RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000512193.5

NEK1-208, Transcript of NIMA related kinase 1, human

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene NEK1, Length 4,430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEK1-208	ENST00000512193	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		10.42	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	KIF21B	O75037	1637 aa		10.42	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		10.41	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	MORC1	Q86VD1	984 aa		10.4	□□□□□ -0.74
NEK1-208	ENST00000512193	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		10.4	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	C14orf37	Q86TY3	774 aa		10.4	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	NLRP13	Q86W25	1043 aa		10.4	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		10.39	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	10.39	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	GGT6	Q6P531	493 aa		10.38	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		10.38	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	10.38	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	TRIM44	Q96DX7	344 aa	Predicted RBP	10.38	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		10.37	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	GOLGA6L22	H0YM25	854 aa		10.36	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	JPH4	Q96JJ6	628 aa		10.36	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	ARAP1	Q96P48	1450 aa		10.36	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	STK26	Q9P289	416 aa		10.36	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	10.35	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		10.35	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		10.35	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		10.35	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	KANK1	Q14678	1352 aa		10.35	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	10.35	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		10.34	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	PLIN1	O60240	522 aa		10.34	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	TPRN	Q4KMQ1	711 aa		10.34	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		10.34	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	10.34	□□□□□ -0.75
NEK1-208	ENST00000512193	MS4A1	P11836	297 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	GOLGA2	Q08379	1002 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	GLIPR1L2	Q4G1C9	344 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	PANK3	Q9H999	370 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	KIF3B	O15066	747 aa		10.33	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	SLK	Q9H2G2	1235 aa	Predicted RBP	10.32	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	USP47	Q96K76	1375 aa		10.32	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	SOX12	O15370	315 aa		10.32	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		10.32	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	10.32	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		10.32	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	PDE3B	Q13370	1112 aa		10.32	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	10.32	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	10.31	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	SYNJ1	O43426	1573 aa		10.31	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		10.31	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	KIF15	Q9NS87	1388 aa		10.31	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	MLEC	Q14165	292 aa		10.3	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		10.3	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	UACA	Q9BZF9	1416 aa		10.29	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC7	Q96M83	1385 aa		10.29	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	10.29	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	PDE4A	P27815	886 aa		10.28	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	CASC1	Q6TDU7	716 aa		10.28	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	10.28	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	10.28	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	HSCB	Q8IWL3	235 aa		10.28	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		10.28	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		10.28	□□□□□ -0.76
NEK1-208	ENST00000512193	SLC4A3	P48751	1232 aa		10.27	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	NAP1L5	Q96NT1	182 aa	Predicted RBP	10.27	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	10.27	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	10.27	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	10.27	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	10.27	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	APBB1	O00213	710 aa		10.27	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		10.26	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		10.26	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	PTMA	P06454	111 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	CRBN	Q96SW2	442 aa		10.26	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	GZF1	Q9H116	711 aa	Predicted RBP	10.26	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	10.26	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		10.26	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	PRX	Q9BXM0	1461 aa		10.25	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		10.25	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		10.25	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		10.25	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		10.25	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	NCAPD3	P42695	1498 aa		10.24	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193		A0A0G2JS52	829 aa		10.24	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		10.24	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	APAF1	O14727	1248 aa		10.24	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC184	Q52MB2	194 aa		10.23	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	NCOA2	Q15596	1464 aa		10.23	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	PLCB2	Q00722	1185 aa		10.22	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		10.22	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		10.22	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		10.22	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		10.22	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	DNTTIP2	Q5QJE6	756 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		10.21	□□□□□ -0.77
NEK1-208	ENST00000512193	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.78

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