RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	PSG8	Q9UQ74	426 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	YLPM1	P49750	1951 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	GVINP1	Q7Z2Y8	2422 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472	DIDO1	Q9BTC0	2240 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CLN3-223	ENST00000566472		A0A087X0K7	114 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM8B	A6NDV4	472 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	NCBP2L	A6PVI3	153 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		F2Z2F3	143 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	EGR2	P11161	476 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PMCH	P20382	165 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	LMO4	P61968	165 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RIG	Q13278	110 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PMCHL1	Q16048	86 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	KIAA1644	Q3SXP7	199 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	GDF5OS	Q5U4N7	250 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	UNQ6494/PRO21346	Q6UXR6	183 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00322	Q6ZN03	302 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TCF24	Q7RTU0	167 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PRNT	Q86SH4	94 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	EXOC3-AS1	Q8N2X6	119 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	OR2D3	Q8NGH3	330 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	GTSF1	Q8WW33	167 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	BORCS7	Q96B45	105 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CHCHD1	Q96BP2	118 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RCHY1	Q96PM5	261 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	VAMP8	Q9BV40	100 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	NRN1	Q9NPD7	142 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RABAC1	Q9UI14	185 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	FBXL7	Q9UJT9	491 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	COL6A3	P12111	3177 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZGRF1	Q86YA3	2104 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	MUC6	Q6W4X9	2439 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	APC2	O95996	2303 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C20orf202	A1L168	122 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SH2D7	A6NKC9	451 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	VWC2L	B2RUY7	222 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		H3BTX0	84 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		M0QZK8	103 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	NDUFS8	O00217	210 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CHEK1	O14757	476 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	NPFF	O15130	113 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	HSBP1	O75506	76 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	APOH	P02749	345 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SNRPC	P09234	159 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CT45A10	P0DMU9	189 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CAMP	P49913	170 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CRIP2	P52943	208 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RPS20	P60866	119 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	KRTDAP	P60985	99 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SRSF2	Q01130	221 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	LY6D	Q14210	128 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	FBLN7	Q53RD9	439 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	KLF17	Q5JT82	389 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SAPCD1	Q5SSQ6	148 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	NIT1	Q86X76	327 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		Q8N976	141 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF502	Q8TBZ5	544 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZC2HC1A	Q96GY0	325 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	AJUBA	Q96IF1	538 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	MIEN1	Q9BRT3	115 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	NDFIP1	Q9BT67	221 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	BPESC1	Q9GZL8	116 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	LOC102724200	A0A096LPH7	203 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV8-1	A0A0A6YYK1	113 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CENPVL3	A0A0U1RRI6	287 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1B0GUT8	65 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RBAKDN	A6NC62	111 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		M0R143	59 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	BRI3	O95415	125 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CTSG	P08311	255 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	OR5AL1	P0C617	328 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	GNLY	P22749	145 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CD24	P25063	80 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	BMI1	P35226	326 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SAA4	P35542	130 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SST	P61278	116 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PAX8	Q06710	450 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	UNQ5815/PRO19632	Q6UWF5	114 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	KLHDC1	Q8N7A1	406 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	EEF1AKMT3	Q96AZ1	226 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	MRPL53	Q96EL3	112 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PGLYRP4	Q96LB8	373 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SGK494	Q96LW2	274 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SLC50A1	Q9BRV3	221 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PIMREG	Q9BSJ6	248 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CLEC5A	Q9NY25	188 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	MOB4	Q9Y3A3	225 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TNC	P24821	2201 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	VPS13A	Q96RL7	3174 aa		4.88	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CEP250	Q9BV73	2442 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	FREM2	Q5SZK8	3169 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF292	O60281	2723 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RBM14-RBM4	A0A0A0MSL8	147 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV7-1	A0A0A6YYK4	115 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	FAM181B	A6NEQ2	426 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	FAM223B	A6NKX1	122 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF785	A8K8V0	405 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		H3BUA1	57 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C19orf84	I3L1E1	186 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		M0R2Z0	102 aa		4.87	□□□□□ -1.63

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