RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000495630.1

TMEM53-209, Transcript of transmembrane protein 53, human

TSL 2

Gene TMEM53, Length 546 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TMEM53-209	ENST00000495630	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	29.12	■■■□□ 2.25
TMEM53-209	ENST00000495630	HSPA2	P54652	639 aa		29.12	■■■□□ 2.25
TMEM53-209	ENST00000495630	MLEC	Q14165	292 aa		29.12	■■■□□ 2.25
TMEM53-209	ENST00000495630	FMN1	Q68DA7	1419 aa		29.11	■■■□□ 2.25
TMEM53-209	ENST00000495630	HECW1	Q76N89	1606 aa		29.08	■■■□□ 2.25
TMEM53-209	ENST00000495630	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		29.06	■■■□□ 2.24
TMEM53-209	ENST00000495630	ATP10A	O60312	1499 aa		29.05	■■■□□ 2.24
TMEM53-209	ENST00000495630	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		29	■■■□□ 2.23
TMEM53-209	ENST00000495630	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		29	■■■□□ 2.23
TMEM53-209	ENST00000495630	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		28.98	■■■□□ 2.23
TMEM53-209	ENST00000495630	AFAP1	Q8N556	730 aa		28.96	■■■□□ 2.23
TMEM53-209	ENST00000495630	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	28.95	■■■□□ 2.23
TMEM53-209	ENST00000495630	CERK	Q8TCT0	537 aa		28.94	■■■□□ 2.22
TMEM53-209	ENST00000495630	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		28.94	■■■□□ 2.22
TMEM53-209	ENST00000495630	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		28.92	■■■□□ 2.22
TMEM53-209	ENST00000495630	CLIP1	P30622	1438 aa		28.92	■■■□□ 2.22
TMEM53-209	ENST00000495630	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	28.91	■■■□□ 2.22
TMEM53-209	ENST00000495630	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		28.91	■■■□□ 2.22
TMEM53-209	ENST00000495630	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		28.9	■■■□□ 2.22
TMEM53-209	ENST00000495630	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		28.9	■■■□□ 2.22
TMEM53-209	ENST00000495630	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		28.89	■■■□□ 2.22
TMEM53-209	ENST00000495630	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		28.87	■■■□□ 2.21
TMEM53-209	ENST00000495630	KIF14	Q15058	1648 aa		28.87	■■■□□ 2.21
TMEM53-209	ENST00000495630	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		28.86	■■■□□ 2.21
TMEM53-209	ENST00000495630	KDM5C	P41229	1560 aa		28.82	■■■□□ 2.2
TMEM53-209	ENST00000495630	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		28.79	■■■□□ 2.2
TMEM53-209	ENST00000495630	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	28.76	■■■□□ 2.19
TMEM53-209	ENST00000495630	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		28.75	■■■□□ 2.19
TMEM53-209	ENST00000495630	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		28.75	■■■□□ 2.19
TMEM53-209	ENST00000495630	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		28.74	■■■□□ 2.19
TMEM53-209	ENST00000495630	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	28.74	■■■□□ 2.19
TMEM53-209	ENST00000495630	RERE	Q9P2R6	1566 aa		28.74	■■■□□ 2.19
TMEM53-209	ENST00000495630	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		28.73	■■■□□ 2.19
TMEM53-209	ENST00000495630	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		28.72	■■■□□ 2.19
TMEM53-209	ENST00000495630	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		28.71	■■■□□ 2.19
TMEM53-209	ENST00000495630	AGL	P35573	1532 aa		28.69	■■■□□ 2.18
TMEM53-209	ENST00000495630	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		28.69	■■■□□ 2.18
TMEM53-209	ENST00000495630	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		28.67	■■■□□ 2.18
TMEM53-209	ENST00000495630	ABCC1	P33527	1531 aa		28.64	■■■□□ 2.18
TMEM53-209	ENST00000495630	PREX2	Q70Z35	1606 aa		28.63	■■■□□ 2.17
TMEM53-209	ENST00000495630	ABCA6	Q8N139	1617 aa		28.63	■■■□□ 2.17
TMEM53-209	ENST00000495630	STRC	Q7RTU9	1775 aa		28.62	■■■□□ 2.17
TMEM53-209	ENST00000495630	PTPRT	O14522	1441 aa		28.61	■■■□□ 2.17
TMEM53-209	ENST00000495630	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		28.61	■■■□□ 2.17
TMEM53-209	ENST00000495630	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	28.61	■■■□□ 2.17
TMEM53-209	ENST00000495630	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	28.57	■■■□□ 2.16
TMEM53-209	ENST00000495630	C3	P01024	1663 aa		28.56	■■■□□ 2.16
TMEM53-209	ENST00000495630	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	28.56	■■■□□ 2.16
TMEM53-209	ENST00000495630	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		28.56	■■■□□ 2.16
