RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564091.6

CLN3-211, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 790 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-211ENST00000564091 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa29.48■■■□□ 2.31
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CLN3-211ENST00000564091 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP29.43■■■□□ 2.3
CLN3-211ENST00000564091 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa29.42■■■□□ 2.3
CLN3-211ENST00000564091 FAM69CQ0P6D2 419 aa29.38■■■□□ 2.29
CLN3-211ENST00000564091 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa29.37■■■□□ 2.29
CLN3-211ENST00000564091 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP29.3■■■□□ 2.28
CLN3-211ENST00000564091 ABCC10Q5T3U5 1492 aa29.29■■■□□ 2.28
CLN3-211ENST00000564091 CUL7Q14999 1698 aa29.28■■■□□ 2.28
CLN3-211ENST00000564091 PTPRGP23470 1445 aa29.24■■■□□ 2.27
CLN3-211ENST00000564091 ADCY10Q96PN6 1610 aa29.23■■■□□ 2.27
CLN3-211ENST00000564091 MAPKBP1O60336 1514 aa29.22■■■□□ 2.27
CLN3-211ENST00000564091 KIF13AQ9H1H9 1805 aa29.2■■■□□ 2.27
CLN3-211ENST00000564091 TNIKQ9UKE5 1360 aa29.16■■■□□ 2.26
CLN3-211ENST00000564091 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa29.14■■■□□ 2.26
CLN3-211ENST00000564091 DIP2BQ9P265 1576 aa29.12■■■□□ 2.25
CLN3-211ENST00000564091 IQGAP2Q13576 1575 aa29.05■■■□□ 2.24
CLN3-211ENST00000564091 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa29.03■■■□□ 2.24
CLN3-211ENST00000564091 ABCC2Q92887 1545 aa29.02■■■□□ 2.24
CLN3-211ENST00000564091 DISP1Q96F81 1524 aa29■■■□□ 2.23
CLN3-211ENST00000564091 UACAQ9BZF9 1416 aa28.98■■■□□ 2.23
CLN3-211ENST00000564091 ASXL2Q76L83 1435 aa28.97■■■□□ 2.23
CLN3-211ENST00000564091 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa28.94■■■□□ 2.22
CLN3-211ENST00000564091 PLB1Q6P1J6 1458 aa28.92■■■□□ 2.22
CLN3-211ENST00000564091 UGGT2Q9NYU1 1516 aa28.9■■■□□ 2.22
CLN3-211ENST00000564091 KDM6BO15054 1643 aa28.89■■■□□ 2.22
CLN3-211ENST00000564091 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa28.84■■■□□ 2.21
CLN3-211ENST00000564091 TSPOAP1O95153 1857 aa28.84■■■□□ 2.21
CLN3-211ENST00000564091 KDM5BQ9UGL1 1544 aa28.81■■■□□ 2.2
CLN3-211ENST00000564091 KIAA0556O60303 1618 aa28.79■■■□□ 2.2
CLN3-211ENST00000564091 GLI2P10070 1586 aa28.79■■■□□ 2.2
CLN3-211ENST00000564091 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP28.77■■■□□ 2.2
CLN3-211ENST00000564091 PRXQ9BXM0 1461 aa28.72■■■□□ 2.19
CLN3-211ENST00000564091 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP28.69■■■□□ 2.18
CLN3-211ENST00000564091 GOLGA3Q08378 1498 aa28.67■■■□□ 2.18
CLN3-211ENST00000564091 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP28.67■■■□□ 2.18
CLN3-211ENST00000564091 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP28.66■■■□□ 2.18
CLN3-211ENST00000564091 KCNH8Q96L42 1107 aa28.64■■■□□ 2.18
CLN3-211ENST00000564091 WDR7Q9Y4E6 1490 aa28.63■■■□□ 2.17
CLN3-211ENST00000564091 P3H3Q8IVL6 736 aa28.61■■■□□ 2.17
CLN3-211ENST00000564091 TEX14Q8IWB6 1497 aa28.59■■■□□ 2.17
CLN3-211ENST00000564091 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa28.58■■■□□ 2.17
CLN3-211ENST00000564091 ARID3CA6NKF2 412 aa28.57■■■□□ 2.16
CLN3-211ENST00000564091 CSRNP3Q8WYN3 585 aa28.57■■■□□ 2.16
CLN3-211ENST00000564091 ABCA8O94911 1581 aa28.56■■■□□ 2.16
CLN3-211ENST00000564091 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa28.55■■■□□ 2.16
