RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000249499.7

HOXD9-201, Transcript of homeobox D9, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene HOXD9, Length 1,870 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9-201ENST00000249499 KIF14Q15058 1648 aa33.22■■■□□ 2.91
HOXD9-201ENST00000249499 PLEKHD1A6NEE1 506 aa33.21■■■□□ 2.91
HOXD9-201ENST00000249499 ABCC5O15440 1437 aa33.2■■■□□ 2.9
HOXD9-201ENST00000249499 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa33.16■■■□□ 2.9
HOXD9-201ENST00000249499 CYB5RLQ6IPT4 315 aa33.16■■■□□ 2.9
HOXD9-201ENST00000249499 ABCC10Q5T3U5 1492 aa33.15■■■□□ 2.9
HOXD9-201ENST00000249499 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP33.14■■■□□ 2.9
HOXD9-201ENST00000249499 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa33.13■■■□□ 2.89
HOXD9-201ENST00000249499 CHIC2Q9UKJ5 165 aa33.12■■■□□ 2.89
HOXD9-201ENST00000249499 SIN3AQ96ST3 1273 aa33.1■■■□□ 2.89
HOXD9-201ENST00000249499 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa33.07■■■□□ 2.88
HOXD9-201ENST00000249499 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP33.06■■■□□ 2.88
HOXD9-201ENST00000249499 ADGRL2O95490 1459 aa33.04■■■□□ 2.88
HOXD9-201ENST00000249499 ABCC2Q92887 1545 aa33.04■■■□□ 2.88
HOXD9-201ENST00000249499 CROCC2H7BZ55 1655 aa33.03■■■□□ 2.88
HOXD9-201ENST00000249499 ADGBQ8N7X0 1667 aa33.03■■■□□ 2.88
HOXD9-201ENST00000249499 NEUROD1Q13562 356 aa33.03■■■□□ 2.88
HOXD9-201ENST00000249499 KDM6BO15054 1643 aa33.03■■■□□ 2.88
HOXD9-201ENST00000249499 SHANK2Q9UPX8 1470 aa32.98■■■□□ 2.87
HOXD9-201ENST00000249499 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP32.95■■■□□ 2.87
HOXD9-201ENST00000249499 TONSLQ96HA7 1378 aa32.95■■■□□ 2.87
HOXD9-201ENST00000249499 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa32.95■■■□□ 2.86
HOXD9-201ENST00000249499 NCOA1Q15788 1441 aa32.95■■■□□ 2.86
HOXD9-201ENST00000249499 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP32.94■■■□□ 2.86
HOXD9-201ENST00000249499 TRIM52Q96A61 297 aa32.91■■■□□ 2.86
HOXD9-201ENST00000249499 PREX2Q70Z35 1606 aa32.9■■■□□ 2.86
HOXD9-201ENST00000249499 ARHGEF5Q12774 1597 aa32.9■■■□□ 2.86
HOXD9-201ENST00000249499 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa32.89■■■□□ 2.86
HOXD9-201ENST00000249499 MPHOSPH9Q99550 1183 aa32.88■■■□□ 2.85
HOXD9-201ENST00000249499 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP32.86■■■□□ 2.85
HOXD9-201ENST00000249499 KDM5BQ9UGL1 1544 aa32.8■■■□□ 2.84
HOXD9-201ENST00000249499 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa32.8■■■□□ 2.84
HOXD9-201ENST00000249499 RSPH4AQ5TD94 716 aa32.8■■■□□ 2.84
HOXD9-201ENST00000249499 C9orf84Q5VXU9 1444 aa32.79■■■□□ 2.84
HOXD9-201ENST00000249499 MIER1Q8N108 512 aa32.78■■■□□ 2.84
HOXD9-201ENST00000249499 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP32.77■■■□□ 2.84
HOXD9-201ENST00000249499 MBD5Q9P267 1494 aa32.77■■■□□ 2.84
HOXD9-201ENST00000249499 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa32.76■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP32.75■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 TTC37Q6PGP7 1564 aa32.74■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 CCDC141Q6ZP82 1450 aa32.73■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa32.73■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 TSPY4P0CV99 314 aa32.72■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 TSPY10P0CW01 314 aa32.72■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa32.72■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 PZPP20742 1482 aa32.71■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa32.71■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 MYO5CQ9NQX4 1742 aa32.7■■■□□ 2.83
HOXD9-201ENST00000249499 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP32.67■■■□□ 2.82
