RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540960.1

CHD4-208, Transcript of chromodomain helicase DNA binding protein 4, human

TSL 5

Gene CHD4, Length 892 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHD4-208	ENST00000540960	CPNE2	Q96FN4	548 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TXNDC15	Q96J42	360 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	DERL3	Q96Q80	235 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	OR2M2	Q96R28	347 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	KLHDC3	Q9BQ90	382 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	PRRG4	Q9BZD6	226 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ULBP2	Q9BZM5	246 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	LINC00470	Q9BZP3	86 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	OCEL1	Q9H607	264 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ZNF703	Q9H7S9	590 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SEC61A2	Q9H9S3	476 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ABCB9	Q9NP78	766 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	MRPL22	Q9NWU5	206 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	MED29	Q9NX70	200 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SLCO1C1	Q9NYB5	712 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	FRRS1L	Q9P0K9	344 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	COMMD3	Q9UBI1	195 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	DAPK2	Q9UIK4	370 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ZNF175	Q9Y473	711 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	FAM215A	Q9Y5M1	114 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960		V9GY05	133 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	YLPM1	P49750	1951 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ARHGAP21	Q5T5U3	1957 aa		7.33	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960		A0A1B0GVI7	797 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TMEM269	A0A1B0GVZ9	245 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	C17orf51	A8MQB3	221 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SHISA8	B8ZZ34	492 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	AIP	O00170	330 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	CTDSP2	O14595	271 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TNFSF11	O14788	317 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SULT1B1	O43704	296 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	PFDN1	O60925	122 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	MTRF1	O75570	445 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	KRT33A	O76009	404 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ALX3	O95076	343 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	HLA-DOB	P13765	273 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	CPN1	P15169	458 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ZNF24	P17028	368 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SHC1	P29353	583 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	EIF1AX	P47813	144 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	PTH2R	P49190	550 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	HCCS	P53701	268 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	AP3S2	P59780	193 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	CAMK2D	Q13557	499 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	PYDC2	Q56P42	97 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	FAM27B	Q5VT28	67 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TRIQK	Q629K1	86 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	PYHIN1	Q6K0P9	492 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960		Q6ZNX1	250 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	FCRLA	Q7L513	359 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	CATSPERD	Q86XM0	798 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	KDM8	Q8N371	416 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	OR5M1	Q8NGP8	315 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	OR10D3	Q8NH80	312 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ST7L	Q8TDW4	575 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ABTB1	Q969K4	478 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	PHF21A	Q96BD5	680 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SLAMF6	Q96DU3	332 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	S100A16	Q96FQ6	103 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TRMT61A	Q96FX7	289 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ATF6B	Q99941	703 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TTTY12	Q9BZ98	90 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	BARHL1	Q9BZE3	327 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	HDHD2	Q9H0R4	259 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	RNF167	Q9H6Y7	350 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	NOX4	Q9NPH5	578 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	POLE4	Q9NR33	117 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SLC17A5	Q9NRA2	495 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	CYSLTR2	Q9NS75	346 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	CENPM	Q9NSP4	180 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ATPIF1	Q9UII2	106 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	OR52A1	Q9UKL2	312 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SPATA2	Q9UM82	520 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SIRT4	Q9Y6E7	314 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	FREM1	Q5H8C1	2179 aa		7.32	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	RAI1	Q7Z5J4	1906 aa	Predicted RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TRBV5-7	A0A0A0MS05	114 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960		A0A0A6YYH2	397 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TUBAL3	A6NHL2	446 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960		A6NJ64	397 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	IFITM5	A6NNB3	132 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	CENPX	A8MT69	81 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960		B4DXG7	233 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960		G3V3Y1	287 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960		J3QRK9	145 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	MRPL33	O75394	65 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	UBL3	O95164	117 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	CST2	P09228	141 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	ZNF708	P17019	499 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	FST	P19883	344 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TCEA1	P23193	301 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	PSMB10	P40306	273 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	PITPNB	P48739	271 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	CLDN15	P56746	228 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	PSMA6	P60900	246 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	RPS11	P62280	158 aa	Known RBP eCLIP	7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	OXA1L	Q15070	435 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	TAB1	Q15750	504 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	SLC25A35	Q3KQZ1	300 aa		7.31	□□□□□ -1.24
CHD4-208	ENST00000540960	UBE2NL	Q5JXB2	153 aa		7.31	□□□□□ -1.24

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