RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476590.1

CD55-208, Transcript of CD55 molecule (Cromer blood group), human

TSL 1 (best)

Gene CD55, Length 2,163 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CD55-208	ENST00000476590	PPFIA2	O75334	1257 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	MAGEA8	P43361	318 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	WWC2	Q6AWC2	1192 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	KRBA2	Q6ZNG9	492 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	DPH6	Q7L8W6	267 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	FMNL3	Q8IVF7	1028 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	ACRBP	Q8NEB7	543 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	ZNF397	Q8NF99	534 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	UBXN4	Q92575	508 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	TBC1D32	Q96NH3	1257 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	CRBN	Q96SW2	442 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	RBSN	Q9H1K0	784 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	RANBP17	Q9H2T7	1088 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	GOPC	Q9HD26	462 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	C21orf2	O43822	256 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	TPM1	P09493	284 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	FOXD4	Q12950	439 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	GPS2	Q13227	327 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	PDE3B	Q13370	1112 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	C20orf194	Q5TEA3	1177 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	TTC19	Q6DKK2	380 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	PPM1E	Q8WY54	764 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	PCMTD1	Q96MG8	357 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	MAF1	Q9H063	256 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	MAP3K1	Q13233	1512 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	IL16	Q14005	1332 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	PPFIA4	O75335	1185 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	SMC2	O95347	1197 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	SKIL	P12757	684 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	SSFA2	P28290	1259 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	DDIT3	P35638	169 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	RWDD2B	P57060	319 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	TRIM74	Q86UV6	250 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	TRIM73	Q86UV7	250 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	ATL2	Q8NHH9	583 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	FAXDC2	Q96IV6	333 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	C8orf37	Q96NL8	207 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	SH3GL3	Q99963	347 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	CPSF2	Q9P2I0	782 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	LCMT1	Q9UIC8	334 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	CP	P00450	1065 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	FAM163B	P0C2L3	166 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	NUCB2	P80303	420 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	BMS1	Q14692	1282 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	RAB3GAP1	Q15042	981 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	CDC37	Q16543	378 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	NAIF1	Q69YI7	327 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	IQUB	Q8NA54	791 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	GOLGA5	Q8TBA6	731 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	MIEF2	Q96C03	454 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	SNRK	Q9NRH2	765 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	ZNF232	Q9UNY5	417 aa		4.9	□□□□□ -1.62
CD55-208	ENST00000476590	ZMYM3	Q14202	1370 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	TPM4	P67936	248 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	PDCD2	Q16342	344 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	FBXO18	Q8NFZ0	1043 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	CCDC26	Q8TAB7	109 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	GPT2	Q8TD30	523 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	CCDC102A	Q96A19	550 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	CNTNAP3B	Q96NU0	1288 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	CNTNAP3	Q9BZ76	1288 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	VEZT	Q9HBM0	779 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	CHCHD3	Q9NX63	227 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	SMTNL1	A8MU46	457 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	GPR37	O15354	613 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	NEBL	O76041	1014 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	USP8	P40818	1118 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	NAP1L1	P55209	391 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	ZNF280D	Q6N043	979 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	CLEC17A	Q6ZS10	378 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	NUTM1	Q86Y26	1132 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	HSCB	Q8IWL3	235 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	GIMAP7	Q8NHV1	300 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	4.89	□□□□□ -1.63	3e-11	■□□□□ 9.3
CD55-208	ENST00000476590	GLMN	Q92990	594 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	ZNF396	Q96N95	335 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	PRR14	Q9BWN1	585 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590		V9GYY5	206 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	TONSL	Q96HA7	1378 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CD55-208	ENST00000476590	PES1	O00541	588 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63

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