RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	SCARF1	Q14162	830 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	FERMT3	Q86UX7	667 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	EIF2AK3	Q9NZJ5	1116 aa	Known RBP	7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	RCOR1	Q9UKL0	485 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		7.34	□□□□□ -1.23
CLN3-223	ENST00000566472	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PRC1	O43663	620 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CDKL5	O76039	1030 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ADCY5	O95622	1261 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	FGA	P02671	866 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	LIG1	P18858	919 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TYRO3	Q06418	890 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TRDN	Q13061	729 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	DDB1	Q16531	1140 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC102B	Q68D86	513 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	GIMAP6	Q6P9H5	292 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	BRAP	Q7Z569	592 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	BICD2	Q8TD16	824 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM87B	Q96K49	555 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NAP1L5	Q96NT1	182 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MTA3	Q9BTC8	594 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	LRRC2	Q9BYS8	371 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TNMD	Q9H2S6	317 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	DACT1	Q9NYF0	836 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NID2	Q14112	1375 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SLIT2	O94813	1529 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	LAMA4	Q16363	1823 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PQ27	194 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PQ64	194 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PQD8	194 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TCRBV5S4A2T	A0A5A2	114 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	GOLGA8B	A8MQT2	603 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	GOLGA6L6	A8MZA4	724 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SH2B2	O14492	632 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CAMTA2	O94983	1202 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	YEATS4	O95619	227 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PDE6A	P16499	860 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	GNAT2	P19087	354 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ANTXR2	P58335	489 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MAP3K12	Q12852	859 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CPLX2	Q6PUV4	134 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SASS6	Q6UVJ0	657 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC73	Q6ZRK6	1079 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ARHGAP30	Q7Z6I6	1101 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TDRD7	Q8NHU6	1098 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	DDX11	Q96FC9	970 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PGBD1	Q96JS3	809 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	RTEL1	Q9NZ71	1219 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	MYH3	P11055	1940 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF532	Q9HCE3	1301 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	STK36	Q9NRP7	1315 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	KLF18	A0A0U1RQI7	1052 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ZBTB22	O15209	634 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PHLPP1	O60346	1717 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	NTSR2	O95665	410 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	PHKA1	P46020	1223 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	RCAN1	P53805	252 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SIK1	P57059	783 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SUSD4	Q5VX71	490 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SGMS1	Q86VZ5	419 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA5	Q8NB90	893 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	KCNG4	Q8TDN1	519 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	C8orf76	Q96K31	380 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	TFIP11	Q9UBB9	837 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	ANGEL1	Q9UNK9	670 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	HPS5	Q9UPZ3	1129 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	IGF2BP2	Q9Y6M1	599 aa	Known RBP eCLIP	7.31	□□□□□ -1.24
CLN3-223	ENST00000566472	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		7.31	□□□□□ -1.24

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