HOXD9-201ENST00000249499 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP32.67■■■□□ 2.82
HOXD9-201ENST00000249499 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa32.67■■■□□ 2.82
HOXD9-201ENST00000249499 MAST1Q9Y2H9 1570 aa32.67■■■□□ 2.82
HOXD9-201ENST00000249499 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP32.66■■■□□ 2.82
HOXD9-201ENST00000249499 ARHGAP5Q13017 1502 aa32.66■■■□□ 2.82
HOXD9-201ENST00000249499 KDM5DQ9BY66 1539 aa32.64■■■□□ 2.82
HOXD9-201ENST00000249499 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP32.61■■■□□ 2.81
HOXD9-201ENST00000249499 PLCH2O75038 1416 aa32.59■■■□□ 2.81
HOXD9-201ENST00000249499 KIF15Q9NS87 1388 aa32.59■■■□□ 2.81
HOXD9-201ENST00000249499 SYCP2Q9BX26 1530 aa32.58■■■□□ 2.81
HOXD9-201ENST00000249499 ARAP3Q8WWN8 1544 aa32.57■■■□□ 2.8
HOXD9-201ENST00000249499 TEX14Q8IWB6 1497 aa32.52■■■□□ 2.8
HOXD9-201ENST00000249499 PLXNC1O60486 1568 aa32.51■■■□□ 2.8
HOXD9-201ENST00000249499 FOXD1Q16676 465 aa32.51■■■□□ 2.79
HOXD9-201ENST00000249499 L3MBTL2Q969R5 705 aa32.48■■■□□ 2.79
HOXD9-201ENST00000249499 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa32.46■■■□□ 2.79
HOXD9-201ENST00000249499 KCNH8Q96L42 1107 aa32.46■■■□□ 2.79
HOXD9-201ENST00000249499 NUP155O75694 1391 aa32.46■■■□□ 2.79
HOXD9-201ENST00000249499 WDR7Q9Y4E6 1490 aa32.46■■■□□ 2.79
HOXD9-201ENST00000249499 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP32.45■■■□□ 2.79
HOXD9-201ENST00000249499 ABCC1P33527 1531 aa32.44■■■□□ 2.78
HOXD9-201ENST00000249499 PKD2Q13563 968 aa32.42■■■□□ 2.78
HOXD9-201ENST00000249499 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa32.39■■■□□ 2.78
HOXD9-201ENST00000249499 UNC13BO14795 1591 aa32.38■■■□□ 2.77
HOXD9-201ENST00000249499 DUOX2Q9NRD8 1548 aa32.37■■■□□ 2.77
HOXD9-201ENST00000249499 TRHP20396 242 aaPredicted RBP32.36■■■□□ 2.77
HOXD9-201ENST00000249499 ABCA9Q8IUA7 1624 aa32.35■■■□□ 2.77
HOXD9-201ENST00000249499 KIF13AQ9H1H9 1805 aa32.35■■■□□ 2.77
HOXD9-201ENST00000249499 FAM135AQ9P2D6 1515 aa32.33■■■□□ 2.77
HOXD9-201ENST00000249499 ERBINQ96RT1 1412 aa32.33■■■□□ 2.77
HOXD9-201ENST00000249499 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP32.32■■■□□ 2.76
HOXD9-201ENST00000249499 ASXL2Q76L83 1435 aa32.31■■■□□ 2.76
HOXD9-201ENST00000249499 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa32.3■■■□□ 2.76
HOXD9-201ENST00000249499 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP32.3■■■□□ 2.76
HOXD9-201ENST00000249499 MAGI2Q86UL8 1455 aa32.26■■■□□ 2.76
HOXD9-201ENST00000249499 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP32.26■■■□□ 2.75
HOXD9-201ENST00000249499 DIP2BQ9P265 1576 aa32.26■■■□□ 2.75
HOXD9-201ENST00000249499 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP32.25■■■□□ 2.75
HOXD9-201ENST00000249499 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP32.25■■■□□ 2.75
HOXD9-201ENST00000249499 IQGAP3Q86VI3 1631 aa32.25■■■□□ 2.75
HOXD9-201ENST00000249499 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP32.24■■■□□ 2.75
HOXD9-201ENST00000249499 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa32.23■■■□□ 2.75
HOXD9-201ENST00000249499 NBPF8Q3BBV2 869 aa32.22■■■□□ 2.75
HOXD9-201ENST00000249499 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa32.2■■■□□ 2.74
HOXD9-201ENST00000249499 FANCAO15360 1455 aa32.19■■■□□ 2.74
HOXD9-201ENST00000249499 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa32.17■■■□□ 2.74
HOXD9-201ENST00000249499 FAM69CQ0P6D2 419 aa32.16■■■□□ 2.74
HOXD9-201ENST00000249499 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa32.14■■■□□ 2.74
HOXD9-201ENST00000249499 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP32.14■■■□□ 2.74
HOXD9-201ENST00000249499 ATP10AO60312 1499 aa32.11■■■□□ 2.73
HOXD9-201ENST00000249499 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP32.1■■■□□ 2.73
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.9 ms