TMEM53-209	ENST00000495630	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		28.55	■■■□□ 2.16
TMEM53-209	ENST00000495630	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		28.55	■■■□□ 2.16
TMEM53-209	ENST00000495630	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	28.53	■■■□□ 2.16
TMEM53-209	ENST00000495630	ZMYM3	Q14202	1370 aa		28.51	■■■□□ 2.16
TMEM53-209	ENST00000495630	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	28.51	■■■□□ 2.15
TMEM53-209	ENST00000495630	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		28.5	■■■□□ 2.15
TMEM53-209	ENST00000495630	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		28.5	■■■□□ 2.15
TMEM53-209	ENST00000495630	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		28.5	■■■□□ 2.15
TMEM53-209	ENST00000495630	NPAT	Q14207	1427 aa		28.49	■■■□□ 2.15
TMEM53-209	ENST00000495630	NCOA1	Q15788	1441 aa		28.47	■■■□□ 2.15
TMEM53-209	ENST00000495630	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		28.45	■■■□□ 2.14
TMEM53-209	ENST00000495630	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		28.44	■■■□□ 2.14
TMEM53-209	ENST00000495630	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		28.43	■■■□□ 2.14
TMEM53-209	ENST00000495630	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		28.42	■■■□□ 2.14
TMEM53-209	ENST00000495630	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		28.42	■■■□□ 2.14
TMEM53-209	ENST00000495630	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		28.4	■■■□□ 2.14
TMEM53-209	ENST00000495630	GGT6	Q6P531	493 aa		28.39	■■■□□ 2.14
TMEM53-209	ENST00000495630	A2M	P01023	1474 aa		28.39	■■■□□ 2.13
TMEM53-209	ENST00000495630	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		28.38	■■■□□ 2.13
TMEM53-209	ENST00000495630	MROH2A	A6NES4	1674 aa		28.38	■■■□□ 2.13
TMEM53-209	ENST00000495630	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		28.37	■■■□□ 2.13
TMEM53-209	ENST00000495630	ATP7A	Q04656	1500 aa		28.37	■■■□□ 2.13
TMEM53-209	ENST00000495630	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		28.37	■■■□□ 2.13
TMEM53-209	ENST00000495630	PKD2	Q13563	968 aa		28.36	■■■□□ 2.13
TMEM53-209	ENST00000495630	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		28.36	■■■□□ 2.13
TMEM53-209	ENST00000495630	ILDR2	Q71H61	639 aa		28.34	■■■□□ 2.13
TMEM53-209	ENST00000495630	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	28.32	■■■□□ 2.12
TMEM53-209	ENST00000495630	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	28.31	■■■□□ 2.12
TMEM53-209	ENST00000495630	PTPRK	Q15262	1439 aa		28.31	■■■□□ 2.12
TMEM53-209	ENST00000495630	PLXNC1	O60486	1568 aa		28.3	■■■□□ 2.12
TMEM53-209	ENST00000495630	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	28.28	■■■□□ 2.12
TMEM53-209	ENST00000495630	SOCS7	O14512	581 aa		28.27	■■■□□ 2.12
TMEM53-209	ENST00000495630	PLA2R1	Q13018	1463 aa		28.27	■■■□□ 2.12
TMEM53-209	ENST00000495630	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	28.26	■■■□□ 2.11
TMEM53-209	ENST00000495630	MBD5	Q9P267	1494 aa		28.25	■■■□□ 2.11
TMEM53-209	ENST00000495630	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		28.25	■■■□□ 2.11
TMEM53-209	ENST00000495630	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	28.24	■■■□□ 2.11
TMEM53-209	ENST00000495630	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	28.24	■■■□□ 2.11
TMEM53-209	ENST00000495630	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		28.21	■■■□□ 2.11
TMEM53-209	ENST00000495630	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	28.21	■■■□□ 2.11
TMEM53-209	ENST00000495630	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		28.2	■■■□□ 2.1
TMEM53-209	ENST00000495630	CEP162	Q5TB80	1403 aa		28.19	■■■□□ 2.1
TMEM53-209	ENST00000495630	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	28.18	■■■□□ 2.1
TMEM53-209	ENST00000495630	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		28.17	■■■□□ 2.1
TMEM53-209	ENST00000495630	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		28.17	■■■□□ 2.1
TMEM53-209	ENST00000495630	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	28.16	■■■□□ 2.1
TMEM53-209	ENST00000495630	TIAM1	Q13009	1591 aa		28.16	■■■□□ 2.1
TMEM53-209	ENST00000495630	KIF3B	O15066	747 aa		28.16	■■■□□ 2.1
TMEM53-209	ENST00000495630	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		28.15	■■■□□ 2.1
TMEM53-209	ENST00000495630	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		28.14	■■■□□ 2.09
TMEM53-209	ENST00000495630	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	28.12	■■■□□ 2.09

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