RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912		Q8N1X5	172 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-215	ENST00000460912	IGKV2D-30	A0A075B6S6	120 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM229A	H3BQW9	127 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP10-8	P60410	259 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SYNE1-215	ENST00000460912	MT1HL1	P0DM35	61 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SYNE1-215	ENST00000460912	ROMO1	P60602	79 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-215	ENST00000460912		K7ERS5	55 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE1-215	ENST00000460912	ACYP2	P14621	99 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE1-215	ENST00000460912	C20orf166-AS1	Q96NR2	134 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE1-215	ENST00000460912		A8MUU9	505 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYNE1-215	ENST00000460912	PLA2G1B	P04054	148 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
SYNE1-215	ENST00000460912		Q5VSD8	79 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP3-1	Q9BYR8	98 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-215	ENST00000460912	SMR3B	P02814	79 aa	Predicted RBP	4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-215	ENST00000460912	LUZP6	Q538Z0	58 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-215	ENST00000460912	TYMSOS	Q8TAI1	123 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0D9SG42	100 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00304	Q8N9R0	145 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE1-215	ENST00000460912	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		4.7	□□□□□ -1.66
SYNE1-215	ENST00000460912	SPATA8	Q6RVD6	105 aa		4.68	□□□□□ -1.66
SYNE1-215	ENST00000460912	LPA	P08519	4548 aa		4.67	□□□□□ -1.66
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		4.65	□□□□□ -1.67
SYNE1-215	ENST00000460912	HERC1	Q15751	4861 aa		4.63	□□□□□ -1.67
SYNE1-215	ENST00000460912		P0C880	135 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SYNE1-215	ENST00000460912	C10orf95	Q9H7T3	257 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP3-3	Q9BYR6	98 aa		4.59	□□□□□ -1.68
SYNE1-215	ENST00000460912		H0YAA0	97 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SYNE1-215	ENST00000460912	LRP2	P98164	4655 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SYNE1-215	ENST00000460912	C9orf92	A6NGG3	77 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1B0GU33	70 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SYNE1-215	ENST00000460912	FLG	P20930	4061 aa	Predicted RBP	4.5	□□□□□ -1.69
SYNE1-215	ENST00000460912	COX6B2	Q6YFQ2	88 aa		4.5	□□□□□ -1.69
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP3-2	Q9BYR7	98 aa		4.5	□□□□□ -1.69
SYNE1-215	ENST00000460912	RPL37	P61927	97 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP10-6	P60371	365 aa	Predicted RBP	4.49	□□□□□ -1.69
SYNE1-215	ENST00000460912	XP32	Q5T750	250 aa		4.49	□□□□□ -1.69
SYNE1-215	ENST00000460912	TPRXL	Q17RH7	258 aa		4.46	□□□□□ -1.7
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP19-2	Q3LHN2	52 aa		4.44	□□□□□ -1.7
SYNE1-215	ENST00000460912	H1FX-AS1	Q4G0G2	97 aa		4.42	□□□□□ -1.7
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP13-4	Q3LI77	160 aa		4.4	□□□□□ -1.71
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP4-1	Q9BYQ7	146 aa		4.36	□□□□□ -1.71
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF213	Q63HN8	5207 aa		4.35	□□□□□ -1.71
SYNE1-215	ENST00000460912	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		4.34	□□□□□ -1.72
SYNE1-215	ENST00000460912	MUC2	Q02817	5179 aa		4.31	□□□□□ -1.72
SYNE1-215	ENST00000460912		S4R3F8	94 aa		4.27	□□□□□ -1.73
SYNE1-215	ENST00000460912		J3QL48	77 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SYNE1-215	ENST00000460912	LCE2C	Q5TA81	110 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SYNE1-215	ENST00000460912	SEC61B	P60468	96 aa	Known RBP	4.26	□□□□□ -1.73
