RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000427110.6

PTPRC-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type C, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRC, Length 264 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRC-208	ENST00000427110	RARA	P10276	462 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	CPB1	P15086	417 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	TRIP4	Q15650	581 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	HFE2	Q6ZVN8	426 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	MICALL1	Q8N3F8	863 aa		4.58	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	JPH1	Q9HDC5	661 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	4.58	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	ZBTB42	B2RXF5	422 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	BRD2	P25440	801 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PLAUR	Q03405	335 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	MTMR3	Q13615	1198 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PSAPL1	Q6NUJ1	521 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	C20orf204	Q6ZNR8	217 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	FAM35A	Q86V20	835 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	ATCAY	Q86WG3	371 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	GPR152	Q8TDT2	470 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	SPOCK3	Q9BQ16	436 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	KCNMB2	Q9Y691	235 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PROC	P04070	461 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	NID1	P14543	1247 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	ZAP70	P43403	619 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	CHRNA4	P43681	627 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	DHX32	Q7L7V1	743 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	CD163	Q86VB7	1156 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	COL26A1	Q96A83	441 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	NSUN5	Q96P11	429 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	NOP53	Q9NZM5	478 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	C1QTNF9B	B2RNN3	333 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110		J3QW42	95 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	MSTN	O14793	375 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	MMP20	O60882	483 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	MAP3K6	O95382	1288 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PERM1	Q5SV97	790 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	STIM2	Q9P246	746 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PIK3R2	O00459	728 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	LILRB5	O75023	590 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	RGS9	O75916	674 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	EIF2AK2	P19525	551 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	SSFA2	P28290	1259 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	GRIK4	Q16099	956 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PHLDB3	Q6NSJ2	640 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	LPIN3	Q9BQK8	851 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	ANO2	Q9NQ90	1003 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110		A6NHS1	94 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	EGFR	P00533	1210 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	MPST	P25325	297 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	GPLD1	P80108	840 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF211	Q13398	564 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	COL13A1	Q5TAT6	717 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	ELMSAN1	Q6PJG2	1045 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	DMRTC2	Q8IXT2	367 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PIK3R5	Q8WYR1	880 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	SMG9	Q9H0W8	520 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	PRDM6	Q9NQX0	595 aa		4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
PTPRC-208	ENST00000427110	ABL1	P00519	1130 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	IGHA1	P01876	353 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	PSAP	P07602	524 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	SPATA31C1	P0DKV0	1188 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	PRRT3	Q5FWE3	981 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	SHISA2	Q6UWI4	295 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	NLRP13	Q86W25	1043 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	HELQ	Q8TDG4	1101 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	EDEM1	Q92611	657 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	EFCC1	Q9HA90	598 aa		4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	TNFRSF11A	Q9Y6Q6	616 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110		A0A0A0MRY4	1105 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	FURIN	P09958	794 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	PDIA4	P13667	645 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	BAG6	P46379	1132 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	EIF1AX	P47813	144 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	NRL	P54845	237 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	GRIK5	Q16478	980 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	ALYREF	Q86V81	257 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	ABTB2	Q8N961	1025 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	PLD4	Q96BZ4	506 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	TMEM63C	Q9P1W3	806 aa		4.51	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	SPDYE3	A6NKU9	549 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	APBA3	O96018	575 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	SIK1	P57059	783 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	ATP11A	P98196	1134 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	DOC2B	Q14184	412 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	SUZ12	Q15022	739 aa	Known RBP	4.5	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	RETREG2	Q8NC44	543 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		4.5	□□□□□ -1.69
PTPRC-208	ENST00000427110	C11orf16	Q9NQ32	467 aa		4.5	□□□□□ -1.69

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