CLN3-211ENST00000564091 CD109Q6YHK3 1445 aa28.52■■■□□ 2.16
CLN3-211ENST00000564091 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP28.5■■■□□ 2.15
CLN3-211ENST00000564091 ADGRL1O94910 1474 aa28.48■■■□□ 2.15
CLN3-211ENST00000564091 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa28.44■■■□□ 2.14
CLN3-211ENST00000564091 ATP10BO94823 1461 aa28.41■■■□□ 2.14
CLN3-211ENST00000564091 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP28.41■■■□□ 2.14
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CLN3-211ENST00000564091 CFAP43Q8NDM7 1665 aa28.31■■■□□ 2.12
CLN3-211ENST00000564091 EEA1Q15075 1411 aa28.29■■■□□ 2.12
CLN3-211ENST00000564091 SAMD9Q5K651 1589 aa28.28■■■□□ 2.12
CLN3-211ENST00000564091 FHOD3Q2V2M9 1422 aa28.25■■■□□ 2.11
CLN3-211ENST00000564091 ARAP3Q8WWN8 1544 aa28.21■■■□□ 2.11
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CLN3-211ENST00000564091 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP28.19■■■□□ 2.1
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CLN3-211ENST00000564091 PHLDB1Q86UU1 1377 aa28.17■■■□□ 2.1
CLN3-211ENST00000564091 PLEKHD1A6NEE1 506 aa28.14■■■□□ 2.1
CLN3-211ENST00000564091 EHMT2Q96KQ7 1210 aa28.14■■■□□ 2.1
CLN3-211ENST00000564091 ABCA9Q8IUA7 1624 aa28.14■■■□□ 2.09
CLN3-211ENST00000564091 NEO1Q92859 1461 aa28.08■■■□□ 2.09
CLN3-211ENST00000564091 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP28.06■■■□□ 2.08
CLN3-211ENST00000564091 HECW2Q9P2P5 1572 aa28.06■■■□□ 2.08
CLN3-211ENST00000564091 KIF21BO75037 1637 aa28.05■■■□□ 2.08
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CLN3-211ENST00000564091 CHIC1Q5VXU3 224 aa27.98■■■□□ 2.07
CLN3-211ENST00000564091 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP27.96■■■□□ 2.07
CLN3-211ENST00000564091 AKNAQ7Z591 1439 aa27.95■■■□□ 2.07
CLN3-211ENST00000564091 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP27.94■■■□□ 2.06
CLN3-211ENST00000564091 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa27.92■■■□□ 2.06
CLN3-211ENST00000564091 FANCAO15360 1455 aa27.92■■■□□ 2.06
CLN3-211ENST00000564091 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP27.91■■■□□ 2.06
CLN3-211ENST00000564091 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP27.91■■■□□ 2.06
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CLN3-211ENST00000564091 ADAMTSL3P82987 1691 aa27.84■■■□□ 2.05
CLN3-211ENST00000564091 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa27.83■■■□□ 2.05
CLN3-211ENST00000564091 TTC37Q6PGP7 1564 aa27.83■■■□□ 2.05
CLN3-211ENST00000564091 FMN1Q68DA7 1419 aa27.83■■■□□ 2.05
CLN3-211ENST00000564091 PLCH2O75038 1416 aa27.8■■■□□ 2.04
CLN3-211ENST00000564091 YEATS2Q9ULM3 1422 aa27.79■■■□□ 2.04
CLN3-211ENST00000564091 SCAPERQ9BY12 1400 aa27.78■■■□□ 2.04
CLN3-211ENST00000564091 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP27.78■■■□□ 2.04
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CLN3-211ENST00000564091 PLPPR3Q6T4P5 718 aa27.75■■■□□ 2.03
CLN3-211ENST00000564091 BCORL1Q5H9F3 1711 aa27.75■■■□□ 2.03
CLN3-211ENST00000564091 MADDQ8WXG6 1647 aa27.74■■■□□ 2.03
CLN3-211ENST00000564091 CFAP74Q9C0B2 1584 aa27.73■■■□□ 2.03
CLN3-211ENST00000564091 RICTORQ6R327 1708 aa27.73■■■□□ 2.03
CLN3-211ENST00000564091 MLECQ14165 292 aa27.73■■■□□ 2.03
CLN3-211ENST00000564091 POGZQ7Z3K3 1410 aa27.7■■■□□ 2.03
CLN3-211ENST00000564091 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa27.7■■■□□ 2.02
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