RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000332175.12

PTPRM-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type M, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRM, Length 6,095 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRM-201ENST00000332175 SEC61BP60468 96 aaKnown RBP13.42□□□□□ -0.26
PTPRM-201ENST00000332175 SPRR1BP22528 89 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRM-201ENST00000332175 CYSTM1Q9H1C7 97 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRM-201ENST00000332175 PRAC1Q96KF2 57 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRM-201ENST00000332175 LCE6AA0A183 80 aa13.38□□□□□ -0.27
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP26-1Q6PEX3 210 aa13.37□□□□□ -0.27
PTPRM-201ENST00000332175 ATRQ13535 2644 aa13.34□□□□□ -0.27
PTPRM-201ENST00000332175 Q5XG85 94 aa13.29□□□□□ -0.28
PTPRM-201ENST00000332175 CHD7Q9P2D1 2997 aa13.29□□□□□ -0.28
PTPRM-201ENST00000332175 Q5VV11 94 aa13.28□□□□□ -0.28
PTPRM-201ENST00000332175 HELZ2Q9BYK8 2649 aaKnown RBP13.28□□□□□ -0.28
PTPRM-201ENST00000332175 PANO1I0J062 215 aa13.27□□□□□ -0.28
PTPRM-201ENST00000332175 FP248Q71RG6 208 aaPredicted RBP13.27□□□□□ -0.29
PTPRM-201ENST00000332175 MAST4O15021 2626 aa13.25□□□□□ -0.29
PTPRM-201ENST00000332175 M0QZ58 72 aa13.24□□□□□ -0.29
PTPRM-201ENST00000332175 CFAP46Q8IYW2 2715 aa13.17□□□□□ -0.3
PTPRM-201ENST00000332175 PCNTO95613 3336 aa13.17□□□□□ -0.3
PTPRM-201ENST00000332175 ADM2Q7Z4H4 148 aa13.14□□□□□ -0.31
PTPRM-201ENST00000332175 RPL37P61927 97 aaKnown RBP13.13□□□□□ -0.31
PTPRM-201ENST00000332175 Q6ZR54 194 aa13.13□□□□□ -0.31
PTPRM-201ENST00000332175 H1FX-AS1Q4G0G2 97 aa13.12□□□□□ -0.31
PTPRM-201ENST00000332175 A0A087X002 238 aa13.11□□□□□ -0.31
PTPRM-201ENST00000332175 SPATA8Q6RVD6 105 aa13.09□□□□□ -0.31
PTPRM-201ENST00000332175 ROMO1P60602 79 aa13.09□□□□□ -0.31
PTPRM-201ENST00000332175 PLAC4Q8WY50 150 aa13.04□□□□□ -0.32
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP4-16G5E9R7 235 aaPredicted RBP13.02□□□□□ -0.32
PTPRM-201ENST00000332175 CFAP54Q96N23 3096 aa13□□□□□ -0.33
PTPRM-201ENST00000332175 OXTP01178 125 aa12.99□□□□□ -0.33
PTPRM-201ENST00000332175 NOTCH2NLQ7Z3S9 236 aa12.96□□□□□ -0.34
PTPRM-201ENST00000332175 A0A0A0MQY5 61 aa12.94□□□□□ -0.34
PTPRM-201ENST00000332175 CHD9Q3L8U1 2897 aa12.94□□□□□ -0.34
PTPRM-201ENST00000332175 MKI67P46013 3256 aaKnown RBP12.94□□□□□ -0.34
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP11-1Q8IUC1 163 aa12.91□□□□□ -0.34
PTPRM-201ENST00000332175 MGAQ8IWI9 3026 aa12.89□□□□□ -0.35
PTPRM-201ENST00000332175 CHD6Q8TD26 2715 aa12.89□□□□□ -0.35
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP29-1A8MX34 341 aaPredicted RBP12.88□□□□□ -0.35
PTPRM-201ENST00000332175 TEX15Q9BXT5 2789 aa12.87□□□□□ -0.35
PTPRM-201ENST00000332175 CENPEQ02224 2701 aa12.87□□□□□ -0.35
PTPRM-201ENST00000332175 H3BS24 57 aa12.86□□□□□ -0.35
PTPRM-201ENST00000332175 HTTP42858 3142 aa12.85□□□□□ -0.35
PTPRM-201ENST00000332175 AKAP13Q12802 2813 aa12.85□□□□□ -0.35
PTPRM-201ENST00000332175 STAB1Q9NY15 2570 aa12.83□□□□□ -0.36
PTPRM-201ENST00000332175 RANBP2P49792 3224 aaKnown RBP12.79□□□□□ -0.36
PTPRM-201ENST00000332175 LAMA3Q16787 3333 aa12.78□□□□□ -0.36
PTPRM-201ENST00000332175 NBEAL1Q6ZS30 2694 aa12.77□□□□□ -0.36
PTPRM-201ENST00000332175 A0A0C4DFX4 3053 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRM-201ENST00000332175 TEP1Q99973 2627 aaKnown RBP12.74□□□□□ -0.37
PTPRM-201ENST00000332175 Q6ZRN7 208 aaPredicted RBP12.73□□□□□ -0.37
PTPRM-201ENST00000332175 BRCA2P51587 3418 aa12.68□□□□□ -0.38
