RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640499.1

VEGFA-231, Transcript of vascular endothelial growth factor A, human

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene VEGFA, Length 1,188 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VEGFA-231	ENST00000640499	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		44.95	■■■■■ 4.79
VEGFA-231	ENST00000640499	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		44.92	■■■■■ 4.78
VEGFA-231	ENST00000640499	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		44.91	■■■■■ 4.78
VEGFA-231	ENST00000640499	JPH4	Q96JJ6	628 aa		44.89	■■■■■ 4.78
VEGFA-231	ENST00000640499	PRX	Q9BXM0	1461 aa		44.87	■■■■■ 4.77
VEGFA-231	ENST00000640499	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		44.82	■■■■■ 4.77
VEGFA-231	ENST00000640499	EEA1	Q15075	1411 aa		44.77	■■■■■ 4.76
VEGFA-231	ENST00000640499	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	44.77	■■■■■ 4.76
VEGFA-231	ENST00000640499	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	44.7	■■■■■ 4.75
VEGFA-231	ENST00000640499	IQGAP2	Q13576	1575 aa		44.62	■■■■■ 4.73
VEGFA-231	ENST00000640499	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		44.48	■■■■■ 4.71
VEGFA-231	ENST00000640499	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		44.44	■■■■■ 4.7
VEGFA-231	ENST00000640499	DISP1	Q96F81	1524 aa		44.41	■■■■■ 4.7
VEGFA-231	ENST00000640499	KIF21B	O75037	1637 aa		44.37	■■■■■ 4.69
VEGFA-231	ENST00000640499	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		44.33	■■■■■ 4.69
VEGFA-231	ENST00000640499	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		44.26	■■■■■ 4.68
VEGFA-231	ENST00000640499	KIAA0556	O60303	1618 aa		44.23	■■■■■ 4.67
VEGFA-231	ENST00000640499	PTPRG	P23470	1445 aa		44.23	■■■■■ 4.67
VEGFA-231	ENST00000640499	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	44.15	■■■■■ 4.66
VEGFA-231	ENST00000640499	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		44.13	■■■■■ 4.65
VEGFA-231	ENST00000640499	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		44.12	■■■■■ 4.65
VEGFA-231	ENST00000640499	GOLGA3	Q08378	1498 aa		44.09	■■■■■ 4.65
VEGFA-231	ENST00000640499	SAMD9	Q5K651	1589 aa		43.98	■■■■■ 4.63
VEGFA-231	ENST00000640499	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	43.96	■■■■■ 4.63
VEGFA-231	ENST00000640499	P3H3	Q8IVL6	736 aa		43.95	■■■■■ 4.63
VEGFA-231	ENST00000640499	UACA	Q9BZF9	1416 aa		43.95	■■■■■ 4.63
VEGFA-231	ENST00000640499	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	43.92	■■■■■ 4.62
VEGFA-231	ENST00000640499	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		43.91	■■■■■ 4.62
VEGFA-231	ENST00000640499	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	43.9	■■■■■ 4.62
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCC2	Q92887	1545 aa		43.85	■■■■■ 4.61
VEGFA-231	ENST00000640499	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		43.84	■■■■■ 4.61
VEGFA-231	ENST00000640499	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	43.83	■■■■■ 4.61
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCA8	O94911	1581 aa		43.8	■■■■■ 4.6
VEGFA-231	ENST00000640499	MAPKBP1	O60336	1514 aa		43.78	■■■■■ 4.6
VEGFA-231	ENST00000640499	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		43.73	■■■■■ 4.59
VEGFA-231	ENST00000640499	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		43.72	■■■■■ 4.59
VEGFA-231	ENST00000640499	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		43.72	■■■■■ 4.59
VEGFA-231	ENST00000640499	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		43.63	■■■■■ 4.57
VEGFA-231	ENST00000640499	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	43.62	■■■■■ 4.57
VEGFA-231	ENST00000640499	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		43.61	■■■■■ 4.57
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		43.59	■■■■■ 4.57
VEGFA-231	ENST00000640499	ASXL2	Q76L83	1435 aa		43.56	■■■■■ 4.56
VEGFA-231	ENST00000640499	DIP2B	Q9P265	1576 aa		43.52	■■■■■ 4.56
VEGFA-231	ENST00000640499	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		43.51	■■■■■ 4.56
VEGFA-231	ENST00000640499	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		43.49	■■■■■ 4.55
VEGFA-231	ENST00000640499	ATP10B	O94823	1461 aa		43.45	■■■■■ 4.55
VEGFA-231	ENST00000640499	ARID3C	A6NKF2	412 aa		43.43	■■■■■ 4.54
VEGFA-231	ENST00000640499	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	43.42	■■■■■ 4.54
VEGFA-231	ENST00000640499	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		43.41	■■■■■ 4.54
