RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000515847.1

LIMCH1-222, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, human

TSL 4

Gene LIMCH1, Length 490 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LIMCH1-222	ENST00000515847		F8WEM9	126 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847		H3BQ85	93 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	DNAL4	O96015	105 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	PSMB2	P49721	201 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	CTAG1A	P78358	180 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00483	Q53H64	154 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	TYMSOS	Q8TAI1	123 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	PPDPFL	Q8WWR9	84 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q9BRP9	147 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	CDIP1	Q9H305	208 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	LAMTOR3	Q9UHA4	124 aa		4.65	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	hADV29S1	A0JD25	119 aa		4.64	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTAP1-4	P0C5Y4	121 aa		4.64	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	MT1HL1	P0DM35	61 aa		4.64	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	GAGE2A	Q6NT46	116 aa		4.64	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	TEX49	A0A1B0GTD5	131 aa		4.63	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	UNQ6493/PRO21345	Q6UXR8	122 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPRR1B	P22528	89 aa		4.62	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	C9orf153	Q5TBE3	101 aa		4.62	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPAG11A	Q6PDA7	123 aa		4.62	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00575	Q6W349	94 aa		4.62	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		4.62	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q8NBF4	154 aa		4.62	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	SCGB1C2	P0DMR2	95 aa		4.61	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGLV5-48	A0A075B6I7	105 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847		K7ERJ3	54 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	TRIAP1	O43715	76 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	ERC2-IT1	O76042	136 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	TSPAN13	O95857	204 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	BATF	Q16520	125 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q6ZQY7	126 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	SSBP3-AS1	Q7Z2R9	100 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00304	Q8N9R0	145 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTAP3-1	Q9BYR8	98 aa		4.6	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGLV9-49	A0A0B4J1Y8	123 aa		4.59	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTAP10-8	P60410	259 aa		4.59	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	MOBP	Q13875	183 aa		4.59	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847	DEFB105A	Q8NG35	78 aa		4.59	□□□□□ -1.67
LIMCH1-222	ENST00000515847		A0A087X002	238 aa		4.58	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	ST20-AS1	Q8NBB2	130 aa		4.58	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	SNHG12	Q9BXW3	62 aa		4.58	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	TRBV20-1	A0A075B6N2	111 aa		4.57	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPINK1	P00995	79 aa		4.57	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	TRAC	P01848	142 aa		4.57	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	RPS29	P62273	56 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	ATXN8	Q156A1	80 aa		4.57	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q6JHZ5	121 aa		4.57	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	LIMD2	Q9BT23	127 aa		4.57	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	ORMDL1	Q9P0S3	153 aa		4.57	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	TMEM256-PLSCR3	K7ERE1	68 aa		4.56	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	ANAPC11	Q9NYG5	84 aa		4.56	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		4.56	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	LST1	O00453	97 aa		4.55	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTAP13-2	Q52LG2	175 aa		4.55	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	COL5A1-AS1	Q5SY13	56 aa		4.55	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		4.55	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	FABP2	P12104	132 aa		4.54	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	CD164	Q04900	197 aa		4.54	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q8N377	158 aa		4.54	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC01547	P58512	204 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	CLEC2B	Q92478	149 aa		4.53	□□□□□ -1.68
LIMCH1-222	ENST00000515847	C9orf118	A6NHY6	69 aa		4.52	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	UBE2V1	Q13404	147 aa		4.52	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	FAM218A	Q96MZ4	157 aa		4.52	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGLV8-61	A0A075B6I0	122 aa		4.51	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847		H3BUT2	72 aa		4.51	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	TCL1B	O95988	128 aa		4.51	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	NDUFV3	P56181	108 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	SS18L2	Q9UHA2	77 aa		4.51	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847		A0A1W2PPM0	123 aa		4.5	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	PCP4L1	A6NKN8	68 aa		4.5	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	FP248	Q71RG6	208 aa	Predicted RBP	4.5	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	SMIM29	Q86T20	159 aa		4.5	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	JMJD7-PLA2G4B	H0Y9G9	81 aa		4.49	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847		H3BMG7	143 aa		4.49	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847		H3BT86	120 aa		4.48	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	TAX1BP3	O14907	124 aa		4.48	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	PDE6G	P18545	87 aa		4.48	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	ANKRD29	Q8N6D5	301 aa		4.48	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	DSCR8	Q96T75	97 aa		4.48	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	RBM3	P98179	157 aa	Known RBP	4.47	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	PRR4	Q16378	134 aa		4.47	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q5XG85	94 aa		4.47	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	GTF2H5	Q6ZYL4	71 aa		4.47	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	NAA38	Q9BRA0	125 aa	Known RBP	4.47	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPCS1	Q9Y6A9	102 aa		4.47	□□□□□ -1.69
LIMCH1-222	ENST00000515847	BAALC-AS2	P0C853	105 aa		4.46	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q6Q795	121 aa		4.46	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGFL1	Q6UW32	110 aa		4.46	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847	TEN1	Q86WV5	123 aa		4.46	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847	TRBV7-7	A0A0K0K1E9	115 aa		4.45	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847		C9JAW5	83 aa		4.45	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847	HRCT1	Q6UXD1	115 aa		4.45	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847	TRBV7-4	A0A0J9YYF1	115 aa		4.44	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847		A0A1B0GW54	56 aa		4.44	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847	LRP2	P98164	4655 aa		4.43	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847	ASB16-AS1	Q495Z4	193 aa		4.43	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847	LPA	P08519	4548 aa		4.43	□□□□□ -1.7
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGLV7-46	A0A075B6I9	117 aa		4.42	□□□□□ -1.7

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 52 ms