RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 PLXNA1Q9UIW2 1896 aa25.8■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 FAM83BQ5T0W9 1011 aa25.79■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 GIMAP6Q6P9H5 292 aa25.79■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 FSD1Q9BTV5 496 aa25.79■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 ERC2O15083 957 aa25.78■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 COBLO75128 1261 aa25.78■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 SYN1P17600 705 aa25.78■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 TMEM132BQ14DG7 1078 aa25.78■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 TRPV1Q8NER1 839 aa25.78■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 NUP88Q99567 741 aaPredicted RBP25.78■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 STRNO43815 780 aa25.77■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 PRDM1O75626 825 aa25.77■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 COL6A1P12109 1028 aa25.77■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 MX1P20591 662 aa25.77■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 MROH8Q9H579 483 aa25.77■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 DDX20Q9UHI6 824 aaKnown RBP25.77■■□□□ 1.72
USP40-215ENST00000484528 SZT2Q5T011 3432 aa25.76■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 GNAT2P19087 354 aa25.76■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 CYBAP13498 195 aa25.75■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 LRRFIP1Q32MZ4 808 aaKnown RBP25.75■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP25.75■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 PPP1R9AQ9ULJ8 1098 aa25.75■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 SMCHD1A6NHR9 2005 aa25.75■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 IGHA2P01877 340 aa25.74■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 LRRC26Q2I0M4 334 aa25.74■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 ANO1Q5XXA6 986 aa25.74■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 OLFML2BQ68BL8 750 aa25.74■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 IFNL3Q8IZI9 196 aa25.74■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 ADAMTS5Q9UNA0 930 aa25.74■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 PATL2C9JE40 543 aaKnown RBP25.73■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 VWA5AO00534 786 aa25.73■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 FCER1AP12319 257 aa25.73■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 NYAP2Q9P242 653 aa25.73■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 SALL3Q9BXA9 1300 aa25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 SLC25A27O95847 323 aa25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 NDUFB10O96000 172 aa25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 ZMYM1Q5SVZ6 1142 aa25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 PRAMEF19Q5SWL8 479 aa25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 ANKRD45Q5TZF3 282 aa25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 ZNF444Q8N0Y2 327 aaPredicted RBP25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 SLC5A4Q9NY91 659 aa25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 CLIP2Q9UDT6 1046 aa25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP25.72■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 IGKV6D-41A0A0C4DH26 115 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 F5H6K3 240 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 MSCO60682 206 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 PGK2P07205 417 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 STAT3P40763 770 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 KLRC3Q07444 240 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 CCDC129Q6ZRS4 1044 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 RIOX2Q8IUF8 465 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 ABRAQ8N0Z2 381 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 REPS2Q8NFH8 660 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 CEP95Q96GE4 821 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 MAML3Q96JK9 1138 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 MMP19Q99542 508 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 GDF15Q99988 308 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 SLF1Q9BQI6 1058 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 NACAP1Q9BZK3 213 aa25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 SENP6Q9GZR1 1112 aaPredicted RBP25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 ZNF214Q9UL59 606 aaPredicted RBP25.71■■□□□ 1.71
USP40-215ENST00000484528 LRRC47Q8N1G4 583 aaKnown RBP25.7■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 NAPBQ9H115 298 aa25.7■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 LAMA3Q16787 3333 aa25.69■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 DNAH12Q6ZR08 3092 aa25.69■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 SOX1O00570 391 aaPredicted RBP25.69■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 MYCNP04198 464 aaPredicted RBP25.69■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 MAGEA10P43363 369 aaPredicted RBP25.69■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 ATN1P54259 1190 aaPredicted RBP25.69■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 GJC2Q5T442 439 aaPredicted RBP25.69■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 ZNF287Q9HBT7 754 aa25.69■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 A0A1W2PPC1 479 aa25.68■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 SLC4A3P48751 1232 aa25.68■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 PPARAQ07869 468 aa25.68■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 KCTD2Q14681 263 aa25.68■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 FAM47AQ5JRC9 791 aa25.68■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 MTMR4Q9NYA4 1195 aa25.68■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 SNRNP48Q6IEG0 339 aaKnown RBP25.67■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 MCM3APO60318 1980 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 DNM1LO00429 736 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 FOXP2O15409 715 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 SEPT4O43236 478 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 TSPY3P0CV98 308 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 TSPY8P0CW00 308 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 PDE4BQ07343 736 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 CHMP4CQ96CF2 233 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 LRCH3Q96II8 777 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 PLIN4Q96Q06 1357 aa25.66■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 CPXCR1Q8N123 301 aa25.65■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 KIFC2Q96AC6 838 aa25.65■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 TEX13BQ9BXU2 312 aa25.65■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 ISY1Q9ULR0 285 aaKnown RBP25.65■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 RIPK3Q9Y572 518 aa25.65■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 TTLL1O95922 423 aa25.64■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 SLC3A2P08195 630 aaKnown RBP25.64■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 BMP8BP34820 402 aa25.64■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 COPB2P35606 906 aa25.64■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 PDE1AP54750 535 aa25.64■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 TFAP4Q01664 338 aa25.64■■□□□ 1.7
USP40-215ENST00000484528 CTDSPL2Q05D32 466 aa25.64■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16 ms