RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	IGF1R	P08069	1367 aa		29.13	■■■□□ 2.25
CLN3-255	ENST00000637100	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CLN3-255	ENST00000637100	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		29.07	■■■□□ 2.24
CLN3-255	ENST00000637100	KIF27	Q86VH2	1401 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CLN3-255	ENST00000637100	MAPKBP1	O60336	1514 aa		29	■■■□□ 2.23
CLN3-255	ENST00000637100	CUL7	Q14999	1698 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CLN3-255	ENST00000637100	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CLN3-255	ENST00000637100	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CLN3-255	ENST00000637100	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	28.9	■■■□□ 2.22
CLN3-255	ENST00000637100	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CLN3-255	ENST00000637100	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		28.88	■■■□□ 2.21
CLN3-255	ENST00000637100	DIP2B	Q9P265	1576 aa		28.87	■■■□□ 2.21
CLN3-255	ENST00000637100	PTPRG	P23470	1445 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CLN3-255	ENST00000637100	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		28.74	■■■□□ 2.19
CLN3-255	ENST00000637100	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		28.72	■■■□□ 2.19
CLN3-255	ENST00000637100	IQGAP2	Q13576	1575 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CLN3-255	ENST00000637100	ABCC2	Q92887	1545 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CLN3-255	ENST00000637100	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		28.68	■■■□□ 2.18
CLN3-255	ENST00000637100	DISP1	Q96F81	1524 aa		28.64	■■■□□ 2.18
CLN3-255	ENST00000637100	GLI2	P10070	1586 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CLN3-255	ENST00000637100	KDM6B	O15054	1643 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CLN3-255	ENST00000637100	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CLN3-255	ENST00000637100	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CLN3-255	ENST00000637100	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		28.59	■■■□□ 2.17
CLN3-255	ENST00000637100	UACA	Q9BZF9	1416 aa		28.58	■■■□□ 2.17
CLN3-255	ENST00000637100	ASXL2	Q76L83	1435 aa		28.57	■■■□□ 2.16
CLN3-255	ENST00000637100	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CLN3-255	ENST00000637100	TSPOAP1	O95153	1857 aa		28.5	■■■□□ 2.15
CLN3-255	ENST00000637100	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	28.48	■■■□□ 2.15
CLN3-255	ENST00000637100	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		28.48	■■■□□ 2.15
CLN3-255	ENST00000637100	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	28.46	■■■□□ 2.15
CLN3-255	ENST00000637100	KIAA0556	O60303	1618 aa		28.44	■■■□□ 2.14
CLN3-255	ENST00000637100	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	28.42	■■■□□ 2.14
CLN3-255	ENST00000637100	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		28.37	■■■□□ 2.13
CLN3-255	ENST00000637100	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	28.35	■■■□□ 2.13
CLN3-255	ENST00000637100	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	28.35	■■■□□ 2.13
CLN3-255	ENST00000637100	PRX	Q9BXM0	1461 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CLN3-255	ENST00000637100	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CLN3-255	ENST00000637100	GOLGA3	Q08378	1498 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CLN3-255	ENST00000637100	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CLN3-255	ENST00000637100	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CLN3-255	ENST00000637100	ABCA8	O94911	1581 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CLN3-255	ENST00000637100	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CLN3-255	ENST00000637100	ADGRL1	O94910	1474 aa		28.15	■■■□□ 2.1
CLN3-255	ENST00000637100	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	28.13	■■■□□ 2.09
CLN3-255	ENST00000637100	CD109	Q6YHK3	1445 aa		28.1	■■■□□ 2.09
CLN3-255	ENST00000637100	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		28.1	■■■□□ 2.09
CLN3-255	ENST00000637100	ATP10B	O94823	1461 aa		28.02	■■■□□ 2.08
CLN3-255	ENST00000637100	KCNH8	Q96L42	1107 aa		28.01	■■■□□ 2.07
CLN3-255	ENST00000637100	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		27.99	■■■□□ 2.07
CLN3-255	ENST00000637100	SAMD9	Q5K651	1589 aa		27.98	■■■□□ 2.07
CLN3-255	ENST00000637100	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CLN3-255	ENST00000637100	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
CLN3-255	ENST00000637100	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CLN3-255	ENST00000637100	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CLN3-255	ENST00000637100	P3H3	Q8IVL6	736 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CLN3-255	ENST00000637100	EEA1	Q15075	1411 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CLN3-255	ENST00000637100	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CLN3-255	ENST00000637100	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-255	ENST00000637100	NEO1	Q92859	1461 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-255	ENST00000637100	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CLN3-255	ENST00000637100	ARID3C	A6NKF2	412 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CLN3-255	ENST00000637100	KIF21B	O75037	1637 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CLN3-255	ENST00000637100	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CLN3-255	ENST00000637100	RAPGEF3	O95398	923 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CLN3-255	ENST00000637100	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CLN3-255	ENST00000637100	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CLN3-255	ENST00000637100	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CLN3-255	ENST00000637100	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CLN3-255	ENST00000637100	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
CLN3-255	ENST00000637100	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01
CLN3-255	ENST00000637100	PTPRM	P28827	1452 aa		27.58	■■■□□ 2.01
CLN3-255	ENST00000637100	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	27.56	■■■□□ 2
CLN3-255	ENST00000637100	AKNA	Q7Z591	1439 aa		27.55	■■■□□ 2
CLN3-255	ENST00000637100	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	27.54	■■■□□ 2
CLN3-255	ENST00000637100	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		27.53	■■■□□ 2
CLN3-255	ENST00000637100	RICTOR	Q6R327	1708 aa		27.52	■■■□□ 2
CLN3-255	ENST00000637100	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	27.51	■■□□□ 1.99
CLN3-255	ENST00000637100	FANCA	O15360	1455 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CLN3-255	ENST00000637100	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		27.49	■■□□□ 1.99
CLN3-255	ENST00000637100	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CLN3-255	ENST00000637100	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		27.48	■■□□□ 1.99
CLN3-255	ENST00000637100	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		27.47	■■□□□ 1.99
CLN3-255	ENST00000637100	MADD	Q8WXG6	1647 aa		27.43	■■□□□ 1.98
CLN3-255	ENST00000637100	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		27.43	■■□□□ 1.98
CLN3-255	ENST00000637100	PLCH2	O75038	1416 aa		27.42	■■□□□ 1.98
CLN3-255	ENST00000637100	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	27.42	■■□□□ 1.98
CLN3-255	ENST00000637100	FMN1	Q68DA7	1419 aa		27.4	■■□□□ 1.98
CLN3-255	ENST00000637100	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	27.39	■■□□□ 1.97
CLN3-255	ENST00000637100	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		27.38	■■□□□ 1.97
CLN3-255	ENST00000637100	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		27.36	■■□□□ 1.97
CLN3-255	ENST00000637100	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		27.35	■■□□□ 1.97
CLN3-255	ENST00000637100	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	27.35	■■□□□ 1.97
CLN3-255	ENST00000637100	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		27.34	■■□□□ 1.97
CLN3-255	ENST00000637100	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		27.33	■■□□□ 1.96
CLN3-255	ENST00000637100	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		27.33	■■□□□ 1.96
CLN3-255	ENST00000637100	HECW1	Q76N89	1606 aa		27.32	■■□□□ 1.96
CLN3-255	ENST00000637100	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		27.32	■■□□□ 1.96
CLN3-255	ENST00000637100	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	27.3	■■□□□ 1.96
CLN3-255	ENST00000637100	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		27.3	■■□□□ 1.96

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