RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000529476.1

USF1-209, Transcript of upstream transcription factor 1, humanhuman

TSL 3

Gene USF1, Length 581 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1-209ENST00000529476 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP23.35■■□□□ 1.33
USF1-209ENST00000529476 CSRNP3Q8WYN3 585 aa23.3■■□□□ 1.32
USF1-209ENST00000529476 CEP170Q5SW79 1584 aa23.27■■□□□ 1.32
USF1-209ENST00000529476 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa23.26■■□□□ 1.31
USF1-209ENST00000529476 PRXQ9BXM0 1461 aa23.25■■□□□ 1.31
USF1-209ENST00000529476 NUP160Q12769 1436 aa23.25■■□□□ 1.31
USF1-209ENST00000529476 KIF21BO75037 1637 aa23.14■■□□□ 1.29
USF1-209ENST00000529476 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa23.09■■□□□ 1.29
USF1-209ENST00000529476 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa23.07■■□□□ 1.28
USF1-209ENST00000529476 ERCC6L2Q5T890 1561 aa23.06■■□□□ 1.28
USF1-209ENST00000529476 SHROOM2Q13796 1616 aa23.05■■□□□ 1.28
USF1-209ENST00000529476 EHMT2Q96KQ7 1210 aa23.05■■□□□ 1.28
USF1-209ENST00000529476 IQGAP2Q13576 1575 aa23.03■■□□□ 1.28
USF1-209ENST00000529476 GOLGA3Q08378 1498 aa23.01■■□□□ 1.27
USF1-209ENST00000529476 JPH4Q96JJ6 628 aa23■■□□□ 1.27
USF1-209ENST00000529476 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP22.95■■□□□ 1.26
USF1-209ENST00000529476 UBTFP17480 764 aaKnown RBP22.93■■□□□ 1.26
USF1-209ENST00000529476 KIF13AQ9H1H9 1805 aa22.9■■□□□ 1.26
USF1-209ENST00000529476 UGGT2Q9NYU1 1516 aa22.9■■□□□ 1.26
USF1-209ENST00000529476 DISP1Q96F81 1524 aa22.85■■□□□ 1.25
USF1-209ENST00000529476 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa22.82■■□□□ 1.24
USF1-209ENST00000529476 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP22.82■■□□□ 1.24
USF1-209ENST00000529476 KIAA0556O60303 1618 aa22.82■■□□□ 1.24
USF1-209ENST00000529476 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP22.81■■□□□ 1.24
USF1-209ENST00000529476 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa22.79■■□□□ 1.24
USF1-209ENST00000529476 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa22.78■■□□□ 1.24
USF1-209ENST00000529476 TNIKQ9UKE5 1360 aa22.76■■□□□ 1.23
USF1-209ENST00000529476 SAMD9Q5K651 1589 aa22.76■■□□□ 1.23
USF1-209ENST00000529476 FAM69CQ0P6D2 419 aa22.74■■□□□ 1.23
USF1-209ENST00000529476 P3H3Q8IVL6 736 aa22.72■■□□□ 1.23
USF1-209ENST00000529476 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP22.72■■□□□ 1.23
USF1-209ENST00000529476 PTPRGP23470 1445 aa22.7■■□□□ 1.22
USF1-209ENST00000529476 ABCC10Q5T3U5 1492 aa22.7■■□□□ 1.22
USF1-209ENST00000529476 EFCAB5A4FU69 1503 aa22.7■■□□□ 1.22
USF1-209ENST00000529476 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa22.66■■□□□ 1.22
USF1-209ENST00000529476 FHOD3Q2V2M9 1422 aa22.65■■□□□ 1.22
USF1-209ENST00000529476 CLIP1P30622 1438 aa22.61■■□□□ 1.21
USF1-209ENST00000529476 DIP2BQ9P265 1576 aa22.61■■□□□ 1.21
USF1-209ENST00000529476 CEP162Q5TB80 1403 aa22.59■■□□□ 1.21
USF1-209ENST00000529476 MAPKBP1O60336 1514 aa22.59■■□□□ 1.21
USF1-209ENST00000529476 ADCY10Q96PN6 1610 aa22.59■■□□□ 1.21
USF1-209ENST00000529476 KDM6BO15054 1643 aa22.58■■□□□ 1.21
USF1-209ENST00000529476 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP22.58■■□□□ 1.21
USF1-209ENST00000529476 UACAQ9BZF9 1416 aa22.57■■□□□ 1.2
USF1-209ENST00000529476 PLB1Q6P1J6 1458 aa22.56■■□□□ 1.2
USF1-209ENST00000529476 ABCA8O94911 1581 aa22.55■■□□□ 1.2
USF1-209ENST00000529476 ABCC2Q92887 1545 aa22.52■■□□□ 1.2
USF1-209ENST00000529476 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa22.52■■□□□ 1.2
USF1-209ENST00000529476 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa22.49■■□□□ 1.19
USF1-209ENST00000529476 TSPOAP1O95153 1857 aa22.49■■□□□ 1.19
USF1-209ENST00000529476 FMN1Q68DA7 1419 aa22.47■■□□□ 1.19
