RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 C17orf53Q8N3J3 647 aaPredicted RBP25.04■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 PUS7LQ9H0K6 701 aaKnown RBP25.04■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 R3HCC1Q9Y3T6 440 aaKnown RBP25.04■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 IFIT5Q13325 482 aaKnown RBP25.04■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 PTPDC1A2A3K4 754 aa25.03■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 PFKFB2O60825 505 aa25.03■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 NR1I2O75469 434 aa25.03■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 CCDC158Q5M9N0 1113 aa25.03■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 GOLGA6L4A6NEF3 574 aa25.03■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 PCCAP05165 728 aaPredicted RBP25.03■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 ZBTB38Q8NAP3 1195 aaPredicted RBP25.03■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 NUP62CLQ9H1M0 184 aa25.03■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 ZBTB1Q9Y2K1 713 aa25.03■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 KDM4AO75164 1064 aa25.02■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 ABCA3Q99758 1704 aa25.02■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 UVSSAQ2YD98 709 aa25.02■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 SMARCC2Q8TAQ2 1214 aa25.02■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 TBC1D2BQ9UPU7 963 aa25.02■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 ELP1O95163 1332 aa25.02■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 ITGA6P23229 1130 aa25.01■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 SCAND2PQ9GZW5 306 aaPredicted RBP25.01■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 DENND2AQ9ULE3 1009 aa25.01■■□□□ 1.6
TMEM260-216ENST00000557657 NLRP10Q86W26 655 aa25.01■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 STRCQ7RTU9 1775 aa25.01■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 A0A0G2JS52 829 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 STARD3NLO95772 234 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 CSF1RP07333 972 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 METTL24Q5JXM2 366 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 LDHAL6AQ6ZMR3 332 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 NKX2-3Q8TAU0 364 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 BICD2Q8TD16 824 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 MAP3K15Q6ZN16 1313 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 PDIA3P30101 505 aaKnown RBP25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 MAP3K11Q16584 847 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 GIGYF2Q6Y7W6 1299 aaKnown RBP25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 TTLL11Q8NHH1 800 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 MRVI1Q9Y6F6 885 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 FGAP02671 866 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 OTUD7BQ6GQQ9 843 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 LUZP1Q86V48 1076 aa25■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 SNAP23O00161 211 aa24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 MCAMP43121 646 aa24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 TNMDQ9H2S6 317 aa24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 FAM177BA6PVY3 158 aa24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 HMGB1P09429 215 aaKnown RBP24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 CCDC192P0DO97 292 aa24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 TYRO3Q06418 890 aa24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 ATP2B3Q16720 1220 aa24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 SPC24Q8NBT2 197 aa24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 HELBQ8NG08 1087 aaPredicted RBP24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 RIPOR2Q9Y4F9 1068 aa24.99■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 RIC1Q4ADV7 1423 aa24.98■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 ADD1P35611 737 aaKnown RBP24.98■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 TAOK2Q9UL54 1235 aa24.98■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 CYP19A1P11511 503 aaPredicted RBP24.98■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 PDZRN4Q6ZMN7 1036 aaPredicted RBP24.98■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 GJB4Q9NTQ9 266 aa24.98■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 AKAP2Q9Y2D5 859 aa24.98■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 AGXT2Q9BYV1 514 aa24.97■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 A0A087WWV3 80 aa24.97■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 CNNM1Q9NRU3 951 aa24.97■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 TRMT112Q9UI30 125 aaKnown RBP24.97■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 IRS4O14654 1257 aaPredicted RBP24.96■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 ANO6Q4KMQ2 910 aa24.96■■□□□ 1.59
TMEM260-216ENST00000557657 FDPSP14324 419 aaKnown RBP24.95■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 USP28Q96RU2 1077 aa24.95■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 PLA2G12BQ9BX93 195 aa24.95■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP24.95■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 PPIL4Q8WUA2 492 aaKnown RBP eCLIP24.95■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa24.94■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 GPAA1O43292 621 aa24.94■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 CTSWP56202 376 aa24.94■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 VSIG10Q8N0Z9 540 aa24.94■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 PDIA4P13667 645 aaKnown RBP24.94■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 TEX13AQ9BXU3 409 aaPredicted RBP24.94■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 NWD2Q9ULI1 1742 aa24.93■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 UBN2Q6ZU65 1347 aa24.93■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 MCM5P33992 734 aa24.93■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 LLPHQ9BRT6 129 aaKnown RBP24.93■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 CLSTN2Q9H4D0 955 aa24.93■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 PIH1D3Q9NQM4 214 aaKnown RBP24.93■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 SALL1Q9NSC2 1324 aa24.93■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 ANTXR2P58335 489 aa24.93■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 GOLPH3LQ9H4A5 285 aa24.93■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 PHKA1P46020 1223 aa24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 APPBP2Q92624 585 aa24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 ERCC4Q92889 916 aaPredicted RBP24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 TNKS1BP1Q9C0C2 1729 aaKnown RBP24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 PRC1O43663 620 aa24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 IDH1O75874 414 aaKnown RBP24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 IMMTQ16891 758 aaKnown RBP24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 FAM200AQ8TCP9 573 aa24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 ZSCAN16Q9H4T2 348 aaPredicted RBP24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 CBX8Q9HC52 389 aa24.92■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 KIAA2012Q0VF49 1180 aa24.91■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 SLC9C2Q5TAH2 1124 aa24.91■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 DNAJC25Q9H1X3 360 aa24.91■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 ITGB4P16144 1822 aa24.91■■□□□ 1.58
TMEM260-216ENST00000557657 ANKRD18BA2A2Z9 1011 aa24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 11.7 ms