RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476519.1

SYNE1-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-223	ENST00000476519	KLKP1	Q107X0	134 aa		5.41	□□□□□ -1.54
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP6-3	Q3LI67	103 aa		5.41	□□□□□ -1.54
SYNE1-223	ENST00000476519	MT1B	P07438	61 aa		5.4	□□□□□ -1.54
SYNE1-223	ENST00000476519	CRIPT	Q9P021	101 aa		5.39	□□□□□ -1.55
SYNE1-223	ENST00000476519		A6NN06	94 aa		5.38	□□□□□ -1.55
SYNE1-223	ENST00000476519		H0Y9P7	68 aa		5.37	□□□□□ -1.55
SYNE1-223	ENST00000476519	LINC00643	Q86TS7	51 aa		5.37	□□□□□ -1.55
SYNE1-223	ENST00000476519		A0A087WVE0	104 aa		5.36	□□□□□ -1.55
SYNE1-223	ENST00000476519	IMUP	Q9GZP8	106 aa		5.36	□□□□□ -1.55
SYNE1-223	ENST00000476519	NDUFC1	O43677	76 aa		5.35	□□□□□ -1.55
SYNE1-223	ENST00000476519		A8MUN3	132 aa		5.33	□□□□□ -1.56
SYNE1-223	ENST00000476519		H0YAA0	97 aa		5.32	□□□□□ -1.56
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP10-5	P60370	271 aa		5.31	□□□□□ -1.56
SYNE1-223	ENST00000476519	NEB	P20929	6669 aa		5.31	□□□□□ -1.56
SYNE1-223	ENST00000476519	LINC00208	Q96KT6	92 aa		5.29	□□□□□ -1.56
SYNE1-223	ENST00000476519	MP68	P56378	58 aa		5.28	□□□□□ -1.56
SYNE1-223	ENST00000476519	OCR1	Q9BZK8	76 aa		5.27	□□□□□ -1.57
SYNE1-223	ENST00000476519	MUC12	Q9UKN1	5478 aa		5.24	□□□□□ -1.57
SYNE1-223	ENST00000476519	ADM2	Q7Z4H4	148 aa		5.22	□□□□□ -1.57
SYNE1-223	ENST00000476519		A0A1B0GV90	55 aa		5.21	□□□□□ -1.58
SYNE1-223	ENST00000476519		H3BPC8	53 aa		5.21	□□□□□ -1.58
SYNE1-223	ENST00000476519		J3QR89	54 aa		5.21	□□□□□ -1.58
SYNE1-223	ENST00000476519	SCGB1A1	P11684	91 aa		5.16	□□□□□ -1.58
SYNE1-223	ENST00000476519	KMT2D	O14686	5537 aa		5.15	□□□□□ -1.58
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP5-9	P26371	169 aa		5.14	□□□□□ -1.59
SYNE1-223	ENST00000476519	C20orf197	Q8N268	126 aa		5.14	□□□□□ -1.59
SYNE1-223	ENST00000476519	DMAC1	Q96GE9	116 aa		5.13	□□□□□ -1.59
SYNE1-223	ENST00000476519	MDN1	Q9NU22	5596 aa		5.12	□□□□□ -1.59
SYNE1-223	ENST00000476519	PLAC4	Q8WY50	150 aa		5.12	□□□□□ -1.59
SYNE1-223	ENST00000476519	PRO2289	Q9P1D8	64 aa		5.12	□□□□□ -1.59
SYNE1-223	ENST00000476519		R4GN34	69 aa		5.1	□□□□□ -1.59
SYNE1-223	ENST00000476519		P0C880	135 aa		5.08	□□□□□ -1.6
SYNE1-223	ENST00000476519	MT1X	P80297	61 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE1-223	ENST00000476519	TRAV7	A0A075B6U4	112 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE1-223	ENST00000476519		M0QZ58	72 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE1-223	ENST00000476519	ACYP2	P14621	99 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE1-223	ENST00000476519	SMIM20	Q8N5G0	67 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP12-2	P59991	146 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-223	ENST00000476519	SPTSSB	Q8NFR3	76 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE1-223	ENST00000476519		K7ERU9	68 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-223	ENST00000476519	MT-ATP8	P03928	68 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE1-223	ENST00000476519	LINC01554	Q52M75	96 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE1-223	ENST00000476519	SPRR2F	Q96RM1	72 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP8-1	Q8IUC2	63 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE1-223	ENST00000476519	CHKB-CPT1B	H3BT56	60 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-223	ENST00000476519	SPRR2E	P22531	72 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-223	ENST00000476519	SPRR2B	P35325	72 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-223	ENST00000476519	SPRR2A	P35326	72 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-223	