RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM240A	A0A1B0GVK7	77 aa		5.28	□□□□□ -1.56
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV22	A0A0B4J277	110 aa		5.27	□□□□□ -1.57
PTPRF-211	ENST00000467464	MUC12	Q9UKN1	5478 aa		5.26	□□□□□ -1.57
PTPRF-211	ENST00000467464	ACYP1	P07311	99 aa		5.25	□□□□□ -1.57
PTPRF-211	ENST00000467464	LOC101927531	A0A1B0GV80	90 aa		5.24	□□□□□ -1.57
PTPRF-211	ENST00000467464	CRIPT	Q9P021	101 aa		5.2	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP5-9	P26371	169 aa		5.19	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464	UQCRQ	O14949	82 aa		5.18	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464	MT-ATP8	P03928	68 aa		5.18	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP5EP2	Q5VTU8	51 aa		5.18	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464	NEB	P20929	6669 aa		5.18	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464		H0YAA0	97 aa		5.17	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00643	Q86TS7	51 aa		5.17	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464		H0Y9P7	68 aa		5.16	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464	IMUP	Q9GZP8	106 aa		5.16	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464	KMT2D	O14686	5537 aa		5.15	□□□□□ -1.58
PTPRF-211	ENST00000467464	ATOX1	O00244	68 aa		5.14	□□□□□ -1.59
PTPRF-211	ENST00000467464	HIST1H4A	P62805	103 aa	Known RBP	5.14	□□□□□ -1.59
PTPRF-211	ENST00000467464	MDN1	Q9NU22	5596 aa		5.13	□□□□□ -1.59
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFC1	O43677	76 aa		5.13	□□□□□ -1.59
PTPRF-211	ENST00000467464		A8MUN3	132 aa		5.1	□□□□□ -1.59
PTPRF-211	ENST00000467464	ADM2	Q7Z4H4	148 aa		5.08	□□□□□ -1.6
PTPRF-211	ENST00000467464	MT1X	P80297	61 aa		5.07	□□□□□ -1.6
PTPRF-211	ENST00000467464	OCR1	Q9BZK8	76 aa		5.07	□□□□□ -1.6
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		5.06	□□□□□ -1.6
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC00208	Q96KT6	92 aa		5.06	□□□□□ -1.6
PTPRF-211	ENST00000467464	SCGB1A1	P11684	91 aa		5.05	□□□□□ -1.6
PTPRF-211	ENST00000467464		P0C880	135 aa		5.01	□□□□□ -1.61
PTPRF-211	ENST00000467464	MP68	P56378	58 aa		4.98	□□□□□ -1.61
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP3-2	Q9BYR7	98 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPRF-211	ENST00000467464	PRO2289	Q9P1D8	64 aa		4.97	□□□□□ -1.61
PTPRF-211	ENST00000467464	PCP4	P48539	62 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRF-211	ENST00000467464	DMAC1	Q96GE9	116 aa		4.96	□□□□□ -1.62
PTPRF-211	ENST00000467464	SPRR2F	Q96RM1	72 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPRF-211	ENST00000467464	ANAPC13	Q9BS18	74 aa		4.95	□□□□□ -1.62
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BPC8	53 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP12-2	P59991	146 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRF-211	ENST00000467464		R4GN34	69 aa		4.94	□□□□□ -1.62
PTPRF-211	ENST00000467464	SVIP	Q8NHG7	77 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPRF-211	ENST00000467464	PLAC4	Q8WY50	150 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPRF-211	ENST00000467464		M0QZ58	72 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	SPRR2E	P22531	72 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	SPRR2B	P35325	72 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	SPRR2A	P35326	72 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		4.9	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP8-1	Q8IUC2	63 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	C20orf197	Q8N268	126 aa		4.89	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM20	Q8N5G0	67 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	SERP2	Q8N6R1	65 aa		4.88	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAV7	A0A075B6U4	112 aa		4.87	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP4-8	A0A0G2JLE6	195 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	COX7C	P15954	63 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP4-8	Q9BYQ9	185 aa		4.86	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC179	H3BU77	68 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP10-7	P60409	375 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01554	Q52M75	96 aa		4.82	□□□□□ -1.64
