RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000517525.1

PVT1-204, Transcript of Pvt1 oncogene, human

TSL 3

Gene PVT1, Length 392 nt, Biotype lincRNA, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PVT1-204	ENST00000517525	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		42.01	■■■■■ 4.32
PVT1-204	ENST00000517525	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		42	■■■■■ 4.31
PVT1-204	ENST00000517525	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	41.95	■■■■■ 4.31
PVT1-204	ENST00000517525	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		41.8	■■■■■ 4.28
PVT1-204	ENST00000517525	PRX	Q9BXM0	1461 aa		41.62	■■■■■ 4.25
PVT1-204	ENST00000517525	IQGAP2	Q13576	1575 aa		41.6	■■■■■ 4.25
PVT1-204	ENST00000517525	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	41.58	■■■■■ 4.25
PVT1-204	ENST00000517525	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		41.52	■■■■■ 4.24
PVT1-204	ENST00000517525	EEA1	Q15075	1411 aa		41.49	■■■■■ 4.23
PVT1-204	ENST00000517525	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		41.46	■■■■■ 4.23
PVT1-204	ENST00000517525	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		41.45	■■■■■ 4.23
PVT1-204	ENST00000517525	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		41.44	■■■■■ 4.22
PVT1-204	ENST00000517525	PTPRG	P23470	1445 aa		41.43	■■■■■ 4.22
PVT1-204	ENST00000517525	DISP1	Q96F81	1524 aa		41.4	■■■■■ 4.22
PVT1-204	ENST00000517525	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		41.35	■■■■■ 4.21
PVT1-204	ENST00000517525	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		41.3	■■■■■ 4.2
PVT1-204	ENST00000517525	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	41.28	■■■■■ 4.2
PVT1-204	ENST00000517525	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		41.27	■■■■■ 4.2
PVT1-204	ENST00000517525	MAPKBP1	O60336	1514 aa		41.21	■■■■■ 4.19
PVT1-204	ENST00000517525	KIAA0556	O60303	1618 aa		41.21	■■■■■ 4.19
PVT1-204	ENST00000517525	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		41.18	■■■■■ 4.18
PVT1-204	ENST00000517525	GOLGA3	Q08378	1498 aa		41.18	■■■■■ 4.18
PVT1-204	ENST00000517525	UACA	Q9BZF9	1416 aa		41.14	■■■■■ 4.18
PVT1-204	ENST00000517525	ABCC2	Q92887	1545 aa		41.11	■■■■■ 4.17
PVT1-204	ENST00000517525	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	41.09	■■■■■ 4.17
PVT1-204	ENST00000517525	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		41.07	■■■■■ 4.16
PVT1-204	ENST00000517525	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	41.04	■■■■■ 4.16
PVT1-204	ENST00000517525	KIF21B	O75037	1637 aa		40.99	■■■■■ 4.15
PVT1-204	ENST00000517525	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		40.97	■■■■■ 4.15
PVT1-204	ENST00000517525	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		40.96	■■■■■ 4.15
PVT1-204	ENST00000517525	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		40.94	■■■■■ 4.14
PVT1-204	ENST00000517525	DIP2B	Q9P265	1576 aa		40.91	■■■■■ 4.14
PVT1-204	ENST00000517525	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		40.89	■■■■■ 4.14
PVT1-204	ENST00000517525	ASXL2	Q76L83	1435 aa		40.85	■■■■■ 4.13
PVT1-204	ENST00000517525	SAMD9	Q5K651	1589 aa		40.85	■■■■■ 4.13
PVT1-204	ENST00000517525	ABCA8	O94911	1581 aa		40.84	■■■■■ 4.13
PVT1-204	ENST00000517525	P3H3	Q8IVL6	736 aa		40.73	■■■■■ 4.11
PVT1-204	ENST00000517525	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	40.72	■■■■■ 4.11
PVT1-204	ENST00000517525	GLI2	P10070	1586 aa		40.71	■■■■■ 4.11
PVT1-204	ENST00000517525	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		40.62	■■■■■ 4.09
PVT1-204	ENST00000517525	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	40.62	■■■■■ 4.09
PVT1-204	ENST00000517525	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	40.6	■■■■■ 4.09
PVT1-204	ENST00000517525	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		40.59	■■■■■ 4.09
PVT1-204	ENST00000517525	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		40.54	■■■■■ 4.08
PVT1-204	ENST00000517525	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	40.52	■■■■■ 4.08
PVT1-204	ENST00000517525	ATP10B	O94823	1461 aa		40.51	■■■■■ 4.08
PVT1-204	ENST00000517525	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		40.48	■■■■■ 4.07
PVT1-204	ENST00000517525	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		40.42	■■■■■ 4.06
PVT1-204	ENST00000517525	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		40.41	■■■■■ 4.06
