RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556768.5

SCFD1-222, Transcript of sec1 family domain containing 1, human

TSL 1 (best)

Gene SCFD1, Length 1,829 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SCFD1-222	ENST00000556768	TRBV10-1	A0A0K0K1A3	114 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	IFNA1	P01562	189 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	IGHV3-30	P01768	117 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	IGHV3-33	P01772	117 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	SMIM17	P0DL12	118 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	IGHV3-30-3	P0DP02	117 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	IGHV3-30-5	P0DP03	117 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	RPL36A	P83881	106 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	LAGE3	Q14657	143 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	RPL36AL	Q969Q0	106 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768		Q9HAA7	133 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	COX11	Q9Y6N1	276 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768		A0A087WX48	190 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TRAV1-1	A0A0B4J248	108 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	XKRY2	A2RUG3	117 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	PDE6D	O43924	150 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	RPL35	P42766	123 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	SLC51B	Q86UW2	128 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TMEM18	Q96B42	140 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	SAMD10	Q9BYL1	202 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	JPT2	Q9H910	190 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	SCRT2	Q9NQ03	307 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	BIN3	Q9NQY0	253 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TRBV7-3	A0A075B6L6	115 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	CXCL1	P09341	107 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TAGLN2	P37802	199 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	RAB4B	P61018	213 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	ELOB	Q15370	118 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TCTE3	Q8IZS6	198 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	C14orf178	Q8N769	122 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	RMI2	Q96E14	147 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	HSPG2	P98160	4391 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TMEM262	E9PQX1	116 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	OR5AL1	P0C617	328 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	GNG4	P50150	75 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	SULT1A2	P50226	295 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	RPS20	P60866	119 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	SST	P61278	116 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	MEF2B	Q02080	365 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	ZNF56	Q15929	161 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	UFSP1	Q6NVU6	142 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	NTN5	Q8WTR8	489 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	SMIM12	Q96EX1	92 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TPPP3	Q9BW30	176 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	IGLV5-52	A0A0A0MRZ9	124 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	C1QB	P02746	253 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	RPL19	P84098	196 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	MED9	Q9NWA0	146 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768		P01737	135 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	PKIA	P61925	76 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	CCL20	P78556	96 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TMEM97	Q5BJF2	176 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	CENPW	Q5EE01	88 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	AKAP14	Q86UN6	197 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768		Q8N1X5	172 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	OR2D3	Q8NGH3	330 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	OR10AG1	Q8NH19	301 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	C11orf52	Q96A22	123 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	AP1S3	Q96PC3	154 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	CHCHD7	Q9BUK0	85 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	VAX2	Q9UIW0	290 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768		F2Z2F3	143 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768		H7C1H1	209 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	SNAI2	O43623	268 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768		Q0VG73	95 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	DAZ4	Q86SG3	579 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	DERL1	Q9BUN8	251 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	DAZ3	Q9NR90	486 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768		Q9UF83	564 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SCFD1-222	ENST00000556768	TRBV6-8	A0A0A6YYG3	113 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	MUC21	A0A0G2JKD1	596 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	MUC21	A0A140T8X8	626 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	RBFOX3	A6NFN3	312 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	LINC00694	P0DN24	101 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	BCL2	P10415	239 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	UBE2D3	P61077	147 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	UBE2D2	P62837	147 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	CACNG7	P62955	275 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	NIT1	Q86X76	327 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768		Q8N814	137 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	FER1L6-AS1	Q8NA97	138 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	OR10G8	Q8NGN5	311 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	IGKV2D-24	A0A075B6R9	120 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	RAB19	A4D1S5	217 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	LRCOL1	A6NCL2	159 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	EPM2A	B3EWF7	344 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	CRP	P02741	224 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	TRGC1	P0CF51	173 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	FUS	P35637	526 aa	Known RBP eCLIP	4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	SNRPE	P62304	92 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	FRZB	Q92765	325 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	UBE2W	Q96B02	151 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	CHCHD5	Q9BSY4	110 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	KLK12	Q9UKR0	248 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	APOB	P04114	4563 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	UBE2V1	Q13404	147 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SCFD1-222	ENST00000556768	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		4.88	□□□□□ -1.63

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