RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	SLC22A31	A6NKX4	558 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658		E9PQ18	207 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	MSTN	O14793	375 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	GYPB	P06028	91 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	GNAO1	P09471	354 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	SPI1	P17947	270 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	HOXC12	P31275	282 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	SH3BGR	P55822	239 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	TGFBR3	Q03167	851 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	APOF	Q13790	326 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	HIST3H3	Q16695	136 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	CEACAM16	Q2WEN9	425 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	SLC25A35	Q3KQZ1	300 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	USP51	Q70EK9	711 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	LUZP2	Q86TE4	346 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC71	Q8IV32	467 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	FAM26E	Q8N5C1	309 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	OR10H5	Q8NGA6	315 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	CNIH3	Q8TBE1	160 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	STARD4	Q96DR4	205 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	CCDC120	Q96HB5	630 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	FOXB1	Q99853	325 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	OPN3	Q9H1Y3	402 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	MED20	Q9H944	212 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	SEC61A2	Q9H9S3	476 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	GPR35	Q9HC97	309 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	PLSCR4	Q9NRQ2	329 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF226	Q9NYT6	803 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	MALT1	Q9UDY8	824 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ERRFI1	Q9UJM3	462 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	POLR1D	Q9Y2S0	133 aa		10.5	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	POLE	Q07864	2286 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	SH3D21	A4FU49	640 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	FAM171A2	A8MVW0	826 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	DENR	O43583	198 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	GLCE	O94923	617 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	FARS2	O95363	451 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	CLU	P10909	449 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	CTLA4	P16410	223 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	NPR2	P20594	1047 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	MPG	P29372	298 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	FMO3	P31513	532 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	PYCR1	P32322	319 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	NTF4	P34130	210 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ATP6V1E1	P36543	226 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	TEK	Q02763	1124 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	STK11	Q15831	433 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	OCLN	Q16625	522 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	PHYHD1	Q5SRE7	291 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF362	Q5T0B9	420 aa	Predicted RBP	10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	C10orf128	Q5T292	105 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	C9orf135	Q5VTT2	229 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	SLC25A47	Q6Q0C1	308 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658		Q6ZT83	130 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	WDFY1	Q8IWB7	410 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	OR6V1	Q8N148	313 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF610	Q8N9Z0	462 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	BBS1	Q8NFJ9	593 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	RHOXF1	Q8NHV9	184 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	CA5BP1	Q8WTZ4	195 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF582	Q96NG8	517 aa	Predicted RBP	10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	TSSK2	Q96PF2	358 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	KCNN2	Q9H2S1	579 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	TAS2R16	Q9NYV7	291 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	WARS2	Q9UGM6	360 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	RALY	Q9UKM9	306 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	B9D1	Q9UPM9	204 aa		10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	COA3	Q9Y2R0	106 aa	Predicted RBP	10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	RPL36	Q9Y3U8	105 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	DIDO1	Q9BTC0	2240 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	IRGM	A1A4Y4	181 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	FAM90A27P	A6NNH2	459 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF99	A8MXY4	864 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	RPL36A-HNRNPH2	H7BZ11	118 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	FAM20B	O75063	409 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ENTPD6	O75354	484 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF823	P16415	610 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	IL32	P24001	234 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	LAP3	P28838	519 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	HTR1F	P30939	366 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ASCL1	P50553	236 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF133	P52736	654 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ISL1	P61371	349 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	POU4F2	Q12837	409 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	TMED1	Q13445	227 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	SGCA	Q16586	387 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	SLC25A30	Q5SVS4	291 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	AADACL4	Q5VUY2	407 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	KLHL24	Q6TFL4	600 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF813	Q6ZN06	617 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	MEPCE	Q7L2J0	689 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	BCDIN3D	Q7Z5W3	292 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZSCAN2	Q7Z7L9	614 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	ZBTB46	Q86UZ6	589 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	GLB1L2	Q8IW92	636 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	OR51L1	Q8NGJ5	315 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	NANOS1	Q8WY41	292 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	UBE2F	Q969M7	185 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	FOXN4	Q96NZ1	517 aa		10.48	□□□□□ -0.73
DDB1-223	ENST00000543658	HCAR1	Q9BXC0	346 aa		10.48	□□□□□ -0.73

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 34.7 ms