PVT1-204	ENST00000517525	TSPOAP1	O95153	1857 aa		40.4	■■■■■ 4.06
PVT1-204	ENST00000517525	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	40.39	■■■■■ 4.06
PVT1-204	ENST00000517525	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	40.39	■■■■■ 4.06
PVT1-204	ENST00000517525	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		40.35	■■■■■ 4.05
PVT1-204	ENST00000517525	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		40.32	■■■■■ 4.04
PVT1-204	ENST00000517525	ARID3C	A6NKF2	412 aa		40.31	■■■■■ 4.04
PVT1-204	ENST00000517525	KCNH8	Q96L42	1107 aa		40.31	■■■■■ 4.04
PVT1-204	ENST00000517525	KDM6B	O15054	1643 aa		40.31	■■■■■ 4.04
PVT1-204	ENST00000517525	FMN1	Q68DA7	1419 aa		40.27	■■■■■ 4.04
PVT1-204	ENST00000517525	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	40.27	■■■■■ 4.04
PVT1-204	ENST00000517525	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		40.26	■■■■■ 4.04
PVT1-204	ENST00000517525	CD109	Q6YHK3	1445 aa		40.26	■■■■■ 4.04
PVT1-204	ENST00000517525	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		40.24	■■■■■ 4.03
PVT1-204	ENST00000517525	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	40.18	■■■■■ 4.02
PVT1-204	ENST00000517525	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	40.18	■■■■■ 4.02
PVT1-204	ENST00000517525	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		40.14	■■■■■ 4.02
PVT1-204	ENST00000517525	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	40.13	■■■■■ 4.01
PVT1-204	ENST00000517525	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		40.12	■■■■■ 4.01
PVT1-204	ENST00000517525	HECW1	Q76N89	1606 aa		40.03	■■■■■ 4
PVT1-204	ENST00000517525	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		40.01	■■■■■ 4
PVT1-204	ENST00000517525	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	39.99	■■■■□ 3.99
PVT1-204	ENST00000517525	CLIP1	P30622	1438 aa		39.98	■■■■□ 3.99
PVT1-204	ENST00000517525	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		39.93	■■■■□ 3.98
PVT1-204	ENST00000517525	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		39.92	■■■■□ 3.98
PVT1-204	ENST00000517525	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	39.91	■■■■□ 3.98
PVT1-204	ENST00000517525	NEO1	Q92859	1461 aa		39.9	■■■■□ 3.98
PVT1-204	ENST00000517525	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	39.9	■■■■□ 3.98
PVT1-204	ENST00000517525	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	39.86	■■■■□ 3.97
PVT1-204	ENST00000517525	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		39.78	■■■■□ 3.96
PVT1-204	ENST00000517525	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	39.77	■■■■□ 3.96
PVT1-204	ENST00000517525	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		39.77	■■■■□ 3.96
PVT1-204	ENST00000517525	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	39.77	■■■■□ 3.96
PVT1-204	ENST00000517525	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		39.74	■■■■□ 3.95
PVT1-204	ENST00000517525	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		39.71	■■■■□ 3.95
PVT1-204	ENST00000517525	PLCH2	O75038	1416 aa		39.7	■■■■□ 3.95
PVT1-204	ENST00000517525	CEP162	Q5TB80	1403 aa		39.69	■■■■□ 3.94
PVT1-204	ENST00000517525	FANCA	O15360	1455 aa		39.68	■■■■□ 3.94
PVT1-204	ENST00000517525	AKNA	Q7Z591	1439 aa		39.66	■■■■□ 3.94
PVT1-204	ENST00000517525	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		39.66	■■■■□ 3.94
PVT1-204	ENST00000517525	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		39.64	■■■■□ 3.94
PVT1-204	ENST00000517525	KIF14	Q15058	1648 aa		39.62	■■■■□ 3.93
PVT1-204	ENST00000517525	RAPGEF3	O95398	923 aa		39.61	■■■■□ 3.93
PVT1-204	ENST00000517525	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	39.57	■■■■□ 3.93
PVT1-204	ENST00000517525	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		39.57	■■■■□ 3.93
PVT1-204	ENST00000517525	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		39.54	■■■■□ 3.92
PVT1-204	ENST00000517525	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		39.54	■■■■□ 3.92
PVT1-204	ENST00000517525	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		39.48	■■■■□ 3.91
PVT1-204	ENST00000517525	ADGRL1	O94910	1474 aa		39.47	■■■■□ 3.91
PVT1-204	ENST00000517525	RICTOR	Q6R327	1708 aa		39.43	■■■■□ 3.9
PVT1-204	ENST00000517525	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		39.42	■■■■□ 3.9
PVT1-204	ENST00000517525	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		39.4	■■■■□ 3.9

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