RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000549143.5

CS-215, Transcript of citrate synthase, human

TSL 2

Gene CS, Length 2,811 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CS-215	ENST00000549143	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		10.17	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	SCARF1	Q14162	830 aa		10.16	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	RASEF	Q8IZ41	740 aa		10.16	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	TJP1	Q07157	1748 aa		10.16	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	PDE8B	O95263	885 aa		10.16	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	CPA1	P15085	419 aa		10.16	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	NFKBIB	Q15653	356 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	GPR108	Q9NPR9	543 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	RAD50	Q92878	1312 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	HIP1	O00291	1037 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	HSPA4	P34932	840 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CS-215	ENST00000549143	ZAP70	P43403	619 aa		10.15	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		10.15	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	KBTBD3	Q8NAB2	608 aa		10.15	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	FBXO3	Q9UK99	471 aa		10.15	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	PHKA1	P46020	1223 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	WASHC4	Q2M389	1173 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	RBM8A	Q9Y5S9	174 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	APBA3	O96018	575 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	NLRP3	Q96P20	1036 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	RXRB	P28702	533 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	ADCK5	Q3MIX3	580 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	ZNF609	O15014	1411 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	DTNB	O60941	627 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	MCAM	P43121	646 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CHRND	Q07001	517 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	TXNRD1	Q16881	649 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CCDC102B	Q68D86	513 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	PROM2	Q8N271	834 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	JAKMIP1	Q96N16	626 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	NUP98	P52948	1817 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	ZKSCAN1	P17029	563 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	NFIX	Q14938	502 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	TAF6L	Q9Y6J9	622 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	ABCC12	Q96J65	1359 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	BCAM	P50895	628 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	ANAPC15	P60006	121 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	VPS53	Q5VIR6	699 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	LPIN2	Q92539	896 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CREB3L3	Q68CJ9	461 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	MAP4K1	Q92918	833 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	NYX	Q9GZU5	481 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CHMP5	Q9NZZ3	219 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	SLC5A1	P13866	664 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	TMX3	Q96JJ7	454 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	BTAF1	O14981	1849 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	NECTIN1	Q15223	517 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	SLC51A	Q86UW1	340 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CNBD1	Q8NA66	436 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	RNF113A	O15541	343 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	FOXD4L5	Q5VV16	416 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	FOXD4L4	Q8WXT5	416 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	OSBP2	Q969R2	916 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	SLC27A2	O14975	620 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	GYG1	P46976	350 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	VPS37D	Q86XT2	251 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	GYS1	P13807	737 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	RASGRF1	Q13972	1273 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	RNF20	Q5VTR2	975 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	UTRN	P46939	3433 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	FGFR2	P21802	821 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	AK2	P54819	239 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	PKP1	Q13835	747 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	HMG20B	Q9P0W2	317 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CS-215	ENST00000549143	ABCF2	Q9UG63	623 aa		10.09	□□□□□ -0.79

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 49 ms