RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000461520.5

USP54-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene USP54, Length 1,212 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-208ENST00000461520 EPORP19235 508 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CD22P20273 847 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CERS1P27544 350 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 PPP2R1BP30154 601 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 SERPINB1P30740 379 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 PTGER1P34995 402 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 IRF8Q02556 426 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CAV1Q03135 178 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 STX4Q12846 297 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CHIT1Q13231 466 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 BMPR2Q13873 1038 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 KBTBD12Q3ZCT8 623 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CMPK2Q5EBM0 449 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 FBXO48Q5FWF7 155 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 TMEM211Q6ICI0 200 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ADNP2Q6IQ32 1131 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ARHGAP11AQ6P4F7 1023 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 HSDL2Q6YN16 418 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 RGS9BPQ6ZS82 235 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 MDGA2Q7Z553 956 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CLNKQ7Z7G1 428 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CTAGE3PQ8IX95 158 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 LAS2Q8IYD9 372 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 BOLLQ8N9W6 283 aaKnown RBP6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 PSD4Q8NDX1 1056 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 OR5L2Q8NGL0 311 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 OR14A16Q8NHC5 309 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ZNF473Q8WTR7 871 aaKnown RBP6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CA5BP1Q8WTZ4 195 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 PTPMT1Q8WUK0 201 aaPredicted RBP6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 SLC9A6Q92581 669 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 JADE3Q92613 823 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ESAMQ96AP7 390 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 F2RL3Q96RI0 385 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 RASL10BQ96S79 203 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CSF3RQ99062 836 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 MS4A8Q9BY19 250 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 C11orf54Q9H0W9 315 aaPredicted RBP6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 DPH5Q9H2P9 285 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 HPF1Q9NWY4 346 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 GRHL1Q9NZI5 618 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 COQ3Q9NZJ6 369 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 NUDT4Q9NZJ9 180 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ERVK-11Q9UQG0 969 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 UTP11Q9Y3A2 253 aaKnown RBP6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 SPACA6W5XKT8 324 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 NF1P21359 2839 aa6.7□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 DCHS2Q6V1P9 2916 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CCDC189A1A4V9 331 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 C17orf105B2RV13 164 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 C19orf84I3L1E1 186 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 K7EPI3 171 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ZNHIT1O43257 154 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CDC40O60508 579 aaKnown RBP eCLIP6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 KERAO60938 352 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 SCELO95171 688 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 TPOP07202 933 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 SBK3P0C264 359 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 TNNI3P19429 210 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 HIST1H1TP22492 207 aaPredicted RBP6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ATP5A1P25705 553 aaKnown RBP6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CRABP2P29373 138 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 SSTR2P30874 369 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 STX2P32856 288 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 RFC3P40938 356 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 MSH2P43246 934 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ARFIP1P53367 373 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 GPX6P59796 221 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CTXN1P60606 82 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 MRPS25P82663 173 aaKnown RBP6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 BIKQ13323 160 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 NAB1Q13506 487 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ACAP2Q15057 778 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 AP5B1Q2VPB7 878 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 TMEM35AQ53FP2 167 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 DEPDC1Q5TB30 811 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 NDUFAF5Q5TEU4 345 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 MED27Q6P2C8 311 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 IL20RBQ6UXL0 311 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 C3P1Q6ZMU1 363 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ZNF793Q6ZN11 406 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 NCCRP1Q6ZVX7 275 aaPredicted RBP6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 RAPH1Q70E73 1250 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CCDC91Q7Z6B0 441 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 TBC1D1Q86TI0 1168 aaPredicted RBP6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ISCA2Q86U28 154 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ACOT4Q8N9L9 421 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ACBD4Q8NC06 268 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 SLC2A12Q8TD20 617 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 UBTD2Q8WUN7 234 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 C14orf79Q96F83 325 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 CMTM7Q96FZ5 175 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 SGCZQ96LD1 299 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ATOH8Q96SQ7 321 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 MAPKAP1Q9BPZ7 522 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 OR8D2Q9GZM6 311 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 RAB17Q9H0T7 212 aa6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 TP63Q9H3D4 680 aaPredicted RBP6.69□□□□□ -1.34
USP54-208ENST00000461520 ALG9Q9H6U8 611 aa6.69□□□□□ -1.34
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 10.5 ms