USF1-209ENST00000529476 KDM5BQ9UGL1 1544 aa22.42■■□□□ 1.18
USF1-209ENST00000529476 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP22.42■■□□□ 1.18
USF1-209ENST00000529476 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP22.41■■□□□ 1.18
USF1-209ENST00000529476 ARID3CA6NKF2 412 aa22.4■■□□□ 1.18
USF1-209ENST00000529476 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP22.38■■□□□ 1.17
USF1-209ENST00000529476 HECW1Q76N89 1606 aa22.36■■□□□ 1.17
USF1-209ENST00000529476 ATP10BO94823 1461 aa22.35■■□□□ 1.17
USF1-209ENST00000529476 ADGRL1O94910 1474 aa22.35■■□□□ 1.17
USF1-209ENST00000529476 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP22.35■■□□□ 1.17
USF1-209ENST00000529476 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa22.34■■□□□ 1.17
USF1-209ENST00000529476 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa22.33■■□□□ 1.17
USF1-209ENST00000529476 FYCO1Q9BQS8 1478 aa22.31■■□□□ 1.16
USF1-209ENST00000529476 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP22.3■■□□□ 1.16
USF1-209ENST00000529476 ASXL2Q76L83 1435 aa22.3■■□□□ 1.16
USF1-209ENST00000529476 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP22.29■■□□□ 1.16
USF1-209ENST00000529476 VPS8Q8N3P4 1428 aa22.29■■□□□ 1.16
USF1-209ENST00000529476 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP22.28■■□□□ 1.16
USF1-209ENST00000529476 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP22.28■■□□□ 1.16
USF1-209ENST00000529476 HECW2Q9P2P5 1572 aa22.28■■□□□ 1.16
USF1-209ENST00000529476 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP22.27■■□□□ 1.16
USF1-209ENST00000529476 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP22.24■■□□□ 1.15
USF1-209ENST00000529476 WDR7Q9Y4E6 1490 aa22.23■■□□□ 1.15
USF1-209ENST00000529476 CCDC18Q5T9S5 1454 aa22.22■■□□□ 1.15
USF1-209ENST00000529476 GLI2P10070 1586 aa22.21■■□□□ 1.15
USF1-209ENST00000529476 PLEKHD1A6NEE1 506 aa22.16■■□□□ 1.14
USF1-209ENST00000529476 KCNH8Q96L42 1107 aa22.16■■□□□ 1.14
USF1-209ENST00000529476 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa22.12■■□□□ 1.13
USF1-209ENST00000529476 CFAP43Q8NDM7 1665 aa22.12■■□□□ 1.13
USF1-209ENST00000529476 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP22.12■■□□□ 1.13
USF1-209ENST00000529476 TIAM1Q13009 1591 aa22.09■■□□□ 1.13
USF1-209ENST00000529476 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP22.09■■□□□ 1.13
USF1-209ENST00000529476 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa22.06■■□□□ 1.12
USF1-209ENST00000529476 KIF14Q15058 1648 aa22.06■■□□□ 1.12
USF1-209ENST00000529476 ABCA9Q8IUA7 1624 aa22.05■■□□□ 1.12
USF1-209ENST00000529476 MAP3K1Q13233 1512 aa22.04■■□□□ 1.12
USF1-209ENST00000529476 FBXO41Q8TF61 875 aa22.03■■□□□ 1.12
USF1-209ENST00000529476 MTUS2Q5JR59 1369 aa22.02■■□□□ 1.12
USF1-209ENST00000529476 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP22.02■■□□□ 1.12
USF1-209ENST00000529476 TTC37Q6PGP7 1564 aa22.02■■□□□ 1.12
USF1-209ENST00000529476 TEX14Q8IWB6 1497 aa22.02■■□□□ 1.12
USF1-209ENST00000529476 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa22.01■■□□□ 1.11
USF1-209ENST00000529476 APLP2Q06481 763 aa22■■□□□ 1.11
USF1-209ENST00000529476 CD109Q6YHK3 1445 aa21.99■■□□□ 1.11
USF1-209ENST00000529476 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa21.98■■□□□ 1.11
USF1-209ENST00000529476 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP21.97■■□□□ 1.11
USF1-209ENST00000529476 MYO5CQ9NQX4 1742 aa21.93■■□□□ 1.1
USF1-209ENST00000529476 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP21.92■■□□□ 1.1
USF1-209ENST00000529476 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa21.89■■□□□ 1.09
USF1-209ENST00000529476 NCOA2Q15596 1464 aa21.88■■□□□ 1.09
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