VEGFA-231	ENST00000640499	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	43.32	■■■■■ 4.52
VEGFA-231	ENST00000640499	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		43.32	■■■■■ 4.52
VEGFA-231	ENST00000640499	CLIP1	P30622	1438 aa		43.31	■■■■■ 4.52
VEGFA-231	ENST00000640499	FMN1	Q68DA7	1419 aa		43.31	■■■■■ 4.52
VEGFA-231	ENST00000640499	GLI2	P10070	1586 aa		43.29	■■■■■ 4.52
VEGFA-231	ENST00000640499	KCNH8	Q96L42	1107 aa		43.16	■■■■■ 4.5
VEGFA-231	ENST00000640499	CEP162	Q5TB80	1403 aa		43.15	■■■■■ 4.5
VEGFA-231	ENST00000640499	TSPOAP1	O95153	1857 aa		43.15	■■■■■ 4.5
VEGFA-231	ENST00000640499	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	43.12	■■■■■ 4.49
VEGFA-231	ENST00000640499	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	43.12	■■■■■ 4.49
VEGFA-231	ENST00000640499	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	43.11	■■■■■ 4.49
VEGFA-231	ENST00000640499	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		43.11	■■■■■ 4.49
VEGFA-231	ENST00000640499	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	43.1	■■■■■ 4.49
VEGFA-231	ENST00000640499	HECW1	Q76N89	1606 aa		43.08	■■■■■ 4.49
VEGFA-231	ENST00000640499	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	43.06	■■■■■ 4.48
VEGFA-231	ENST00000640499	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	43.04	■■■■■ 4.48
VEGFA-231	ENST00000640499	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		43.04	■■■■■ 4.48
VEGFA-231	ENST00000640499	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		43.04	■■■■■ 4.48
VEGFA-231	ENST00000640499	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		42.98	■■■■■ 4.47
VEGFA-231	ENST00000640499	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		42.94	■■■■■ 4.46
VEGFA-231	ENST00000640499	CD109	Q6YHK3	1445 aa		42.92	■■■■■ 4.46
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		42.9	■■■■■ 4.46
VEGFA-231	ENST00000640499	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		42.9	■■■■■ 4.46
VEGFA-231	ENST00000640499	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		42.86	■■■■■ 4.45
VEGFA-231	ENST00000640499	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		42.79	■■■■■ 4.44
VEGFA-231	ENST00000640499	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		42.78	■■■■■ 4.44
VEGFA-231	ENST00000640499	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	42.77	■■■■■ 4.44	2e-6	■■□□□ 11.9
VEGFA-231	ENST00000640499	KDM6B	O15054	1643 aa		42.75	■■■■■ 4.43
VEGFA-231	ENST00000640499	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	42.75	■■■■■ 4.43
VEGFA-231	ENST00000640499	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	42.74	■■■■■ 4.43
VEGFA-231	ENST00000640499	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	42.72	■■■■■ 4.43
VEGFA-231	ENST00000640499	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		42.7	■■■■■ 4.43
VEGFA-231	ENST00000640499	KIF14	Q15058	1648 aa		42.67	■■■■■ 4.42
VEGFA-231	ENST00000640499	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		42.62	■■■■■ 4.41
VEGFA-231	ENST00000640499	NEO1	Q92859	1461 aa		42.5	■■■■■ 4.39
VEGFA-231	ENST00000640499	PLCH2	O75038	1416 aa		42.5	■■■■■ 4.39
VEGFA-231	ENST00000640499	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		42.49	■■■■■ 4.39
VEGFA-231	ENST00000640499	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		42.46	■■■■■ 4.39
VEGFA-231	ENST00000640499	FANCA	O15360	1455 aa		42.43	■■■■■ 4.38
VEGFA-231	ENST00000640499	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		42.42	■■■■■ 4.38
VEGFA-231	ENST00000640499	AKNA	Q7Z591	1439 aa		42.39	■■■■■ 4.38
VEGFA-231	ENST00000640499	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		42.36	■■■■■ 4.37
VEGFA-231	ENST00000640499	TIAM1	Q13009	1591 aa		42.35	■■■■■ 4.37
VEGFA-231	ENST00000640499	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		42.32	■■■■■ 4.37
VEGFA-231	ENST00000640499	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		42.32	■■■■■ 4.37
VEGFA-231	ENST00000640499	RAPGEF3	O95398	923 aa		42.32	■■■■■ 4.37
VEGFA-231	ENST00000640499	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		42.29	■■■■■ 4.36
VEGFA-231	ENST00000640499	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		42.28	■■■■■ 4.36
VEGFA-231	ENST00000640499	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		42.28	■■■■■ 4.36
VEGFA-231	ENST00000640499	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		42.28	■■■■■ 4.36
VEGFA-231	ENST00000640499	PREX2	Q70Z35	1606 aa		42.27	■■■■■ 4.36

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.5 ms