RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000567271.1

NME3-210, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 752 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-210	ENST00000567271		K7ERS5	55 aa		7.86	□□□□□ -1.15
NME3-210	ENST00000567271		A6NED7	52 aa		7.8	□□□□□ -1.16
NME3-210	ENST00000567271	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	7.78	□□□□□ -1.16
NME3-210	ENST00000567271	MT1G	P13640	62 aa		7.76	□□□□□ -1.17
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		7.72	□□□□□ -1.17
NME3-210	ENST00000567271	MT1L	Q93083	61 aa		7.72	□□□□□ -1.17
NME3-210	ENST00000567271	PP632	Q6XCG6	107 aa		7.68	□□□□□ -1.18
NME3-210	ENST00000567271	MT1M	Q8N339	61 aa		7.63	□□□□□ -1.19
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP12-3	P60328	96 aa		7.62	□□□□□ -1.19
NME3-210	ENST00000567271	CDC42SE1	Q9NRR8	79 aa		7.49	□□□□□ -1.21
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		7.46	□□□□□ -1.22
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		7.45	□□□□□ -1.22
NME3-210	ENST00000567271	ROMO1	P60602	79 aa		7.4	□□□□□ -1.22
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		7.36	□□□□□ -1.23
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		7.27	□□□□□ -1.25
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		7.22	□□□□□ -1.25
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		7.21	□□□□□ -1.26
NME3-210	ENST00000567271	LCE4A	Q5TA78	99 aa		7.21	□□□□□ -1.26
NME3-210	ENST00000567271	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		7.15	□□□□□ -1.27
NME3-210	ENST00000567271	LCE1D	Q5T752	114 aa		7.13	□□□□□ -1.27
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		7.13	□□□□□ -1.27
NME3-210	ENST00000567271	MT4	P47944	62 aa		7.08	□□□□□ -1.28
NME3-210	ENST00000567271	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		7.06	□□□□□ -1.28
NME3-210	ENST00000567271	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		7.05	□□□□□ -1.28
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
NME3-210	ENST00000567271	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		6.96	□□□□□ -1.3
NME3-210	ENST00000567271	BRK1	Q8WUW1	75 aa		6.95	□□□□□ -1.3
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		6.93	□□□□□ -1.3
NME3-210	ENST00000567271	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		6.83	□□□□□ -1.32
NME3-210	ENST00000567271	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	6.77	□□□□□ -1.33
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP12-4	P60329	112 aa		6.72	□□□□□ -1.33
NME3-210	ENST00000567271	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		6.71	□□□□□ -1.34
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		6.7	□□□□□ -1.34
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		6.65	□□□□□ -1.34
NME3-210	ENST00000567271	MT1A	P04731	61 aa		6.57	□□□□□ -1.36
NME3-210	ENST00000567271	PMAIP1	Q13794	54 aa		6.55	□□□□□ -1.36
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		6.52	□□□□□ -1.37
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		6.51	□□□□□ -1.37
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		6.49	□□□□□ -1.37
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		6.34	□□□□□ -1.39
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		6.3	□□□□□ -1.4
NME3-210	ENST00000567271	PRAC1	Q96KF2	57 aa		6.26	□□□□□ -1.41
NME3-210	ENST00000567271	PRO0628	Q9UI54	55 aa		6.26	□□□□□ -1.41
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		6.21	□□□□□ -1.42
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		6.18	□□□□□ -1.42
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		6.06	□□□□□ -1.44
NME3-210	ENST00000567271	MT3	P25713	68 aa		6.01	□□□□□ -1.45
NME3-210	ENST00000567271	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		5.93	□□□□□ -1.46
NME3-210	ENST00000567271	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		5.92	□□□□□ -1.46
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-8	O75690	187 aa		5.85	□□□□□ -1.47
NME3-210	ENST00000567271	MUC5AC	P98088	5654 aa		5.65	□□□□□ -1.5
NME3-210	ENST00000567271	SVIP	Q8NHG7	77 aa		5.64	□□□□□ -1.51
NME3-210	ENST00000567271	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	5.62	□□□□□ -1.51
NME3-210	ENST00000567271	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	5.6	□□□□□ -1.51
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		5.59	□□□□□ -1.51
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		5.49	□□□□□ -1.53
NME3-210	ENST00000567271	LCE1E	Q5T753	118 aa		5.46	□□□□□ -1.54
NME3-210	ENST00000567271	LUZP6	Q538Z0	58 aa		5.24	□□□□□ -1.57
NME3-210	ENST00000567271	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		5.13	□□□□□ -1.59
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		5.13	□□□□□ -1.59
NME3-210	ENST00000567271	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		5.1	□□□□□ -1.59
NME3-210	ENST00000567271	LCE1C	Q5T751	118 aa		5.07	□□□□□ -1.6
NME3-210	ENST00000567271	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		4.87	□□□□□ -1.63
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		4.55	□□□□□ -1.68
NME3-210	ENST00000567271	NDUFAF8	A1L188	74 aa		4.41	□□□□□ -1.7
NME3-210	ENST00000567271	LCE1F	Q5T754	118 aa		4.38	□□□□□ -1.71
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		4.3	□□□□□ -1.72
NME3-210	ENST00000567271	PHGR1	C9JFL3	82 aa		3.93	□□□□□ -1.78
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.89	□□□□□ -1.79
NME3-210	ENST00000567271		A0A0A0MQY5	61 aa		3.79	□□□□□ -1.8
NME3-210	ENST00000567271	PRM1	P04553	51 aa		3.79	□□□□□ -1.8
NME3-210	ENST00000567271		H3BS24	57 aa		3.77	□□□□□ -1.81
NME3-210	ENST00000567271	INE1	O15225	51 aa		3.69	□□□□□ -1.82
NME3-210	ENST00000567271	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		3.62	□□□□□ -1.83
NME3-210	ENST00000567271	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		2.85	□□□□□ -1.95
NME3-210	ENST00000567271	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		2.53	□□□□□ -2

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