PTPRM-201ENST00000332175 FLG2Q5D862 2391 aaPredicted RBP12.68□□□□□ -0.38
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP7-1Q8IUC3 87 aa12.68□□□□□ -0.38
PTPRM-201ENST00000332175 A8MU10 97 aa12.67□□□□□ -0.38
PTPRM-201ENST00000332175 A8MUU9 505 aa12.66□□□□□ -0.38
PTPRM-201ENST00000332175 GCN1Q92616 2671 aaKnown RBP12.64□□□□□ -0.39
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP13-2Q52LG2 175 aa12.64□□□□□ -0.39
PTPRM-201ENST00000332175 TRIOO75962 3097 aa12.62□□□□□ -0.39
PTPRM-201ENST00000332175 ASB16-AS1Q495Z4 193 aa12.61□□□□□ -0.39
PTPRM-201ENST00000332175 WDFY4Q6ZS81 3184 aa12.61□□□□□ -0.39
PTPRM-201ENST00000332175 RPS29P62273 56 aaKnown RBP12.6□□□□□ -0.39
PTPRM-201ENST00000332175 LAMA2P24043 3122 aaKnown RBP12.58□□□□□ -0.4
PTPRM-201ENST00000332175 TRANK1O15050 2925 aa12.55□□□□□ -0.4
PTPRM-201ENST00000332175 C20orf166-AS1Q96NR2 134 aa12.54□□□□□ -0.4
PTPRM-201ENST00000332175 UNC79Q9P2D8 2635 aa12.53□□□□□ -0.4
PTPRM-201ENST00000332175 COL6A5A8TX70 2615 aa12.53□□□□□ -0.4
PTPRM-201ENST00000332175 PRUNE2Q8WUY3 3088 aa12.51□□□□□ -0.41
PTPRM-201ENST00000332175 XIRP2A4UGR9 3374 aa12.51□□□□□ -0.41
PTPRM-201ENST00000332175 SETXQ7Z333 2677 aaKnown RBP12.5□□□□□ -0.41
PTPRM-201ENST00000332175 DMBT1Q9UGM3 2413 aaPredicted RBP12.5□□□□□ -0.41
PTPRM-201ENST00000332175 NBEAL2Q6ZNJ1 2754 aa12.49□□□□□ -0.41
PTPRM-201ENST00000332175 ZNF292O60281 2723 aa12.47□□□□□ -0.41
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP13-1Q8IUC0 172 aa12.45□□□□□ -0.42
PTPRM-201ENST00000332175 UNC80Q8N2C7 3258 aa12.42□□□□□ -0.42
PTPRM-201ENST00000332175 NOTCH1P46531 2555 aa12.38□□□□□ -0.43
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP25-1Q3LHN0 102 aa12.38□□□□□ -0.43
PTPRM-201ENST00000332175 DSPP15924 2871 aaKnown RBP12.38□□□□□ -0.43
PTPRM-201ENST00000332175 CELSR3Q9NYQ7 3312 aa12.36□□□□□ -0.43
PTPRM-201ENST00000332175 BAHCC1Q9P281 2608 aa12.36□□□□□ -0.43
PTPRM-201ENST00000332175 FRYQ5TBA9 3013 aa12.35□□□□□ -0.43
PTPRM-201ENST00000332175 CDH23Q9H251 3354 aa12.33□□□□□ -0.44
PTPRM-201ENST00000332175 IGSF10Q6WRI0 2623 aa12.32□□□□□ -0.44
PTPRM-201ENST00000332175 A6NN06 94 aa12.28□□□□□ -0.44
PTPRM-201ENST00000332175 FREM2Q5SZK8 3169 aa12.25□□□□□ -0.45
PTPRM-201ENST00000332175 VPS13AQ96RL7 3174 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRM-201ENST00000332175 ITPR2Q14571 2701 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRM-201ENST00000332175 MAP1AP78559 2803 aaPredicted RBP12.22□□□□□ -0.45
PTPRM-201ENST00000332175 STAB2Q8WWQ8 2551 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRM-201ENST00000332175 TNP1P09430 55 aa12.18□□□□□ -0.46
PTPRM-201ENST00000332175 UBR5O95071 2799 aaPredicted RBP12.18□□□□□ -0.46
PTPRM-201ENST00000332175 A0A1B0GVY2 172 aa12.14□□□□□ -0.47
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP16-1A8MUX0 517 aa12.13□□□□□ -0.47
PTPRM-201ENST00000332175 C10orf95Q9H7T3 257 aa12.11□□□□□ -0.47
PTPRM-201ENST00000332175 DNAH14Q0VDD8 3507 aa12.08□□□□□ -0.48
PTPRM-201ENST00000332175 KALRNO60229 2985 aa12.07□□□□□ -0.48
PTPRM-201ENST00000332175 NDUFAF8A1L188 74 aa12.06□□□□□ -0.48
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP21-3Q3LHN1 58 aa12.04□□□□□ -0.48
PTPRM-201ENST00000332175 NSD1Q96L73 2696 aaPredicted RBP12.02□□□□□ -0.48
PTPRM-201ENST00000332175 COL6A3P12111 3177 aa12.01□□□□□ -0.49
PTPRM-201ENST00000332175 XP32Q5T750 250 aa12□□□□□ -0.49
PTPRM-201ENST00000332175 KRTAP10-8P60410 259 aa11.99□□□□□ -0.49
PTPRM-201ENST00000332175 ITPR1Q14643 2758 aa11.99□□□□□ -0.49
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 7.3 ms