RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP12-1	P59990	96 aa		6.03	□□□□□ -1.44
CLN3-231	ENST00000568422	MT1M	Q8N339	61 aa		6	□□□□□ -1.45
CLN3-231	ENST00000568422	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		6	□□□□□ -1.45
CLN3-231	ENST00000568422	PSPHP1	O15172	72 aa		5.99	□□□□□ -1.45
CLN3-231	ENST00000568422	MT4	P47944	62 aa		5.96	□□□□□ -1.46
CLN3-231	ENST00000568422	MT1L	Q93083	61 aa		5.96	□□□□□ -1.46
CLN3-231	ENST00000568422		A8MU10	97 aa		5.94	□□□□□ -1.46
CLN3-231	ENST00000568422	UQCR11	O14957	56 aa		5.92	□□□□□ -1.46
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		5.88	□□□□□ -1.47
CLN3-231	ENST00000568422	C10orf95	Q9H7T3	257 aa		5.86	□□□□□ -1.47
CLN3-231	ENST00000568422	TNP1	P09430	55 aa		5.85	□□□□□ -1.47
CLN3-231	ENST00000568422	LCE3A	Q5TA76	89 aa		5.85	□□□□□ -1.47
CLN3-231	ENST00000568422	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		5.85	□□□□□ -1.47
CLN3-231	ENST00000568422	MIR22HG	Q0VDD5	57 aa		5.84	□□□□□ -1.47
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		5.82	□□□□□ -1.48
CLN3-231	ENST00000568422		A6NED7	52 aa		5.78	□□□□□ -1.48
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		5.77	□□□□□ -1.49
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		5.76	□□□□□ -1.49
CLN3-231	ENST00000568422	CDC42SE1	Q9NRR8	79 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP12-3	P60328	96 aa		5.65	□□□□□ -1.5
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		5.63	□□□□□ -1.51
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		5.59	□□□□□ -1.51
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		5.58	□□□□□ -1.52
CLN3-231	ENST00000568422		K7ERS5	55 aa		5.56	□□□□□ -1.52
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		5.55	□□□□□ -1.52
CLN3-231	ENST00000568422	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		5.54	□□□□□ -1.52
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	5.54	□□□□□ -1.52
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP12-4	P60329	112 aa		5.49	□□□□□ -1.53
CLN3-231	ENST00000568422	BRK1	Q8WUW1	75 aa		5.47	□□□□□ -1.53
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLN3-231	ENST00000568422	ROMO1	P60602	79 aa		5.35	□□□□□ -1.55
CLN3-231	ENST00000568422	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		5.34	□□□□□ -1.55
CLN3-231	ENST00000568422	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	5.28	□□□□□ -1.56
CLN3-231	ENST00000568422	PRO0628	Q9UI54	55 aa		5.25	□□□□□ -1.57
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		5.23	□□□□□ -1.57
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-231	ENST00000568422	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		5.19	□□□□□ -1.58
CLN3-231	ENST00000568422	PMAIP1	Q13794	54 aa		5.14	□□□□□ -1.59
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		5.11	□□□□□ -1.59
CLN3-231	ENST00000568422	MT1A	P04731	61 aa		5.08	□□□□□ -1.6
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-8	O75690	187 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CLN3-231	ENST00000568422	PRAC1	Q96KF2	57 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-231	ENST00000568422	MUC5AC	P98088	5654 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-231	ENST00000568422	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-231	ENST00000568422	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-231	ENST00000568422	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-231	ENST00000568422	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.64
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		4.77	□□□□□ -1.65
CLN3-231	ENST00000568422	MT3	P25713	68 aa		4.69	□□□□□ -1.66
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CLN3-231	ENST00000568422		H3BS24	57 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CLN3-231	ENST00000568422	LCE1E	Q5T753	118 aa		4.38	□□□□□ -1.71
CLN3-231	ENST00000568422		A0A0A0MQY5	61 aa		4.18	□□□□□ -1.74
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		4.11	□□□□□ -1.75
CLN3-231	ENST00000568422	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		4.08	□□□□□ -1.76
CLN3-231	ENST00000568422	LCE1C	Q5T751	118 aa		4.05	□□□□□ -1.76
CLN3-231	ENST00000568422	LUZP6	Q538Z0	58 aa		3.95	□□□□□ -1.78
CLN3-231	ENST00000568422	NDUFAF8	A1L188	74 aa		3.78	□□□□□ -1.8
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		3.78	□□□□□ -1.8
CLN3-231	ENST00000568422	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		3.68	□□□□□ -1.82
CLN3-231	ENST00000568422	LCE1F	Q5T754	118 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
CLN3-231	ENST00000568422	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		3.44	□□□□□ -1.86
CLN3-231	ENST00000568422	PHGR1	C9JFL3	82 aa		3.36	□□□□□ -1.87
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		3.33	□□□□□ -1.88
CLN3-231	ENST00000568422	INE1	O15225	51 aa		3.31	□□□□□ -1.88
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.05	□□□□□ -1.92
CLN3-231	ENST00000568422	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		2.98	□□□□□ -1.93
CLN3-231	ENST00000568422	PRM1	P04553	51 aa		2.78	□□□□□ -1.96
CLN3-231	ENST00000568422	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		2.59	□□□□□ -1.99
CLN3-231	ENST00000568422	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		2.17	□□□□□ -2.06

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