RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	31.17	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		31.17	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	MYH7	P12883	1935 aa		31.16	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	ALDH1A1	P00352	501 aa		31.16	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	ZMYM1	Q5SVZ6	1142 aa		31.16	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	BRI3BP	Q8WY22	251 aa		31.16	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		31.16	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	CSAD	Q9Y600	493 aa		31.16	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	SLURP2	P0DP57	97 aa		31.15	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	INPP5B	P32019	993 aa		31.15	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		31.15	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	FKTN	O75072	461 aa		31.14	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	NPM3	O75607	178 aa	Known RBP	31.14	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	RHBDL3	P58872	404 aa		31.14	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		31.14	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	31.14	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	IDI2	Q9BXS1	227 aa		31.14	■■■□□ 2.58
NME3-208	ENST00000565379	AK9	Q5TCS8	1911 aa		31.14	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	TESPA1	A2RU30	521 aa	Predicted RBP	31.13	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		31.13	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	DDX4	Q9NQI0	724 aa	Known RBP	31.13	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		31.13	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		31.12	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	CRHR2	Q13324	411 aa		31.12	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	OSBP2	Q969R2	916 aa		31.12	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		31.12	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	31.12	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	31.11	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	TEX11	Q8IYF3	940 aa		31.11	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		31.11	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	31.11	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	HTT	P42858	3142 aa		31.11	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	ATRNL1	Q5VV63	1379 aa		31.1	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	CCL15-CCL14	A0A0B4J2E2	113 aa		31.1	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	SLC34A2	O95436	690 aa		31.1	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	GNAT2	P19087	354 aa		31.1	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	CCL15	Q16663	113 aa		31.1	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		31.1	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	DCAF15	Q66K64	600 aa		31.1	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	SH3RF3	Q8TEJ3	882 aa	Predicted RBP	31.1	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	ENTPD3	O75355	529 aa		31.09	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	MBD4	O95243	580 aa		31.09	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	31.09	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	31.09	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		31.09	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	FBXO46	Q6PJ61	603 aa	Predicted RBP	31.09	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	CHGB	P05060	677 aa		31.08	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	CAP1	Q01518	475 aa		31.08	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	PICALM	Q13492	652 aa		31.08	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	CASC1	Q6TDU7	716 aa		31.08	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		31.08	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	31.08	■■■□□ 2.57
NME3-208	ENST00000565379	RAD50	Q92878	1312 aa		31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	DDTL	A6NHG4	134 aa	Predicted RBP	31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	IRF6	O14896	467 aa		31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	CHML	P26374	656 aa		31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	NMI	Q13287	307 aa	Predicted RBP	31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	ERO1B	Q86YB8	467 aa		31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	LCORL	Q8N3X6	602 aa		31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	HOOK2	Q96ED9	719 aa		31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	STRBP	Q96SI9	672 aa	Known RBP	31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	ARMT1	Q9H993	441 aa		31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	ZNF112	Q9UJU3	913 aa		31.07	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	GPAA1	O43292	621 aa		31.06	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	FAM227B	Q96M60	508 aa		31.06	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	USP5	P45974	858 aa		31.05	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	GTF2A2	P52657	109 aa		31.05	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	31.05	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	ATP8A2	Q9NTI2	1148 aa		31.05	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379		A0A0D9SFI3	127 aa		31.04	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379		M0R2C6	588 aa		31.04	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	CDC45	O75419	566 aa		31.04	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	OTUD7B	Q6GQQ9	843 aa		31.04	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	TGFBRAP1	Q8WUH2	860 aa		31.04	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		31.04	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	PPIL2	Q13356	520 aa		31.03	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	31.03	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	SLC4A4	Q9Y6R1	1079 aa		31.03	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	GIMAP6	Q6P9H5	292 aa		31.02	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	31.02	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	CD99L2	Q8TCZ2	262 aa		31.02	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	31.01	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	FLT1	P17948	1338 aa		31.01	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		31.01	■■■□□ 2.56
NME3-208	ENST00000565379	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		31.01	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	BTBD19	C9JJ37	291 aa		31.01	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	OSBPL5	Q9H0X9	879 aa	Predicted RBP	31.01	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	DHX36	Q9H2U1	1008 aa	Known RBP	31.01	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	FRMD4A	Q9P2Q2	1039 aa	Predicted RBP	31.01	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	FAM196B	A6NMK8	535 aa		31	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	31	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	TAF1C	Q15572	869 aa	Predicted RBP	31	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	NACAP1	Q9BZK3	213 aa		31	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	SNAPC2	Q13487	334 aa		30.99	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	NOL9	Q5SY16	702 aa	Known RBP	30.99	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	MAPKAPK5	Q8IW41	473 aa		30.99	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	TRIM17	Q9Y577	477 aa		30.99	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	CETP	P11597	493 aa		30.98	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	PPAT	Q06203	517 aa		30.98	■■■□□ 2.55
NME3-208	ENST00000565379	OTOP1	Q7RTM1	612 aa		30.98	■■■□□ 2.55

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 228.3 ms