ENST00000476519	SPANXA2-OT1	Q8N9U9	137 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE1-223	ENST00000476519	SNURF	Q9Y675	71 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP4-8	A0A0G2JLE6	195 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP4-8	Q9BYQ9	185 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP10-12	P60413	245 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-223	ENST00000476519	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP10-7	P60409	375 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-223	ENST00000476519	SERP2	Q8N6R1	65 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-223	ENST00000476519	SPRR2D	P22532	72 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP13-4	Q3LI77	160 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-223	ENST00000476519	CAMK2N1	Q7Z7J9	78 aa		4.69	□□□□□ -1.66
SYNE1-223	ENST00000476519	COA5	Q86WW8	74 aa		4.69	□□□□□ -1.66
SYNE1-223	ENST00000476519	SEC61G	P60059	68 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-223	ENST00000476519	SERP1	Q9Y6X1	66 aa		4.67	□□□□□ -1.66
SYNE1-223	ENST00000476519	COX7C	P15954	63 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-223	ENST00000476519	LCE3B	Q5TA77	95 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SYNE1-223	ENST00000476519		A0A1B0GU33	70 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-223	ENST00000476519		A0A0D9SG42	100 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SYNE1-223	ENST00000476519		H7BZZ5	65 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SYNE1-223	ENST00000476519	SPATA8	Q6RVD6	105 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SYNE1-223	ENST00000476519	SPINT4	Q6UDR6	99 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SYNE1-223	ENST00000476519	CYSTM1	Q9H1C7	97 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SYNE1-223	ENST00000476519	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		4.5	□□□□□ -1.69
SYNE1-223	ENST00000476519	MT1E	P04732	61 aa		4.49	□□□□□ -1.69
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP12-1	P59990	96 aa		4.49	□□□□□ -1.69
SYNE1-223	ENST00000476519	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
SYNE1-223	ENST00000476519	SMIM26	A0A096LP01	95 aa		4.47	□□□□□ -1.69
SYNE1-223	ENST00000476519		A0A1B0GU69	56 aa		4.47	□□□□□ -1.69
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		4.47	□□□□□ -1.69
SYNE1-223	ENST00000476519	ANAPC13	Q9BS18	74 aa		4.42	□□□□□ -1.7
SYNE1-223	ENST00000476519	MT1G	P13640	62 aa		4.4	□□□□□ -1.71
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		4.4	□□□□□ -1.71
SYNE1-223	ENST00000476519		A8MU10	97 aa		4.37	□□□□□ -1.71
SYNE1-223	ENST00000476519	PP632	Q6XCG6	107 aa		4.35	□□□□□ -1.71
SYNE1-223	ENST00000476519	PRR15L	Q9BU68	103 aa		4.35	□□□□□ -1.71
SYNE1-223	ENST00000476519	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		4.34	□□□□□ -1.71
SYNE1-223	ENST00000476519	ATP5E	P56381	51 aa	Predicted RBP	4.34	□□□□□ -1.71
SYNE1-223	ENST00000476519	CCDC179	H3BU77	68 aa		4.33	□□□□□ -1.72
SYNE1-223	ENST00000476519	TNP1	P09430	55 aa		4.33	□□□□□ -1.72
SYNE1-223	ENST00000476519	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		4.31	□□□□□ -1.72
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		4.31	□□□□□ -1.72
SYNE1-223	ENST00000476519	C10orf95	Q9H7T3	257 aa		4.3	□□□□□ -1.72
SYNE1-223	ENST00000476519	MT1L	Q93083	61 aa		4.28	□□□□□ -1.72
SYNE1-223	ENST00000476519	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		4.28	□□□□□ -1.72
SYNE1-223	ENST00000476519	LINC01558	Q9Y6Z2	57 aa		4.28	□□□□□ -1.72
SYNE1-223	ENST00000476519	LCE3A	Q5TA76	89 aa		4.27	□□□□□ -1.73

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