RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	6.78	□□□□□ -1.32
ATG4A-208	ENST00000489247	JCAD	Q9P266	1359 aa		6.78	□□□□□ -1.32
ATG4A-208	ENST00000489247	PHLPP1	O60346	1717 aa		6.78	□□□□□ -1.32
ATG4A-208	ENST00000489247	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		6.78	□□□□□ -1.32
ATG4A-208	ENST00000489247	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		6.78	□□□□□ -1.32
ATG4A-208	ENST00000489247	EXOC5	O00471	708 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	EFHC2	Q5JST6	749 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC69	Q6ZNQ3	347 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CAPN12	Q6ZSI9	719 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	TICAM2	Q86XR7	235 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ABHD17A	Q96GS6	310 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	HSH2D	Q96JZ2	352 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ZCCHC2	Q9C0B9	1178 aa	Known RBP	6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	USP35	Q9P2H5	1018 aa		6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	GNE	Q9Y223	722 aa	Known RBP	6.77	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	BNIP3L	O60238	219 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	REC8	O95072	547 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	STARD3NL	O95772	234 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	MYL6B	P14649	208 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	BAG6	P46379	1132 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	SERPINB4	P48594	390 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	VPS72	Q15906	364 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CASC1	Q6TDU7	716 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF280C	Q8ND82	737 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	MYD88	Q99836	296 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	MKNK1	Q9BUB5	465 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	USP26	Q9BXU7	913 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ANTXR1	Q9H6X2	564 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	NDFIP2	Q9NV92	336 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		6.76	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	DCDC2B	A2VCK2	349 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ERC2	O15083	957 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	SASH1	O94885	1247 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	A1BG	P04217	495 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CHML	P26374	656 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	TCIRG1	Q13488	830 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	LBR	Q14739	615 aa	Known RBP	6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	C1orf53	Q5VUE5	145 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	TTLL7	Q6ZT98	887 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	NLRP8	Q86W28	1048 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	GPR108	Q9NPR9	543 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		6.75	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	RREB1	Q92766	1687 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ATXN7	O15265	892 aa	Predicted RBP	6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	FURIN	P09958	794 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	DDIT3	P35638	169 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ANAPC15	P60006	121 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXO4	P98177	505 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP3K10	Q02779	954 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	RABEP1	Q15276	862 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	DDB1	Q16531	1140 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXR1	Q6PIV2	292 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP19-1	Q8IUB9	90 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	TRERF1	Q96PN7	1200 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ECHDC1	Q9NTX5	307 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHGC4	Q9Y5F7	938 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	GJA3	Q9Y6H8	435 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		6.74	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A087WZG4	1122 aa		6.73	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	KHNYN	O15037	678 aa	Known RBP	6.73	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CIAO1	O76071	339 aa		6.73	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	6.73	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	CTBS	Q01459	385 aa		6.73	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	6.73	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	GRIN2C	Q14957	1233 aa		6.73	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	6.73	□□□□□ -1.33
ATG4A-208	ENST00000489247	SUSD3	Q96L08	255 aa		6.73	□□□□□ -1.33

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