa		11.05	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	11.05	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	ATP7A	Q04656	1500 aa		11.04	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		11.04	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		11.04	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		11.03	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		11.03	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	PLXNC1	O60486	1568 aa		11.03	□□□□□ -0.64
CS-233	ENST00000552688	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	11.02	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		11.02	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	11.01	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	11	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	11	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		11	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	MBD5	Q9P267	1494 aa		11	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	10.99	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	TOM1	O60784	492 aa		10.99	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	10.99	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	KIF3B	O15066	747 aa		10.98	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		10.98	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	10.98	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		10.98	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	10.98	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	10.98	□□□□□ -0.65
CS-233	ENST00000552688	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		10.97	□□□□□ -0.65

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.7 ms