RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	TRBV10-1	A0A0K0K1A3	114 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	GAGE12J	A6NER3	117 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R17	O96001	155 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	GAGE1	Q13065	139 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	GAGE4	Q13068	117 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	GAGE5	Q13069	117 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	COX19	Q49B96	90 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	RASL11A	Q6T310	242 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V0E2	Q8NHE4	81 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	ZNRF2	Q8NHG8	242 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	DNAJC30	Q96LL9	226 aa		6.02	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	TRBV7-3	A0A075B6L6	115 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	CKS2	P33552	79 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	PTTG1IP	P53801	180 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	UFSP1	Q6NVU6	142 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	VSIG2	Q96IQ7	327 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	NIT2	Q9NQR4	276 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	SMCO4	Q9NRQ5	59 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	KIF25-AS1	Q9Y6Z4	181 aa		6.01	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	RAB4A	P20338	218 aa		6	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	S100A1	P23297	94 aa		6	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	TMEM97	Q5BJF2	176 aa		6	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	FAM104B	Q5XKR9	115 aa		6	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	SUMO4	Q6EEV6	95 aa		6	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	AMN1	Q8IY45	258 aa		6	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	MRAP2	Q96G30	205 aa		6	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	DNAH5	Q8TE73	4624 aa		6	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	TRAV8-6	A0A0B4J262	113 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	LOC100131303	A0A0U1RQF7	123 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	GAGE12H	A6NDE8	117 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520		M0QY20	66 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	PPBP	P02775	128 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	PMCH	P20382	165 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	LINC00315	P59091	139 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	OR10J3	Q5JRS4	329 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	LYPD5	Q6UWN5	251 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	DAZ4	Q86SG3	579 aa	Known RBP	5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	GATD1	Q8NB37	220 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	GTSF1L	Q9H1H1	148 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	ST20	Q9HBF5	79 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	DAZ3	Q9NR90	486 aa	Known RBP	5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	LINC00588	Q9Y4M8	146 aa		5.99	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	FLG2	Q5D862	2391 aa	Predicted RBP	5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	TRAV26-2	A0A0B4J265	109 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	EPM2A	B3EWF7	344 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	APCS	P02743	223 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	ESRG	Q1W209	222 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	MRPL51	Q4U2R6	128 aa	Known RBP	5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	TMEM136	Q6ZRR5	245 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	NEXN-AS1	Q8NBZ9	246 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	GNB1L	Q9BYB4	327 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520		Q9H8V8	135 aa		5.98	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	TRAV9-2	A0A087WT02	112 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GXF2	115 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	VCY	O14598	125 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	HLA-DQA1	P01909	254 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	MT-ND6	P03923	174 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	INAFM2	P0DMQ5	153 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	FUS	P35637	526 aa	Known RBP eCLIP	5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	FABP9	Q0Z7S8	132 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	ELOB	Q15370	118 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	ORMDL3	Q8N138	153 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	RNF185	Q96GF1	192 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP1-5	Q9BYS1	174 aa		5.97	□□□□□ -1.45
USP4-213	ENST00000488520	TGIF2-C20orf24	A0A0A6YYL0	155 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-38	A0A0C4DH36	116 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	TMEM262	E9PQX1	116 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520		I3L3M4	83 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	UBE2D3	P61077	147 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	UBE2D2	P62837	147 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	COTL1	Q14019	142 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	ATRAID	Q6UW56	229 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	PRELID3A	Q96N28	172 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	TRAPPC1	Q9Y5R8	145 aa		5.96	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	TRBV24-1	A0A075B6N3	115 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	SDHAF1	A6NFY7	115 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520		D6R8Y8	96 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	SMKR1	H3BMG3	65 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	UBE2L6	O14933	153 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	TCAP	O15273	167 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	SIVA1	O15304	175 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	NCR2	O95944	276 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	FCER1G	P30273	86 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	TIRAP	P58753	221 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	PKIA	P61925	76 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	LELP1	Q5T871	98 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	RPL39L	Q96EH5	51 aa	Known RBP	5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	KIR2DL4	Q99706	377 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	C20orf78	Q9BR46	151 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	LAMTOR2	Q9Y2Q5	125 aa		5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	MRPS16	Q9Y3D3	137 aa	Known RBP	5.95	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	TRBV25-1	A0A075B6N4	114 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520		A0A087WX48	190 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	IGHV1-24	A0A0C4DH33	117 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	TRBV6-5	A0A0K0K1A5	114 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	PHOX2A	O14813	284 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	TNFRSF6B	O95407	300 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	RAB5A	P20339	215 aa		5.94	□□□□□ -1.46
USP4-213	ENST00000488520	SUMO2	P61956	95 aa	Known RBP	5.94	□□□□□ -1.46

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