RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000629179.1

PNKP-223, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 4

Gene PNKP, Length 811 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-223	ENST00000629179	MS4A18	H0YCH9	400 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CLOCK	O15516	846 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CHP2	O43745	196 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SNX3	O60493	162 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SHOX2	O60902	331 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CD3E	P07766	207 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF43	P17038	809 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CLDN17	P56750	224 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	GNGT1	P63211	74 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	IL1RL1	Q01638	556 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	BSPH1	Q075Z2	132 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	GABRA6	Q16445	453 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	MS4A18	Q3C1V0	323 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SWT1	Q5T5J6	900 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	NIPAL3	Q6P499	406 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CPLX4	Q7Z7G2	160 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CARM1	Q86X55	608 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	C10orf53	Q8N6V4	93 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	POMGNT2	Q8NAT1	580 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	LILRB1	Q8NHL6	650 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	PROX1	Q92786	737 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	MUS81	Q96NY9	551 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	MOGAT1	Q96PD6	335 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	EPYC	Q99645	322 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	TMEM43	Q9BTV4	400 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ESRP2	Q9H6T0	727 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	EFCAB1	Q9HAE3	211 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	BEX4	Q9NWD9	120 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	NPAP1	Q9NZP6	1156 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	B3GAT1	Q9P2W7	334 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SLC7A7	Q9UM01	511 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	B3GALT5	Q9Y2C3	310 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ELOVL7	A1L3X0	281 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	TRAPPC13	A5PLN9	417 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	HS3ST1	O14792	307 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	KRT33A	O76009	404 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	HPR	P00739	348 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	IFNA14	P01570	189 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CDH2	P19022	906 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	MPG	P29372	298 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	KDELR2	P33947	212 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	LIPE	Q05469	1076 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	C1D	Q13901	141 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	MFSD13A	Q14CX5	517 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	LRRC23	Q53EV4	343 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CYBRD1	Q53TN4	286 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	OR7E24	Q6IFN5	339 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	C20orf204	Q6ZNR8	217 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ARPIN	Q7Z6K5	226 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	WDR31	Q8NA23	367 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	OR6S1	Q8NH40	331 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	AKAP1	Q92667	903 aa	Known RBP eCLIP	12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	NEUROG1	Q92886	237 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SLC41A3	Q96GZ6	507 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CCL19	Q99731	98 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	C1QTNF6	Q9BXI9	259 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	AMBRA1	Q9C0C7	1298 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	NSRP1	Q9H0G5	558 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	PCDHAC1	Q9H158	963 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	BAG5	Q9UL15	447 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	RNF115	Q9Y4L5	304 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SLC25A15	Q9Y619	301 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	NME4	O00746	187 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	UPK3A	O75631	287 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF432	O94892	652 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	HLA-DOB	P13765	273 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	NQO1	P15559	274 aa	Known RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	OR1E2	P47887	323 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	NUDT2	P50583	147 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF83	P51522	516 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SLC7A2	P52569	658 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	PMS2P3	Q13401	168 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	C8orf82	Q6P1X6	216 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	TTC33	Q6PID6	262 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	DEF8	Q6ZN54	512 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	LINGO2	Q7L985	606 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ADPRHL1	Q8NDY3	354 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	PIGT	Q969N2	578 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	TPD52L3	Q96J77	140 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	HOPX	Q9BPY8	73 aa	Predicted RBP	12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ASPN	Q9BXN1	380 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SLC17A5	Q9NRA2	495 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	AP3M1	Q9Y2T2	418 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CORIN	Q9Y5Q5	1042 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	RTTN	Q86VV8	2226 aa		12.47	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	LOC102725191	A0A1B0GVB3	256 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ZNF587B	E7ETH6	402 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	KPNA4	O00629	521 aa	Predicted RBP	12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	TRAF3IP2	O43734	574 aa	Predicted RBP	12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SMPD2	O60906	423 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	CH25H	O95992	272 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ADAM8	P78325	824 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SLC25A3	Q00325	362 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	TGFBR3	Q03167	851 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	FOXD4	Q12950	439 aa	Predicted RBP	12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ADAM5	Q6NVV9	412 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	HACD2	Q6Y1H2	254 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	SSX8	Q7RTT4	187 aa		12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	ABHD12B	Q7Z5M8	362 aa	Predicted RBP	12.46	□□□□□ -0.41
PNKP-223	ENST00000629179	TGIF2LY	Q8IUE0	185 aa		12.46	□□□□□ -0.41

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