RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	DEFB108B	Q8NET1	73 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	SAP30L	Q9HAJ7	183 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL27	Q9P0M9	148 aa	Known RBP	6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	SIGLEC9	Q9Y336	463 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	CELSR1	Q9NYQ6	3014 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	HELT	A6NFD8	242 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM238	C9JI98	176 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	IRF2	P14316	349 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	LGALS7	P47929	136 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NPB	Q8NG41	125 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	RCHY1	Q96PM5	261 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TBX15	Q96SF7	602 aa		6.95	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MALRD1	Q5VYJ5	2156 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MC5R	P33032	325 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TDRG1	Q3Y452	100 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912		Q71RC1	249 aa	Predicted RBP	6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ATOH7	Q8N100	152 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	OR11H6	Q8NGC7	330 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	VSTM2A	Q8TAG5	236 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	VN1R17P	Q8TDU5	208 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	LINC00479	Q96M42	142 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF48	Q96MX3	618 aa	Predicted RBP	6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	PLA2G2A	P14555	144 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	FOXA3	P55318	350 aa	Predicted RBP	6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	RPEL1	Q2QD12	228 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ASPHD1	Q5U4P2	390 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF5	Q99942	180 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	GNB4	Q9HAV0	340 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF355P	Q9NSJ1	428 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV1-3	A0A0C4DH29	117 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MDFIC2	A0A1B0GVS7	189 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	IZUMO1R	A6ND01	250 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	SERF1A	O75920	110 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	GPX1	P07203	203 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	PYY	P10082	97 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	CDKN1A	P38936	164 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	SELENOV	P59797	346 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM190	Q8WZ59	177 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM18	Q96B42	140 aa		6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	F11R	Q9Y624	299 aa	Known RBP	6.94	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MT-CO2	P00403	227 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	PLAU	P00749	431 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLC1	P0CG04	106 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	APOBEC3A	P31941	199 aa	Predicted RBP	6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	BMI1	P35226	326 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	PAFAH1B2	P68402	229 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	RAB31	Q13636	194 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	CT83	Q5H943	113 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912		Q6ZN92	141 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF492	Q9P255	531 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	CHD6	Q8TD26	2715 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHV1-69-2	A0A0G2JMI3	117 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A1W2PS18	150 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	GNG4	P50150	75 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ERVFC1-1	P60608	527 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	SLA	Q13239	276 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	FBXL7	Q9UJT9	491 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ACACA	Q13085	2346 aa		6.93	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MT-ND6	P03923	174 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	IGLC2	P0DOY2	106 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	UNQ5815/PRO19632	Q6UWF5	114 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ZC2HC1A	Q96GY0	325 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	UHRF2	Q96PU4	802 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	WI2-2373I1.2	A0A1W2PRP0	233 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	GRIFIN	A4D1Z8	144 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912		B9A039	149 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912		K7EIM0	57 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	PEX7	O00628	323 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC25A17	O43808	307 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ACTL6B	O94805	426 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TOMM40	O96008	361 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	APOA2	P02652	100 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NTF3	P20783	257 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	REG1B	P48304	166 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	EBI3	Q14213	229 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MMD	Q15546	238 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	GTSF1	Q8WW33	167 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NPIPB3	Q92617	1050 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MEGF9	Q9H1U4	602 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	IGKV1-17	P01599	117 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	AMY1A	P04745	511 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	TAS2R45	P59539	299 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	GTF2H5	Q6ZYL4	71 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	OR8I2	Q8N0Y5	310 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NAGK	Q9UJ70	344 aa		6.92	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	CRX	O43186	299 aa	Predicted RBP	6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	COX19	Q49B96	90 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRC10	Q5BKY1	277 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	OR5AU1	Q8NGC0	362 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NAA38	Q9BRA0	125 aa	Known RBP	6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	POLE	Q07864	2286 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	COL12A1	Q99715	3063 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MBD3L2B	A0A1B0GVZ6	204 aa	Predicted RBP	6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFB3	O43676	98 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	DLX1	P56177	255 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	SCGB2A2	Q13296	93 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	NUP35	Q8NFH5	326 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	MS4A10	Q96PG2	267 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	GTSF1L	Q9H1H1	148 aa		6.91	□□□□□ -1.3
SYNE1-215	ENST00000460912	ENY2	Q9NPA8	101 aa		6.91	□□□□□ -1.3

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