RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484986.1

PTPRN-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, human

TSL 4

Gene PTPRN, Length 545 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRN-215	ENST00000484986	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		28.26	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	CDCA5	Q96FF9	252 aa		28.26	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		28.25	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	ANP32C	O43423	234 aa		28.25	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	OGFOD1	Q8N543	542 aa		28.25	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		28.25	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	COA1	Q9GZY4	146 aa		28.25	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	28.24	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	MYO3B	Q8WXR4	1341 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	28.24	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	ITGA6	P23229	1130 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	MMP14	P50281	582 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	FKBP1B	P68106	108 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		28.23	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	ZIC5	Q96T25	663 aa		28.23	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	28.22	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	28.22	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	DACT2	Q5SW24	774 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		28.22	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	CSF1R	P07333	972 aa		28.21	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		28.2	■■■□□ 2.11
PTPRN-215	ENST00000484986	VAMP4	O75379	141 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	CASP7	P55210	303 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	FAM161A	Q3B820	660 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	MYH3	P11055	1940 aa		28.2	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	SLC10A3	P09131	477 aa		28.19	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	FBXW7	Q969H0	707 aa		28.19	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	PSME4	Q14997	1843 aa		28.19	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	28.19	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		28.18	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	KCNJ4	P48050	445 aa		28.18	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	28.18	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	28.16	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		28.16	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	MCOLN1	Q9GZU1	580 aa		28.16	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		28.15	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	CHRND	Q07001	517 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	28.14	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	MXD3	Q9BW11	206 aa		28.14	■■■□□ 2.1
PTPRN-215	ENST00000484986	WNT10B	O00744	389 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	DGKZ	Q13574	1117 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	CSRNP1	Q96S65	589 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	RNF186	Q9NXI6	227 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	NF2	P35240	595 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	PAPPA2	Q9BXP8	1791 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	28.11	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	TRPA1	O75762	1119 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	BEND3	Q5T5X7	828 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	SPEF2	Q9C093	1822 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	CACNA1F	O60840	1977 aa		28.1	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	KLRK1	P26718	216 aa		28.1	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	GTF2I	P78347	998 aa		28.1	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	FOXO4	P98177	505 aa		28.1	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		28.1	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986		F6X3S4	739 aa		28.09	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	C15orf52	Q6ZUT6	534 aa	Known RBP	28.09	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	28.09	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	KIAA0825	Q8IV33	1275 aa		28.09	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	CD209	Q9NNX6	404 aa		28.09	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	28.08	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	28.08	■■■□□ 2.09
PTPRN-215	ENST00000484986	GRM8	O00222	908 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	SASH1	O94885	1247 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	RGS19	P49795	217 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	CASP8AP2	Q9UKL3	1982 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	TAF5L	O75529	589 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	28.05	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	MOB2	Q70IA6	237 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		28.05	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	28.05	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	28.05	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	28.04	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	IRS2	Q9Y4H2	1338 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	ALDH1L1	O75891	902 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	DLGAP5	Q15398	846 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	28.03	■■■□□ 2.08
PTPRN-215	ENST00000484986	SNAP23	O00161	211 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PTPRN-215	ENST00000484986	IL1R1	P14778	569 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PTPRN-215	ENST00000484986	FKBP1A	P62942	108 aa	Known RBP	28.01	■■■□□ 2.07
PTPRN-215	ENST00000484986	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PTPRN-215	ENST00000484986	SRCIN1	Q9C0H9	1055 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PTPRN-215	ENST00000484986	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		28.01	■■■□□ 2.07
PTPRN-215	ENST00000484986	ZNF646	O15015	1829 aa	Predicted RBP	28	■■■□□ 2.07
PTPRN-215	ENST00000484986	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		28	■■■□□ 2.07
PTPRN-215	ENST00000484986	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	28	■■■□□ 2.07

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