RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000535896.6

SYNE1-233, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 5

Gene SYNE1, Length 1,388 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-233	ENST00000535896	POLR2K	P53803	58 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TCTA	P57738	103 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	UBE2D3	P61077	147 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	UBE2D2	P62837	147 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	ANXA2R	Q3ZCQ2	193 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	CFAP126	Q5VTH2	177 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	MORN3	Q6PF18	240 aa	Predicted RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	SCGB1D4	Q6XE38	83 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	RNF152	Q8N8N0	203 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	WFDC11	Q8NEX6	87 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	C20orf173	Q96LM9	149 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896		Q96MF0	132 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TTTY13	Q9BZ97	58 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	BPESC1	Q9GZL8	116 aa		4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	MRPL16	Q9NX20	251 aa	Known RBP	4.76	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TEP1	Q99973	2627 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	NSD1	Q96L73	2696 aa	Predicted RBP	4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3OR16-8	A0A075B7F1	116 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3-66	A0A0C4DH42	116 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896		A0A0J9YX75	114 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGIP	A6NJ69	53 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	CYSRT1	A8MQ03	144 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC00315	P59091	139 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF876P	Q49A33	203 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM159A	Q6UWV7	190 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	NFE4	Q86UQ8	179 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	SYT8	Q8NBV8	401 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC01600	Q96MT4	127 aa		4.75	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	HIVEP2	P31629	2446 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	ABCA2	Q9BZC7	2435 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGLV4-69	A0A075B6H9	119 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896		A0A096LNT2	108 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896		H3BS24	57 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	APOM	O95445	188 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	MGP	P08493	103 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	AZU1	P20160	251 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	PIK3CD-AS1	Q5SR53	167 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	ZFP2	Q6ZN57	461 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	SBSPON	Q8IVN8	264 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	C14orf178	Q8N769	122 aa	Predicted RBP	4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	SLC25A29	Q8N8R3	303 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	RPL39L	Q96EH5	51 aa	Known RBP	4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	C9orf85	Q96MD7	179 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TP53TG1	Q9Y2A0	90 aa		4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TSSC4	Q9Y5U2	329 aa	Predicted RBP	4.74	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	SON	P18583	2426 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896		A0A0B4J2C4	111 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV4-61	A0A0C4DH41	118 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896		A0A0J9YY99	117 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896		A6NDX4	124 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	SDHAF1	A6NFY7	115 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TSPAN13	O95857	204 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	CRYGD	P07320	174 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	GATA3	P23771	443 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	RNASE4	P34096	147 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	CFHR3	Q02985	330 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	FOXI1	Q12951	378 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	WFDC2	Q14508	124 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	ETDB	Q3ZM63	59 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	UNQ9165/PRO28630	Q6UXU0	137 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TRPT1	Q86TN4	253 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TEN1	Q86WV5	123 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	NDUFA11	Q86Y39	141 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	C10orf126	Q8N4M7	172 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	PPDPFL	Q8WWR9	84 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	MUC4	Q99102	2169 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	SPAG8	Q99932	426 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	RHPN1-AS1	Q9BWJ2	59 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	MDFIC	Q9P1T7	246 aa		4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF256	Q9Y2P7	627 aa	Predicted RBP	4.73	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	CR1	P17927	2039 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3OR16-13	A0A075B7E8	117 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3-49	A0A0A0MS15	119 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TRAV16	A0A0A6YYK6	109 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3-74	A0A0B4J1X5	117 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC01548	A6NM66	108 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896		B4DSR2	109 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TMEM262	E9PQX1	116 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	LEPROT	O15243	131 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	DUSP14	O95147	198 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TSHB	P01222	138 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3-30	P01768	117 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896		P0DMU3	169 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM231A	P0DMU4	169 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM231C	P0DMU5	169 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	IGHV3-30-5	P0DP03	117 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	SUMO4	Q6EEV6	95 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	DCANP1	Q8TF63	244 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	PLEKHB2	Q96CS7	222 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	RNF183	Q96D59	192 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	KLK15	Q9H2R5	256 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	PYGO1	Q9Y3Y4	419 aa		4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	ANK3	Q12955	4377 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
SYNE1-233	ENST00000535896	TRGV11	A0A075B6L2	103 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896		J3QQQ9	107 aa		4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896	LGALS3	P17931	250 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
SYNE1-233	ENST00000535896	SNRPD3	P62318	126 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66

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