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP12-2	P59991	146 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP12-1	P59990	96 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SYNE1-215	ENST00000460912	FAT4	Q6V0I7	4981 aa		4.14	□□□□□ -1.75
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		4.13	□□□□□ -1.75
SYNE1-215	ENST00000460912	PLAC4	Q8WY50	150 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SYNE1-215	ENST00000460912		M0QZ58	72 aa		4.1	□□□□□ -1.75
SYNE1-215	ENST00000460912	LOR	P23490	312 aa	Predicted RBP	4.1	□□□□□ -1.75
SYNE1-215	ENST00000460912	LCE2A	Q5TA79	106 aa	Predicted RBP	4.08	□□□□□ -1.76
SYNE1-215	ENST00000460912	MT1H	P80294	61 aa		4.04	□□□□□ -1.76
SYNE1-215	ENST00000460912	CAMK2N1	Q7Z7J9	78 aa		4	□□□□□ -1.77
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		3.96	□□□□□ -1.78
SYNE1-215	ENST00000460912		R4GN34	69 aa		3.92	□□□□□ -1.78
SYNE1-215	ENST00000460912	MT2A	P02795	61 aa		3.85	□□□□□ -1.79
SYNE1-215	ENST00000460912	SPRR2G	Q9BYE4	73 aa		3.85	□□□□□ -1.79
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP19-1	Q8IUB9	90 aa		3.83	□□□□□ -1.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MT1F	P04733	61 aa		3.83	□□□□□ -1.8
SYNE1-215	ENST00000460912		M0R2T5	61 aa		3.82	□□□□□ -1.8
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		3.82	□□□□□ -1.8
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		3.79	□□□□□ -1.8
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP19-8	Q3LI54	63 aa		3.73	□□□□□ -1.81
SYNE1-215	ENST00000460912	LCE2D	Q5TA82	110 aa	Predicted RBP	3.72	□□□□□ -1.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		3.71	□□□□□ -1.82
SYNE1-215	ENST00000460912	LCE2B	O14633	110 aa		3.7	□□□□□ -1.82
SYNE1-215	ENST00000460912	SSPO	A2VEC9	5147 aa		3.7	□□□□□ -1.82
SYNE1-215	ENST00000460912	PP632	Q6XCG6	107 aa		3.69	□□□□□ -1.82
SYNE1-215	ENST00000460912	USH2A	O75445	5202 aa		3.67	□□□□□ -1.82
SYNE1-215	ENST00000460912	MT1B	P07438	61 aa		3.66	□□□□□ -1.82
SYNE1-215	ENST00000460912	PRO2289	Q9P1D8	64 aa		3.65	□□□□□ -1.83
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP10-5	P60370	271 aa		3.62	□□□□□ -1.83
SYNE1-215	ENST00000460912	MT1X	P80297	61 aa		3.6	□□□□□ -1.83
SYNE1-215	ENST00000460912	TNP1	P09430	55 aa		3.55	□□□□□ -1.84
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP10-10	P60014	251 aa		3.53	□□□□□ -1.84
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP8-1	Q8IUC2	63 aa		3.52	□□□□□ -1.85
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP19-6	Q3LI70	58 aa		3.51	□□□□□ -1.85
SYNE1-215	ENST00000460912	LCE3A	Q5TA76	89 aa		3.5	□□□□□ -1.85
SYNE1-215	ENST00000460912	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		3.49	□□□□□ -1.85
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP9-2	Q9BYQ4	174 aa		3.45	□□□□□ -1.86
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP10-7	P60409	375 aa	Predicted RBP	3.43	□□□□□ -1.86
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP10-12	P60413	245 aa		3.42	□□□□□ -1.86
SYNE1-215	ENST00000460912	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	3.4	□□□□□ -1.86
SYNE1-215	ENST00000460912	INE1	O15225	51 aa		3.39	□□□□□ -1.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FCGBP	Q9Y6R7	5405 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FSIP2	Q5CZC0	6907 aa		3.38	□□□□□ -1.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP12-3	P60328	96 aa		3.3	□□□□□ -1.88
SYNE1-215	ENST00000460912	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		3.28	□□□□□ -1.88
SYNE1-215	ENST00000460912	KMT2D	O14686	5537 aa		3.27	□□□□□ -1.89
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		3.24	□□□□□ -1.89
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		3.23	□□□□□ -1.89
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP9-6	A0A140TA67	174 aa		3.19	□□□□□ -1.9
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		3.18	□□□□□ -1.9
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP5-9	P26371	169 aa		3.18	□□□□□ -1.9
SYNE1-215	ENST00000460912	KRTAP4-8	A0A0G2JLE6	195 aa		3.18	□□□□□ -1.9

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 39.8 ms