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP10-12	P60413	245 aa		4.8	□□□□□ -1.64
PTPRF-211	ENST00000467464	SNURF	Q9Y675	71 aa		4.77	□□□□□ -1.65
PTPRF-211	ENST00000467464	ACYP2	P14621	99 aa		4.76	□□□□□ -1.65
PTPRF-211	ENST00000467464	CYSTM1	Q9H1C7	97 aa		4.76	□□□□□ -1.65
PTPRF-211	ENST00000467464	SPRR2D	P22532	72 aa		4.74	□□□□□ -1.65
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		4.74	□□□□□ -1.65
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		4.74	□□□□□ -1.65
PTPRF-211	ENST00000467464		H7BZZ5	65 aa		4.69	□□□□□ -1.66
PTPRF-211	ENST00000467464	SPTSSB	Q8NFR3	76 aa		4.69	□□□□□ -1.66
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM258	P61165	79 aa		4.66	□□□□□ -1.66
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP13-4	Q3LI77	160 aa		4.66	□□□□□ -1.66
PTPRF-211	ENST00000467464	CHKB-CPT1B	H3BT56	60 aa		4.64	□□□□□ -1.67
PTPRF-211	ENST00000467464	LCE3B	Q5TA77	95 aa		4.62	□□□□□ -1.67
PTPRF-211	ENST00000467464	SPANXA2-OT1	Q8N9U9	137 aa		4.61	□□□□□ -1.67
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP5E	P56381	51 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPRF-211	ENST00000467464	SERP1	Q9Y6X1	66 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PTPRF-211	ENST00000467464	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRF-211	ENST00000467464	CAMK2N1	Q7Z7J9	78 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRF-211	ENST00000467464	MT1E	P04732	61 aa		4.49	□□□□□ -1.69
PTPRF-211	ENST00000467464	COA5	Q86WW8	74 aa		4.49	□□□□□ -1.69
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS28	P62857	69 aa	Known RBP	4.47	□□□□□ -1.69
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		4.44	□□□□□ -1.7
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A0D9SG42	100 aa		4.42	□□□□□ -1.7
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA8	Q6RVD6	105 aa		4.41	□□□□□ -1.7
PTPRF-211	ENST00000467464	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	4.4	□□□□□ -1.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM26	A0A096LP01	95 aa		4.39	□□□□□ -1.71
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP12-1	P59990	96 aa		4.39	□□□□□ -1.71
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		4.36	□□□□□ -1.71
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1B0GU33	70 aa		4.35	□□□□□ -1.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SEC61G	P60059	68 aa		4.35	□□□□□ -1.71
PTPRF-211	ENST00000467464	SPINT4	Q6UDR6	99 aa		4.34	□□□□□ -1.71
PTPRF-211	ENST00000467464	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		4.34	□□□□□ -1.71
PTPRF-211	ENST00000467464	MT1G	P13640	62 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PTPRF-211	ENST00000467464		Q1T7F1	81 aa		4.3	□□□□□ -1.72
PTPRF-211	ENST00000467464		V9GYY9	64 aa		4.29	□□□□□ -1.72
PTPRF-211	ENST00000467464	MT1L	Q93083	61 aa		4.28	□□□□□ -1.72
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		4.28	□□□□□ -1.72
PTPRF-211	ENST00000467464	MT1M	Q8N339	61 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01558	Q9Y6Z2	57 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PTPRF-211	ENST00000467464		A8MU10	97 aa		4.25	□□□□□ -1.73
PTPRF-211	ENST00000467464	LCE1D	Q5T752	114 aa		4.25	□□□□□ -1.73

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