RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000003302.8

USP28-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 28, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene USP28, Length 4,669 nt, Biotype protein coding.

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28-201ENST00000003302 PCNX3Q9H6A9 2034 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 FAM170BA6NMN3 283 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 FAAHO00519 579 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 HCRTR1O43613 425 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ELK1P19419 428 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 SLC1A3P43003 542 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 CDK3Q00526 305 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 NOGQ13253 232 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 TOR1AIP1Q5JTV8 583 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ZDHHC20Q5W0Z9 365 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ETFBKMTQ8IXQ9 262 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 C12orf66Q96MD2 445 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 DEPDC7Q96QD5 511 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 C11orf49Q9H6J7 331 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 GIMAP4Q9NUV9 329 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 COQ3Q9NZJ6 369 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 LRRN3E7EW58 273 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 MID1O15344 667 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 APOA1P02647 267 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ADRB1P08588 477 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ADH5P11766 374 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 PTHLHP12272 177 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 LAG3P18627 525 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 CAMK2BQ13554 666 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 BEST4Q8NFU0 473 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ZNF707Q96C28 371 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 POLDIP3Q9BY77 421 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 LRRN3Q9H3W5 708 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 FKRPQ9H9S5 495 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 PRDM7Q9NQW5 492 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 MOSPD1Q9UJG1 213 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 MGAT4BQ9UQ53 548 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 RPL36Q9Y3U8 105 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 PCDHGB2Q9Y5G2 931 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 IQCMA0A1B0GVH7 501 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 GRXCR1A8MXD5 290 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 CASKO14936 926 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 CCL5P13501 91 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ALAS2P22557 587 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 NNMTP40261 264 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ZNF544Q6NX49 715 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 CPOQ8IVL8 374 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 OR7G2Q8NG99 324 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ZNRF4Q8WWF5 429 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 DIO2Q92813 273 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 RAD51AP1Q96B01 352 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 TIFAQ96CG3 184 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 SECISBP2Q96T21 854 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 CAPN10Q9HC96 672 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ANKHQ9HCJ1 492 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 TRPV5Q9NQA5 729 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ASB4Q9Y574 426 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 PEX12O00623 359 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 SCO1O75880 301 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 RAB36O95755 333 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 SHC1P29353 583 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 SLC25A35Q3KQZ1 300 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 LAPTM4BQ86VI4 370 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 RDH10Q8IZV5 341 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 MRPL43Q8N983 215 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ACOT4Q8N9L9 421 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 C9orf43Q8TAL5 461 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 PIK3R3Q92569 461 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 SAMD8Q96LT4 415 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 NKX3-1Q99801 234 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ARHGAP9Q9BRR9 750 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 CCDC32Q9BV29 185 aa10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 MRPS2Q9Y399 296 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 MN1Q10571 1320 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 CENPXA8MT69 81 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 A8MVJ9 347 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ISM1B1AKI9 464 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 GABRPO00591 440 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 AK4P27144 223 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 TIE1P35590 1138 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 DEFA1P59665 94 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 DEFA3P59666 94 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 BNC1Q01954 994 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 IL18Q14116 193 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 FAM209AQ5JX71 171 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ENTPD8Q5MY95 495 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 THOC7Q6I9Y2 204 aaKnown RBP9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 OR4C11Q6IEV9 310 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 PLBD1Q6P4A8 553 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 QSOX2Q6ZRP7 698 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 METTL3Q86U44 580 aaKnown RBP9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 TMEM52Q8NDY8 209 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 DNAJA3Q96EY1 480 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 OR7D2Q96RA2 312 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 ZNF559Q9BR84 538 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 RPP25Q9BUL9 199 aaKnown RBP9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 DPH1Q9BZG8 443 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 RNF121Q9H920 327 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 H3BSH0 61 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 UBXN7O94888 489 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 CXCL3P19876 107 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 HNRNPA1L2Q32P51 320 aaKnown RBP9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 YIF1BQ5BJH7 314 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 METRNLQ641Q3 311 aa9.99□□□□□ -0.81
USP28-201ENST00000003302 MARCH9Q86YJ5 346 aa9.99□□□□□ -0.81
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.9 ms