RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 MT4P47944 62 aa7.8□□□□□ -1.16
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP4-3Q9BYR4 195 aa7.8□□□□□ -1.16
CLN3-232ENST00000568443 LINC01558Q9Y6Z2 57 aa7.8□□□□□ -1.16
CLN3-232ENST00000568443 HMCN1Q96RW7 5635 aa7.79□□□□□ -1.16
CLN3-232ENST00000568443 UQCR11O14957 56 aa7.67□□□□□ -1.18
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP12-3P60328 96 aa7.67□□□□□ -1.18
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-4Q6L8H1 288 aa7.66□□□□□ -1.18
CLN3-232ENST00000568443 TMEM258P61165 79 aa7.6□□□□□ -1.19
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP4-7Q9BYR0 210 aa7.59□□□□□ -1.19
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP4-6Q9BYQ5 205 aa7.56□□□□□ -1.2
CLN3-232ENST00000568443 AHNAK2Q8IVF2 5795 aa7.56□□□□□ -1.2
CLN3-232ENST00000568443 MIR22HGQ0VDD5 57 aa7.48□□□□□ -1.21
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP25-1Q3LHN0 102 aa7.47□□□□□ -1.21
CLN3-232ENST00000568443 K7ERS5 55 aa7.4□□□□□ -1.22
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-10Q6L8G5 202 aa7.36□□□□□ -1.23
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-5Q701N2 237 aaPredicted RBP7.31□□□□□ -1.24
CLN3-232ENST00000568443 PSPHP1O15172 72 aa7.26□□□□□ -1.25
CLN3-232ENST00000568443 V9GYY9 64 aa7.26□□□□□ -1.25
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP20-2Q3LI61 65 aa7.25□□□□□ -1.25
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP19-4Q3LI73 84 aa7.24□□□□□ -1.25
CLN3-232ENST00000568443 SPRR5A0A1B0GTR4 108 aa7.22□□□□□ -1.25
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP12-4P60329 112 aa7.21□□□□□ -1.26
CLN3-232ENST00000568443 LOC100996750A0A140TA64 210 aa7.2□□□□□ -1.26
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-3Q6L8H2 238 aa7.19□□□□□ -1.26
CLN3-232ENST00000568443 Q1T7F1 81 aa7.18□□□□□ -1.26
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP23-1A1A580 65 aa7.17□□□□□ -1.26
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP15-1Q3LI76 137 aa7.13□□□□□ -1.27
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-7Q6L8G8 165 aa7.1□□□□□ -1.27
CLN3-232ENST00000568443 SYNE1Q8NF91 8797 aaKnown RBP7.06□□□□□ -1.28
CLN3-232ENST00000568443 LCE3CQ5T5A8 94 aa7.05□□□□□ -1.28
CLN3-232ENST00000568443 A6NED7 52 aa7.02□□□□□ -1.29
CLN3-232ENST00000568443 CDC42SE1Q9NRR8 79 aa6.96□□□□□ -1.3
CLN3-232ENST00000568443 ROMO1P60602 79 aa6.84□□□□□ -1.31
CLN3-232ENST00000568443 RPS28P62857 69 aaKnown RBP6.81□□□□□ -1.32
CLN3-232ENST00000568443 MT1AP04731 61 aa6.79□□□□□ -1.32
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP6-1Q3LI64 71 aa6.75□□□□□ -1.33
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-2Q701N4 177 aa6.69□□□□□ -1.34
CLN3-232ENST00000568443 PCP4P48539 62 aa6.68□□□□□ -1.34
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP4-11Q9BYQ6 195 aa6.66□□□□□ -1.34
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP9-6A8MVA2 160 aa6.62□□□□□ -1.35
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP9-4Q9BYQ2 154 aa6.59□□□□□ -1.35
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP6-2Q3LI66 62 aa6.49□□□□□ -1.37
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-8O75690 187 aa6.43□□□□□ -1.38
CLN3-232ENST00000568443 OBSCNQ5VST9 7968 aa6.34□□□□□ -1.39
CLN3-232ENST00000568443 AHNAKQ09666 5890 aaKnown RBP6.26□□□□□ -1.41
CLN3-232ENST00000568443 MT3P25713 68 aa6.25□□□□□ -1.41
CLN3-232ENST00000568443 MUC5BQ9HC84 5762 aaPredicted RBP6.24□□□□□ -1.41
CLN3-232ENST00000568443 MUC5ACP98088 5654 aa6.21□□□□□ -1.42
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP9-9Q9BYP9 154 aa6.15□□□□□ -1.42
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-1Q6L8H4 278 aa6.02□□□□□ -1.45
CLN3-232ENST00000568443 BRK1Q8WUW1 75 aa5.82□□□□□ -1.48
CLN3-232ENST00000568443 LCE1EQ5T753 118 aa5.75□□□□□ -1.49
CLN3-232ENST00000568443 PMAIP1Q13794 54 aa5.48□□□□□ -1.53
CLN3-232ENST00000568443 LCE1BQ5T7P3 118 aa5.44□□□□□ -1.54
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP4-2Q9BYR5 136 aa5.42□□□□□ -1.54
CLN3-232ENST00000568443 LCE1CQ5T751 118 aa5.33□□□□□ -1.56
CLN3-232ENST00000568443 PRAC1Q96KF2 57 aa5.3□□□□□ -1.56
CLN3-232ENST00000568443 PRO0628Q9UI54 55 aa5.26□□□□□ -1.57
CLN3-232ENST00000568443 LCE3DQ9BYE3 92 aa5.07□□□□□ -1.6
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP4-12Q9BQ66 201 aa4.99□□□□□ -1.61
CLN3-232ENST00000568443 KTN1-AS1Q86SY8 53 aa4.98□□□□□ -1.61
CLN3-232ENST00000568443 SVIPQ8NHG7 77 aa4.98□□□□□ -1.61
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-11Q6L8G4 156 aa4.83□□□□□ -1.64
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP5-6Q6L8G9 129 aaPredicted RBP4.82□□□□□ -1.64
CLN3-232ENST00000568443 LCE3EQ5T5B0 92 aa4.74□□□□□ -1.65
CLN3-232ENST00000568443 LCE1FQ5T754 118 aa4.74□□□□□ -1.65
CLN3-232ENST00000568443 LUZP6Q538Z0 58 aa4.56□□□□□ -1.68
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP21-2Q3LI59 83 aa4.45□□□□□ -1.7
CLN3-232ENST00000568443 PHGR1C9JFL3 82 aa4.32□□□□□ -1.72
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP4-4Q9BYR3 166 aa4.12□□□□□ -1.75
CLN3-232ENST00000568443 MUC19Q7Z5P9 8384 aa3.92□□□□□ -1.78
CLN3-232ENST00000568443 H3BS24 57 aa3.83□□□□□ -1.8
CLN3-232ENST00000568443 NDUFAF8A1L188 74 aa3.78□□□□□ -1.8
CLN3-232ENST00000568443 A0A0A0MQY5 61 aa3.67□□□□□ -1.82
CLN3-232ENST00000568443 PRM1P04553 51 aa3.48□□□□□ -1.85
CLN3-232ENST00000568443 KRTAP21-1Q3LI58 79 aa3.28□□□□□ -1.88
CLN3-232ENST00000568443 INE1O15225 51 aa3.07□□□□□ -1.92
CLN3-232ENST00000568443 MUC16Q8WXI7 14507 aa2.76□□□□□ -1.97
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