RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	YIPF3	Q9GZM5	350 aa		11.31	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	VCX3A	Q9NNX9	186 aa		11.31	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ACOT13	Q9NPJ3	140 aa		11.31	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF462	Q96JM2	2506 aa		11.31	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC22A20	A6NK97	555 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	RPL36A-HNRNPH2	H7BZ11	118 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529		J3QKU1	62 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	WDR1	O75083	606 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	AQP8	O94778	261 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CRH	P06850	196 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	LIMS3	P0CW19	117 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	LIMS4	P0CW20	117 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP6V1E1	P36543	226 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ACTC1	P68032	377 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ACTA1	P68133	377 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	MELK	Q14680	651 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	GUSBP1	Q15486	140 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	NRN1L	Q496H8	165 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	KCTD8	Q6ZWB6	473 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	RHOU	Q7L0Q8	258 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	AAED1	Q7RTV5	226 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC16A9	Q7RTY1	509 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	KCTD20	Q7Z5Y7	419 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	GLB1L2	Q8IW92	636 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	NOXO1	Q8NFA2	376 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	GMPPA	Q96IJ6	420 aa	Predicted RBP	11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	TSSK2	Q96PF2	358 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	EMC6	Q9BV81	110 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	PRRG4	Q9BZD6	226 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ISYNA1	Q9NPH2	558 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CHCHD3	Q9NX63	227 aa	Known RBP	11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	NDUFA13	Q9P0J0	144 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	KCNG2	Q9UJ96	466 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CAMK2A	Q9UQM7	478 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ERGIC3	Q9Y282	383 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF835	Q9Y2P0	537 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	SMG1	Q96Q15	3661 aa	Known RBP	11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CFAP46	Q8IYW2	2715 aa		11.3	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	MPDZ	O75970	2070 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	NCKAP5	O14513	1909 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529		A6NHS1	94 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	SS18L1	O75177	396 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC43A1	O75387	559 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CNOT4	O95628	575 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	TGM6	O95932	706 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	GYPB	P06028	91 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ADRA2A	P08913	450 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ATP6V1B1	P15313	513 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	MYL12A	P19105	171 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CSNK1A1	P48729	337 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CLRN1	P58418	232 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	RPS7	P62081	194 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	PIGF	Q07326	219 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ACSM1	Q08AH1	577 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CAMK2D	Q13557	499 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	GALE	Q14376	348 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	EIF2S3L	Q2VIR3	472 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	OR2A2	Q6IF42	318 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF627	Q7L945	461 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	SHF	Q7M4L6	423 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CISD2	Q8N5K1	135 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF454	Q8N9F8	522 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF485	Q8NCK3	441 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC26A10	Q8NG04	563 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	OR4F15	Q8NGB8	312 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	OR51G2	Q8NGK0	314 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	OR52N1	Q8NH53	320 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	FAM57A	Q8TBR7	257 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ABHD3	Q8WU67	409 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	MUL1	Q969V5	352 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	OTULIN	Q96BN8	352 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	SNRNP40	Q96DI7	357 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ZMYND19	Q96E35	227 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	COG8	Q96MW5	612 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CNN2	Q99439	309 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	TM9SF2	Q99805	663 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ERVK13-1	Q9NX77	482 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	LSM2	Q9Y333	95 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CAB39	Q9Y376	341 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM14A	Q9Y6G1	99 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	COMMD3-BMI1	R4GMX3	469 aa		11.29	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	MED12	Q93074	2177 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	MBD3L4	A6NDZ8	208 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	MBD3L3	A6NE82	208 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	MBD3L5	A6NJ08	208 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529		H7C1C5	153 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	MRPL33	O75394	65 aa	Known RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	SEC14L2	O76054	403 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	TF	P02787	698 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	QDPR	P09417	244 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	EDN3	P14138	238 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ALOX5AP	P20292	161 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	LAP3	P28838	519 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	PYCR1	P32322	319 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	TIMP3	P35625	211 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	LSM6	P62312	80 aa	Known RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	LCN6	P62502	163 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	ACSF3	Q4G176	576 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	CDC20B	Q86Y33	519 aa		11.28	□□□□□ -0.6
TRAF4-208	ENST00000469529	TUSC5	Q8IXB3	177 aa		11.28	□□□□□ -0.6

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