RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 MYH1P12882 1939 aa22.6■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 SURF6O75683 361 aaKnown RBP22.59■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 CYP2C8P10632 490 aa22.59■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 NAA16Q6N069 864 aaPredicted RBP22.59■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 TEX11Q8IYF3 940 aa22.59■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 PROCA1Q8NCQ7 364 aaPredicted RBP22.59■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 PCDH10Q9P2E7 1040 aa22.59■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 PNMA3Q9UL41 463 aa22.59■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 AGTPBP1Q9UPW5 1226 aa22.59■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 ZBTB7BO15156 539 aaPredicted RBP22.58■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 GRK4P32298 578 aa22.58■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 PPP4CP60510 307 aa22.58■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 CEP290O15078 2479 aa22.58■■□□□ 1.21
CLN3-241ENST00000635861 TRIM75PA6NK02 468 aa22.57■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 TMED8Q6PL24 325 aaPredicted RBP22.57■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 ITPRIPQ8IWB1 547 aa22.57■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 NKX2-3Q8TAU0 364 aa22.57■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 DBNDD2Q9BQY9 259 aa22.57■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 PI4KBQ9UBF8 816 aa22.57■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 CAP2P40123 477 aa22.57■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 SMCR8Q8TEV9 937 aaPredicted RBP22.57■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 ZBED9Q6R2W3 1325 aa22.56■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 PABPC4Q13310 644 aaKnown RBP eCLIP22.56■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 CERS3Q8IU89 383 aa22.56■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 ZNF280CQ8ND82 737 aa22.56■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 SLAIN1Q8ND83 568 aa22.56■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 SH3RF3Q8TEJ3 882 aaPredicted RBP22.56■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 AS3MTQ9HBK9 375 aa22.56■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 CYP2E1P05181 493 aaPredicted RBP22.55■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 SLURP2P0DP57 97 aa22.55■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 CAPN2P17655 700 aa22.55■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 UBXN2AP68543 259 aa22.55■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 GINM1Q9NU53 330 aa22.55■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 AATFQ9NY61 560 aaKnown RBP eCLIP22.55■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 USP17L5A8MUK1 530 aa22.54■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 MIER1Q8N108 512 aa22.54■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 C1orf115Q9H7X2 142 aa22.54■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 SNRKQ9NRH2 765 aa22.54■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 FAM196BA6NMK8 535 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 RLBP1P12271 317 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 PRKCZQ05513 592 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 IRF5Q13568 498 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 FAM110CQ1W6H9 321 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 SH3D19Q5HYK7 790 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 METTL16Q86W50 562 aaKnown RBP22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 ERC1Q8IUD2 1116 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 FOXP4Q8IVH2 680 aaPredicted RBP22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 DBNLQ9UJU6 430 aaKnown RBP22.53■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 ASNSP08243 561 aa22.52■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 MS4A1P11836 297 aa22.52■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 GCLCP48506 637 aaPredicted RBP22.52■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 SPP2Q13103 211 aa22.52■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 PXYLP1Q8TE99 480 aa22.52■■□□□ 1.2
CLN3-241ENST00000635861 FLT1P17948 1338 aa22.51■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 TNPO2O14787 897 aaKnown RBP22.51■■□□□ 1.19
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CLN3-241ENST00000635861 GJA8P48165 433 aa22.51■■□□□ 1.19
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CLN3-241ENST00000635861 WDR18Q9BV38 432 aa22.51■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 FRMD4AQ9P2Q2 1039 aaPredicted RBP22.51■■□□□ 1.19
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CLN3-241ENST00000635861 TREML2Q5T2D2 321 aa22.5■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 CCDC84Q86UT8 332 aaPredicted RBP22.5■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 TGFBRAP1Q8WUH2 860 aa22.5■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 BIN2Q9UBW5 565 aaPredicted RBP22.5■■□□□ 1.19
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CLN3-241ENST00000635861 ADGRA1Q86SQ6 560 aa22.49■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 COA7Q96BR5 231 aa22.49■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 EAF2Q96CJ1 260 aaPredicted RBP22.49■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 TRIM34Q9BYJ4 488 aa22.49■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 ADCY3O60266 1144 aa22.48■■□□□ 1.19
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CLN3-241ENST00000635861 FLT3LGP49771 235 aa22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 HMGCS2P54868 508 aa22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 MAPKAPK5Q8IW41 473 aa22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 CRACR2BQ8N4Y2 399 aaPredicted RBP22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD13CQ8N6S4 541 aa22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 SHISA4Q96DD7 197 aa22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 CCDC8Q9H0W5 538 aaPredicted RBP22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 RNF208Q9H0X6 261 aa22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 GABRQQ9UN88 632 aa22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 RRP1BQ14684 758 aaKnown RBP22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 PIH1D3Q9NQM4 214 aaKnown RBP22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 TLR7Q9NYK1 1049 aaKnown RBP22.48■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 C19orf81C9J6K1 198 aa22.47■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 BACE1P56817 501 aa22.47■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 HABP4Q5JVS0 413 aaKnown RBP22.47■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 NAV1Q8NEY1 1877 aa22.46■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 PLXNB2O15031 1838 aa22.46■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 CYP7A1P22680 504 aa22.46■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 MAP3K12Q12852 859 aa22.46■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 ASCC2Q9H1I8 757 aaPredicted RBP22.46■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 DNAJC18Q9H819 358 aa22.46■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 TMOD4Q9NZQ9 345 aa22.46■■□□□ 1.19
CLN3-241ENST00000635861 DDX60LQ5H9U9 1706 aaKnown RBP22.45■■□□□ 1.18
CLN3-241ENST00000635861 IDH1O75874 414 aaKnown RBP22.45■■□□□ 1.18
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