RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	NRIP2	Q9BQI9	281 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	PKIB	Q9C010	78 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	FGF20	Q9NP95	211 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	C8orf4	Q9NR00	106 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	INPP5E	Q9NRR6	644 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	HHLA2	Q9UM44	414 aa		11.71	□□□□□ -0.53
PNKP-223	ENST00000629179	TENM1	Q9UKZ4	2725 aa		11.71	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DNHD1	Q96M86	4753 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	IGKV1-9	A0A0C4DH69	117 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		F8VVB4	439 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		F8VWA3	439 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	LIMS3	P0CW19	117 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	LIMS4	P0CW20	117 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF20	P17024	532 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ATF1	P18846	271 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PRDX2	P32119	198 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CAPZA1	P52907	286 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CAV3	P56539	151 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ERVK11-1	P61568	191 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ACTG1	P63261	375 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	BAMBI	Q13145	260 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DEFB112	Q30KQ8	113 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OGFRL1	Q5TC84	451 aa	Predicted RBP	11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	VMO1	Q7Z5L0	202 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PDZD9	Q8IXQ8	264 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OR13C3	Q8NGS6	347 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	C8orf46	Q8TAG6	207 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PP6455	Q8WZ26	134 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SLAMF9	Q96A28	289 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	BORCS8	Q96FH0	119 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	MYCBP	Q99417	103 aa	Predicted RBP	11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	HES4	Q9HCC6	221 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	MTCH1	Q9NZJ7	389 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OR14J1	Q9UGF5	321 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	KPTN	Q9Y664	436 aa		11.7	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CASQ2	O14958	399 aa	Predicted RBP	11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PRTN3	P24158	256 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ETV1	P50549	477 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	GTF2A1	P52655	376 aa	Predicted RBP	11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	GBX2	P52951	348 aa	Predicted RBP	11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ATP1B3	P54709	279 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DLX1	P56177	255 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PRB3	Q04118	309 aa	Predicted RBP	11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PDCD1	Q15116	288 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CNN3	Q15417	329 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SLC25A26	Q70HW3	274 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	UTS2B	Q765I0	119 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	EGFL6	Q8IUX8	553 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SETD9	Q8NE22	299 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DMRTB1	Q96MA1	342 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PDCD1LG2	Q9BQ51	273 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SIRT7	Q9NRC8	400 aa		11.69	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV1-69D	A0A0B4J2H0	117 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		A0A1W2PQ09	198 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ZFPL1	O95159	310 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	IGHV1-69	P01742	117 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	GNAO1	P09471	354 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PRKACB	P22694	351 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	AZGP1	P25311	298 aa	Known RBP	11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DCK	P27707	260 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CAPG	P40121	348 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	POU3F4	P49335	361 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	RBP2	P50120	134 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	MTCP1	P56278	107 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	BPIFB3	P59826	476 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OR2G6	Q5TZ20	316 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	RNF144B	Q7Z419	303 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CMTM4	Q8IZR5	234 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF561	Q8N587	486 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179		Q8N7P7	452 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DNAAF1	Q8NEP3	725 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OR5AK2	Q8NH90	309 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	GATAD2B	Q8WXI9	593 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	GCDH	Q92947	438 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	ZDHHC16	Q969W1	377 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CEP19	Q96LK0	163 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	JAM3	Q9BX67	310 aa		11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	NKX1-2	Q9UD57	310 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM212	A6NML5	194 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SLC1A7	O00341	560 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SPRY1	O43609	319 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	KNG1	P01042	644 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	MRPL28	Q13084	256 aa	Known RBP	11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	IL18R1	Q13478	541 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SLC9A3R2	Q15599	337 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	XAF1	Q6GPH4	301 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	FAM185A	Q8N0U4	392 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	KIR3DL3	Q8N743	410 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OR13C9	Q8NGT0	318 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	RFT1	Q96AA3	541 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	OPALIN	Q96PE5	141 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	SPACA5	Q96QH8	159 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	COMMD4	Q9H0A8	199 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	PRDM13	Q9H4Q3	707 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	DCLRE1B	Q9H816	532 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	C19orf12	Q9NSK7	152 aa		11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	CAB39	Q9Y376	341 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	TRBV2	A0A0J9YWF9	115 aa		11.66	□□□□□ -0.54
PNKP-223	ENST00000629179	IRGM	A1A4Y4	181 aa		11.66	□□□□□ -0.54

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