RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 UBE2D3P61077 147 aa15.2■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 UBE2D2P62837 147 aa15.2■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 GCN1Q92616 2671 aaKnown RBP15.2■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 TCL1BO95988 128 aa15.2■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 TSSC4Q9Y5U2 329 aaPredicted RBP15.2■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 TRAV25A0A0B4J276 109 aa15.19■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 COX6A2Q02221 97 aa15.19■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 IL17DQ8TAD2 202 aa15.19■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 CDKN2A-AS1Q9UH64 79 aa15.19■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 PRO1854Q9UHT4 67 aa15.19■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 SPANXA1Q9NS26 97 aa15.18■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 HIVEP2P31629 2446 aa15.18■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 LITAFQ99732 161 aa15.18■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 IGHV1-58A0A0C4DH39 117 aa15.17■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 PRSS2P07478 247 aa15.17■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 NDUFA12Q9UI09 145 aa15.17■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 GAGE12JA6NER3 117 aa15.17■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 GAGE4Q13068 117 aa15.17■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 GAGE5Q13069 117 aa15.17■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 NTM-AS1Q6ZSK4 140 aa15.17■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 VSIG2Q96IQ7 327 aa15.16■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 TINCRA0A1B0GVN0 87 aa15.16■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 DAND5Q8N907 189 aa15.16■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 DNAJC30Q96LL9 226 aa15.16■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 LOC100131303A0A0U1RQF7 123 aa15.15■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 DGAT2L7PQ6IED9 249 aa15.15■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 TMEM263Q8WUH6 116 aaKnown RBP15.15■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 GEMIN7Q9H840 131 aaKnown RBP15.15■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 SCGB1C2P0DMR2 95 aa15.15■□□□□ 0.02
TMEM260-216ENST00000557657 OTOGQ6ZRI0 2925 aa15.14■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 CLUHP3Q96NS8 147 aa15.14■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 RNASE1P07998 156 aaKnown RBP15.14■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TMEM238C9JI98 176 aa15.13■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 GAGE7O76087 117 aa15.13■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 GAGE12FP0CL80 117 aa15.13■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 GAGE12GP0CL81 117 aa15.13■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 GAGE12IP0CL82 117 aa15.13■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 IGHV3-33P01772 117 aa15.13■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 PLAC8L1A1L4L8 177 aa15.12■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 K7EQD1 137 aa15.12■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 C19orf73Q9NVV2 129 aa15.12■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 CRYBA4P53673 196 aa15.12■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TRAV13-1A0A0B4J241 112 aa15.11■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TEX29Q8N6K0 151 aa15.11■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF625Q96I27 306 aaPredicted RBP15.11■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 GTSF1LQ9H1H1 148 aa15.11■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 KMT2BQ9UMN6 2715 aaPredicted RBP15.11■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 A0A0U1RRA0 63 aa15.1■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 IGLV1-51P01701 117 aa15.1■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TMEM101Q96IK0 257 aa15.1■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 RPL36AP83881 106 aaKnown RBP15.09■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 RPL36ALQ969Q0 106 aaKnown RBP15.09■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TENM1Q9UKZ4 2725 aa15.09■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 Q1RN00 199 aa15.09■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 LINC00242Q5T6M2 205 aa15.09■□□□□ 0.01
TMEM260-216ENST00000557657 KRTAP10-3P60369 221 aa15.08■□□□□ 0
TMEM260-216ENST00000557657 C16orf95Q9H693 158 aa15.08■□□□□ 0
TMEM260-216ENST00000557657 ERG28Q9UKR5 140 aa15.08■□□□□ 0
TMEM260-216ENST00000557657 TRGV2A0A075B6R0 118 aa15.08■□□□□ 0
TMEM260-216ENST00000557657 TRAV4A0A0B4J268 109 aa15.07■□□□□ 0
TMEM260-216ENST00000557657 A0A0B4J2C4 111 aa15.05■□□□□ 0
TMEM260-216ENST00000557657 GAGE12HA6NDE8 117 aa15.05■□□□□ 0
TMEM260-216ENST00000557657 ZFAND6Q6FIF0 208 aa15.05■□□□□ 0
TMEM260-216ENST00000557657 CSNK1G2-AS1Q8NCQ2 148 aa15.05■□□□□ 0
TMEM260-216ENST00000557657 FOXI1Q12951 378 aa15.05■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 C1QTNF4Q9BXJ3 329 aa15.05■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 J3QKU1 62 aa15.04■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 SPATA3Q8NHX4 192 aa15.04■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 CARD19Q96LW7 228 aa15.04■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 HILS1P60008 231 aa15.03■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 MIAQ16674 131 aa15.03■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 IGLV5-45A0A087WSX0 123 aa15.02■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 TIRAPP58753 221 aa15.02■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 DAZ2Q13117 558 aaKnown RBP15.02■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 SBSPONQ8IVN8 264 aa15.02■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 Q9H8V8 135 aa15.02■□□□□ -0
TMEM260-216ENST00000557657 IGKV3OR2-268A0A0C4DH90 116 aa15.02□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 C9JAW5 83 aa15.02□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TRIAP1O43715 76 aa15.02□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 SMAGPQ0VAQ4 97 aa15.02□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TRAV16A0A0A6YYK6 109 aaPredicted RBP15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TRBV10-1A0A0K0K1A3 114 aa15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 LYRM7Q5U5X0 104 aa15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 DAZ4Q86SG3 579 aaKnown RBP15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 DAZ3Q9NR90 486 aaKnown RBP15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TRRAPQ9Y4A5 3859 aa15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TRBV20-1A0A075B6N2 111 aa15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 J3QR89 54 aa15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 C16orf74Q96GX8 76 aa15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 SPANXDQ9BXN6 97 aa15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 CDC42SE2Q9NRR3 84 aa15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 SPANXCQ9NY87 97 aa15.01□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 SMIM1B2RUZ4 78 aa15□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 ANKRD29Q8N6D5 301 aa14.99□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 TRGV4A0A0C4DH28 118 aa14.99□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 HERVK_113P63121 156 aa14.98□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 NDUFA1O15239 70 aa14.97□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 DEFB130BP0DP73 79 aa14.97□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 DEFB130AP0DP74 79 aa14.97□□□□□ -0.01
TMEM260-216ENST00000557657 GAGE6Q13070 117 aa14.97□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 65.9 ms