RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 ERCC6Q03468 1493 aa11.78□□□□□ -0.52
CUX1-201ENST00000292535 SYAP1Q96A49 352 aaPredicted RBP11.77□□□□□ -0.52
CUX1-201ENST00000292535 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP11.77□□□□□ -0.52
CUX1-201ENST00000292535 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP11.77□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 GON4LQ3T8J9 2241 aa11.77□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 HDAC5Q9UQL6 1122 aa11.76□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 CCNB3Q8WWL7 1395 aa11.76□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 A0A0U1RQG5 324 aaPredicted RBP11.74□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 FHAD1B1AJZ9 1412 aa11.74□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP11.74□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 CSPP1Q1MSJ5 1256 aa11.74□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP11.73□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 GOLGA6L1Q8N7Z2 621 aa11.73□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 MORC1Q86VD1 984 aa11.72□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP11.72□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 CEP164Q9UPV0 1460 aa11.71□□□□□ -0.53
CUX1-201ENST00000292535 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP11.7□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 CEP162Q5TB80 1403 aa11.7□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 PHF14O94880 888 aa11.7□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP11.7□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 TRHP20396 242 aaPredicted RBP11.69□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 TAF7LQ5H9L4 462 aa11.68□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 STK31Q9BXU1 1019 aa11.68□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 G3V3G9 751 aa11.68□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 HMMRO75330 724 aa11.68□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 DCAF8Q5TAQ9 597 aa11.68□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 CSB-PGBD3P0DP91 1061 aa11.68□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 SOX12O15370 315 aa11.66□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa11.66□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP11.66□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 TNNT3P45378 269 aaPredicted RBP11.66□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 RASSF8Q8NHQ8 419 aa11.66□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 TPM3P06753 285 aa11.66□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 CEP89Q96ST8 783 aa11.66□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 KTN1Q86UP2 1357 aaKnown RBP11.66□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 HSP90B1P14625 803 aaKnown RBP11.66□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP11.65□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 LMOD3Q0VAK6 560 aa11.65□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 GORABQ5T7V8 394 aa11.65□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP11.65□□□□□ -0.54
CUX1-201ENST00000292535 DCAF11Q8TEB1 546 aa11.65□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP11.65□□□□□ -0.556e-6■■■□□ 16.7
CUX1-201ENST00000292535 RALBP1Q15311 655 aa11.65□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 SPRYD3Q8NCJ5 442 aa11.64□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 ITPRIPQ8IWB1 547 aa11.64□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP11.63□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 KIF3AQ9Y496 699 aa11.63□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 RWDD1Q9H446 243 aaPredicted RBP11.63□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 TNIKQ9UKE5 1360 aa11.63□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 CHMP3Q9Y3E7 222 aa11.63□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 CHMP4CQ96CF2 233 aa11.63□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP11.63□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 KIF16BQ96L93 1317 aa11.63□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa11.62□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa11.62□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 ST18O60284 1047 aa11.62□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 VPS53Q5VIR6 699 aa11.61□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP11.61□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP11.61□□□□□ -0.555e-6■□□□□ 11.2
CUX1-201ENST00000292535 TRIM6-TRIM34B2RNG4 842 aa11.6□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 MARCH6O60337 910 aa11.6□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 FRAT2O75474 233 aaPredicted RBP11.6□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 CCER2I3L3R5 266 aa11.59□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 MLECQ14165 292 aa11.59□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 PMFBP1Q8TBY8 1022 aa11.59□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 TPM2P07951 284 aa11.59□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 SETQ01105 290 aaPredicted RBP11.59□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 CREBRFQ8IUR6 639 aa11.59□□□□□ -0.55
CUX1-201ENST00000292535 APBB1O00213 710 aa11.58□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP11.58□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 KRI1Q8N9T8 703 aaKnown RBP11.58□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 EID1Q9Y6B2 187 aa11.58□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 STK26Q9P289 416 aa11.58□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP11.58□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 AKAP17AQ02040 695 aaKnown RBP11.58□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 TERF2IPQ9NYB0 399 aa11.57□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 TCEAL9Q9UHQ7 104 aa11.57□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 TSR1Q2NL82 804 aaKnown RBP11.57□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 CCDC70Q6NSX1 233 aa11.56□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 RCAN3Q9UKA8 241 aa11.56□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 NACADO15069 1562 aa11.56□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa11.56□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP11.55□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 DEKP35659 375 aaKnown RBP11.55□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 PDE4CQ08493 712 aa11.55□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 NOL10Q9BSC4 688 aaKnown RBP11.55□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 TPM1P09493 284 aa11.55□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 TOMM22Q9NS69 142 aa11.55□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa11.55□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 GOLGA6L3A6NEY3 463 aa11.54□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 GTF2E1P29083 439 aaPredicted RBP11.54□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 H3BQV1 296 aa11.54□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 IFFO2Q5TF58 517 aa11.54□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 SF3A1Q15459 793 aaKnown RBP11.54□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 GGT6Q6P531 493 aa11.54□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 LRRFIP1Q32MZ4 808 aaKnown RBP11.54□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 SLKQ9H2G2 1235 aaPredicted RBP11.54□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 PHLDB1Q86UU1 1377 aa11.53□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 AMOTL1Q8IY63 956 aa11.53□□□□□ -0.56
CUX1-201ENST00000292535 SIN3AQ96ST3 1273 aa11.53□□□□□ -0.56
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12 ms