RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540445.5

LMO3-222, Transcript of LIM domain only 3, human

TSL 2 BASIC

Gene LMO3, Length 906 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LMO3-222	ENST00000540445	CCDC93	Q567U6	631 aa		11.72	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	SUSD4	Q5VX71	490 aa		11.72	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	CFAP44	Q96MT7	982 aa		11.72	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	TAF1	P21675	1872 aa		11.72	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	ANP32C	O43423	234 aa		11.71	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	NTSR2	O95665	410 aa		11.71	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		11.71	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	SMC1B	Q8NDV3	1235 aa		11.71	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		11.71	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	DDX21	Q9NR30	783 aa	Known RBP eCLIP	11.71	□□□□□ -0.53
LMO3-222	ENST00000540445	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	11.71	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	GNAI1	P63096	354 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	CCDC184	Q52MB2	194 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	PARP10	Q53GL7	1025 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	OLFM4	Q6UX06	510 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	NLRP3	Q96P20	1036 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	MBIP	Q9NS73	344 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	11.7	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	COL4A5	P29400	1685 aa		11.69	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	PCNT	O95613	3336 aa		11.69	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	HTRA3	P83110	453 aa		11.69	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		11.69	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	DDN	O94850	711 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	HOXB7	P09629	217 aa		11.68	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	TCIRG1	Q13488	830 aa		11.68	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		11.68	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		11.68	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	MRS2	Q9HD23	443 aa		11.68	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	IFT57	Q9NWB7	429 aa		11.68	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	HYPK	Q9NX55	129 aa		11.68	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF853	P0CG23	659 aa		11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	SYNE4	Q8N205	404 aa		11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF428	Q96B54	188 aa		11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	KLRG1	Q96E93	195 aa		11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	PSMD1	Q99460	953 aa		11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF277	Q9NRM2	450 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	11.67	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	LTBP1	Q14766	1721 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF541	Q9H0D2	1346 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	SLC51A	Q86UW1	340 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	NLRP10	Q86W26	655 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	JMY	Q8N9B5	988 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	FZD9	O00144	591 aa		11.65	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	POTEI	P0CG38	1075 aa		11.65	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	POTEJ	P0CG39	1038 aa		11.65	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		11.65	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		11.65	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
LMO3-222	ENST00000540445	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		11.64	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		11.64	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		11.64	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		11.64	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	JDP2	Q8WYK2	163 aa		11.64	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	TAF1D	Q9H5J8	278 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	CACNA1F	O60840	1977 aa		11.64	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	GOLGA2	Q08379	1002 aa		11.63	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		11.63	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	CHADL	Q6NUI6	762 aa		11.63	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	WWC1	Q8IX03	1113 aa		11.63	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	FAM89A	Q96GI7	184 aa		11.63	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	TRPM7	Q96QT4	1865 aa		11.63	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	ABCC4	O15439	1325 aa		11.62	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	COL4A1	P02462	1669 aa		11.62	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	IQCA1L	A6NCM1	817 aa		11.62	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	BBOX1	O75936	387 aa		11.62	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	CCDC27	Q2M243	656 aa		11.62	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	IFFO2	Q5TF58	517 aa		11.62	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		11.62	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		11.62	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	MYH3	P11055	1940 aa		11.61	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	LDHD	Q86WU2	507 aa		11.61	□□□□□ -0.55
LMO3-222	ENST00000540445	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		11.61	□□□□□ -0.55

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