RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538176.5

CCDC78-215, Transcript of coiled-coil domain containing 78, human

TSL 2

Gene CCDC78, Length 1,166 nt, Biotype retained intron.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CCDC78-215	ENST00000538176	LCE4A	Q5TA78	99 aa		7.46	□□□□□ -1.22
CCDC78-215	ENST00000538176	MIR22HG	Q0VDD5	57 aa		7.45	□□□□□ -1.22
CCDC78-215	ENST00000538176		K7ERS5	55 aa		7.42	□□□□□ -1.22
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP12-3	P60328	96 aa		7.42	□□□□□ -1.22
CCDC78-215	ENST00000538176		V9GYY9	64 aa		7.42	□□□□□ -1.22
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CCDC78-215	ENST00000538176	LCE1D	Q5T752	114 aa		7.37	□□□□□ -1.23
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CCDC78-215	ENST00000538176		Q1T7F1	81 aa		7.29	□□□□□ -1.24
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		7.28	□□□□□ -1.24
CCDC78-215	ENST00000538176	MT4	P47944	62 aa		7.27	□□□□□ -1.25
CCDC78-215	ENST00000538176	PSPHP1	O15172	72 aa		7.24	□□□□□ -1.25
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		7.2	□□□□□ -1.26
CCDC78-215	ENST00000538176	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		7.19	□□□□□ -1.26
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		7.17	□□□□□ -1.26
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CCDC78-215	ENST00000538176	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		7.16	□□□□□ -1.26
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		7.06	□□□□□ -1.28
CCDC78-215	ENST00000538176		A6NED7	52 aa		7.05	□□□□□ -1.28
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CCDC78-215	ENST00000538176	CDC42SE1	Q9NRR8	79 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		6.95	□□□□□ -1.3
CCDC78-215	ENST00000538176	RPS28	P62857	69 aa	Known RBP	6.92	□□□□□ -1.3
CCDC78-215	ENST00000538176	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		6.89	□□□□□ -1.31
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP12-4	P60329	112 aa		6.88	□□□□□ -1.31
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		6.86	□□□□□ -1.31
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		6.84	□□□□□ -1.31
CCDC78-215	ENST00000538176	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		6.83	□□□□□ -1.32
CCDC78-215	ENST00000538176	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		6.83	□□□□□ -1.32
CCDC78-215	ENST00000538176	ROMO1	P60602	79 aa		6.82	□□□□□ -1.32
CCDC78-215	ENST00000538176	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		6.8	□□□□□ -1.32
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		6.72	□□□□□ -1.33
CCDC78-215	ENST00000538176	PCP4	P48539	62 aa		6.67	□□□□□ -1.34
CCDC78-215	ENST00000538176	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	6.63	□□□□□ -1.35
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		6.62	□□□□□ -1.35
CCDC78-215	ENST00000538176	MT1A	P04731	61 aa		6.51	□□□□□ -1.37
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		6.42	□□□□□ -1.38
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		6.36	□□□□□ -1.39
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		6.34	□□□□□ -1.39
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		6.32	□□□□□ -1.4
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		6.27	□□□□□ -1.41
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		6.15	□□□□□ -1.42
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-8	O75690	187 aa		6.04	□□□□□ -1.44
CCDC78-215	ENST00000538176	MT3	P25713	68 aa		6.01	□□□□□ -1.45
CCDC78-215	ENST00000538176	BRK1	Q8WUW1	75 aa		5.98	□□□□□ -1.45
CCDC78-215	ENST00000538176	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		5.93	□□□□□ -1.46
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		5.79	□□□□□ -1.48
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		5.7	□□□□□ -1.5
CCDC78-215	ENST00000538176	PMAIP1	Q13794	54 aa		5.67	□□□□□ -1.5
CCDC78-215	ENST00000538176	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	5.65	□□□□□ -1.51
CCDC78-215	ENST00000538176	MUC5AC	P98088	5654 aa		5.63	□□□□□ -1.51
CCDC78-215	ENST00000538176	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	5.58	□□□□□ -1.52
CCDC78-215	ENST00000538176	LCE1E	Q5T753	118 aa		5.55	□□□□□ -1.52
CCDC78-215	ENST00000538176	PRAC1	Q96KF2	57 aa		5.34	□□□□□ -1.55
CCDC78-215	ENST00000538176	PRO0628	Q9UI54	55 aa		5.25	□□□□□ -1.57
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		5.14	□□□□□ -1.59
CCDC78-215	ENST00000538176	LCE1C	Q5T751	118 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CCDC78-215	ENST00000538176	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		5.13	□□□□□ -1.59
CCDC78-215	ENST00000538176	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CCDC78-215	ENST00000538176	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CCDC78-215	ENST00000538176	SVIP	Q8NHG7	77 aa		4.75	□□□□□ -1.65
CCDC78-215	ENST00000538176	LUZP6	Q538Z0	58 aa		4.72	□□□□□ -1.65
CCDC78-215	ENST00000538176	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CCDC78-215	ENST00000538176	LCE1F	Q5T754	118 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		4.25	□□□□□ -1.73
CCDC78-215	ENST00000538176	PHGR1	C9JFL3	82 aa		4	□□□□□ -1.77
CCDC78-215	ENST00000538176		H3BS24	57 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CCDC78-215	ENST00000538176	NDUFAF8	A1L188	74 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CCDC78-215	ENST00000538176	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		3.64	□□□□□ -1.83
CCDC78-215	ENST00000538176	PRM1	P04553	51 aa		3.43	□□□□□ -1.86
CCDC78-215	ENST00000538176		A0A0A0MQY5	61 aa		3.21	□□□□□ -1.9
CCDC78-215	ENST00000538176	INE1	O15225	51 aa		3.09	□□□□□ -1.91
CCDC78-215	ENST00000538176	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		3.09	□□□□□ -1.91
CCDC78-215	ENST00000538176	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		2.57	□□□□□ -2

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