RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000412568.6

PTPRF-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5

Gene PTPRF, Length 4,154 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-204	ENST00000412568	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CBFA2T2	O43439	604 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CHMP4BP1	P59074	171 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	LEO1	Q8WVC0	666 aa	Predicted RBP	12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	GPCPD1	Q9NPB8	672 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	PTPN14	Q15678	1187 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TMEM132A	Q24JP5	1023 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	GTF3C6	Q969F1	213 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	MTMR6	Q9Y217	621 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	EPB41L2	O43491	1005 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ZNHIT6	Q9NWK9	470 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	PALLD	Q8WX93	1383 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TNNT1	P13805	278 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TNNI2	P48788	182 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	SCNN1D	P51172	638 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TFAP4	Q01664	338 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	NOLC1	Q14978	699 aa	Known RBP eCLIP	12.81	□□□□□ -0.36	1e-6	■■□□□ 11.5
PTPRF-204	ENST00000412568	CAGE1	Q8TC20	777 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	KIF2C	Q99661	725 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	HSP90B2P	Q58FF3	399 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ZMYM1	Q5SVZ6	1142 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	KRT40	Q6A162	431 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TMEM87B	Q96K49	555 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	INCENP	Q9NQS7	918 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	VPS54	Q9P1Q0	977 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ZHX1	Q9UKY1	873 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	VWA3A	A6NCI4	1184 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ZYX	Q15942	572 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	STAM	Q92783	540 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	SSH2	Q76I76	1423 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	FSD2	A1L4K1	749 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	SCRN1	Q12765	414 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	DLC1	Q96QB1	1528 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	LIG1	P18858	919 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	SKIDA1	Q1XH10	827 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	PPARA	Q07869	468 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ZFYVE27	Q5T4F4	411 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	IGF2BP2	Q9Y6M1	599 aa	Known RBP eCLIP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	RASGRF1	Q13972	1273 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TMEM266	Q2M3C6	531 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	USP28	Q96RU2	1077 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	MCAM	P43121	646 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	MTX1	Q13505	466 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CUL4A	Q13619	759 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	SCARF1	Q14162	830 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CT47A1	Q5JQC4	288 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	KIAA0825	Q8IV33	1275 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CCDC12	Q8WUD4	166 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	DIP2A	Q14689	1571 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CAVIN2	O95810	425 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	LETM2	Q2VYF4	491 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CCDC178	Q5BJE1	867 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ANO1	Q5XXA6	986 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TTC6	Q86TZ1	520 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	IL25	Q9H293	177 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	GJB4	Q9NTQ9	266 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	MAPK8IP1	Q9UQF2	711 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568		A0A087WWV3	80 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ERICH4	A6NGS2	130 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CCP110	O43303	1012 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CIAO1	O76071	339 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	PTGS1	P23219	599 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	KRT2	P35908	639 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	DNA2	P51530	1060 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	NECTIN1	Q15223	517 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	RRAGB	Q5VZM2	374 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	STAT6	P42226	847 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	UBASH3A	P57075	661 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	SEPT11	Q9NVA2	429 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		12.77	□□□□□ -0.36
PTPRF-204	ENST00000412568	RGS12	O14924	1447 aa		12.77	□□□□□ -0.36

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