RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000397204.8

CAPN3-208, Transcript of calpain 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene CAPN3, Length 1,237 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CAPN3-208	ENST00000397204	PGAP2	Q9UHJ9	254 aa		11.48	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	MAP2K2	P36507	400 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	TCIRG1	Q13488	830 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	TNIP1	Q15025	636 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	COPS6	Q7L5N1	327 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	NLRP10	Q86W26	655 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	MPND	Q8N594	471 aa		11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	ZC3H15	Q8WU90	426 aa	Known RBP	11.47	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	CACNA1S	Q13698	1873 aa		11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	ABCC4	O15439	1325 aa		11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	SNPH	O15079	494 aa		11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	PROSER3	Q2NL68	480 aa		11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	CIAPIN1	Q6FI81	312 aa		11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	TMC4	Q7Z404	712 aa		11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		11.46	□□□□□ -0.57
CAPN3-208	ENST00000397204	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		11.46	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	NUP98	P52948	1817 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	TRAF5	O00463	557 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	ANXA1	P04083	346 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	GMPS	P49915	693 aa	Predicted RBP	11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	RALBP1	Q15311	655 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	HHIPL1	Q96JK4	782 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	COL4A5	P29400	1685 aa		11.45	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	CHL1	O00533	1208 aa		11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	GRAP	Q13588	217 aa		11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	SLC51A	Q86UW1	340 aa		11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	ABHD8	Q96I13	439 aa		11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		11.44	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204		H7C1D1	291 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	CA12	O43570	354 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	RAD17	O75943	681 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	11.43	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	NECTIN2	Q92692	538 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	DPF2	Q92785	391 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	11.43	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		11.43	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	ST18	O60284	1047 aa		11.42	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	HIRA	P54198	1017 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	GRM1	Q13255	1194 aa		11.42	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		11.42	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		11.41	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	C2orf72	A6NCS6	295 aa		11.41	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	AOC2	O75106	756 aa		11.41	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	HOXB7	P09629	217 aa		11.41	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	11.41	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	NEUROD2	Q15784	382 aa		11.41	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	WASHC4	Q2M389	1173 aa		11.41	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	11.41	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	11.4	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		11.4	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	HYPK	Q9NX55	129 aa		11.4	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	LTBP1	Q14766	1721 aa		11.4	□□□□□ -0.58
CAPN3-208	ENST00000397204	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	YDJC	A8MPS7	323 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	HOXB3	P14651	431 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	RPS12	P25398	132 aa	Known RBP	11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	RGS19	P49795	217 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	USP48	Q86UV5	1035 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	RUNDC1	Q96C34	613 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	FAM89A	Q96GI7	184 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	11.39	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	C6orf229	H3BNL8	230 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	PSMD14	O00487	310 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	NOG	Q13253	232 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	KRT24	Q2M2I5	525 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	TMC2	Q8TDI7	906 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	CFAP44	Q96MT7	982 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	EYA3	Q99504	573 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	POLL	Q9UGP5	575 aa		11.38	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	POTEM	A6NI47	508 aa		11.37	□□□□□ -0.59
CAPN3-208	ENST00000397204	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		11.37	□□□□□ -0.59

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33 ms