RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514110.5

SNHG4-208, Transcript of small nucleolar RNA host gene 4, human

TSL 1 (best)

Gene SNHG4, Length 679 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleoplasm .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SNHG4-208	ENST00000514110	CASQ1	P31415	396 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	GALNS	P34059	522 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	FBXW4	P57775	412 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	SLC7A5	Q01650	507 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	UAP1	Q16222	522 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	RIPPLY2	Q5TAB7	128 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	BICRAL	Q6AI39	1079 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	SEM1	Q6ZVN7	128 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	WDR53	Q7Z5U6	358 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	NUDT13	Q86X67	352 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	ULK2	Q8IYT8	1036 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	PLD6	Q8N2A8	252 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	C17orf53	Q8N3J3	647 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF441	Q8N8Z8	693 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	OR52B6	Q8NGF0	335 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	NEIL3	Q8TAT5	605 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	DOHH	Q9BU89	302 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	WDR41	Q9HAD4	459 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	ZDHHC18	Q9NUE0	388 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF358	Q9NW07	568 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	TEX10	Q9NXF1	929 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	QPCTL	Q9NXS2	382 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	PSD3	Q9NYI0	1048 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SNHG4-208	ENST00000514110	ZWINT	O95229	277 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	CLDN9	O95484	217 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	GDF1	P27539	372 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TYK2	P29597	1187 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	DNAJA1	P31689	397 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ART1	P52961	327 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	WNT3	P56703	355 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	DUSP8	Q13202	625 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SLC25A35	Q3KQZ1	300 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TECRL	Q5HYJ1	363 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	OR52E8	Q6IFG1	317 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	KLC3	Q6P597	504 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ARSK	Q6UWY0	536 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF572	Q7Z3I7	529 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TAGAP	Q8N103	731 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	LIX1	Q8N485	282 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PTGR2	Q8N8N7	351 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	NAXE	Q8NCW5	288 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	MYRIP	Q8NFW9	859 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	DIO2	Q92813	273 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF597	Q96LX8	424 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SERPINI1	Q99574	410 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	NOL11	Q9H8H0	719 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SLC24A3	Q9HC58	644 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PCDHGB3	Q9Y5G1	929 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TNPO3	Q9Y5L0	923 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	MED13L	Q71F56	2210 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ARHGAP21	Q5T5U3	1957 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	C15orf38-AP3S2	A0A0A6YYH1	394 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ANKRD33B	A6NCL7	494 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	FAM47E-STBD1	D6RA91	191 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TP53I11	O14683	189 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SEMA3D	O95025	777 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ACSL3	O95573	720 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	KLK1	P06870	262 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PIK3R1	P27986	724 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ARL1	P40616	181 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SERPINB8	P50452	374 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	CCNG1	P51959	295 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ETF1	P62495	437 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	FUT7	Q11130	342 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TRAF3	Q13114	568 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	RPS6KA2	Q15349	733 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	FNDC7	Q5VTL7	733 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TMEM198	Q66K66	360 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	METTL2B	Q6P1Q9	378 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SYT10	Q6XYQ8	523 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	RPS27L	Q71UM5	84 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	GALNT12	Q8IXK2	581 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ZZZ3	Q8IYH5	903 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PRR22	Q8IZ63	422 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF615	Q8N8J6	731 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	RELL2	Q8NC24	303 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TNIP2	Q8NFZ5	429 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	SPPL2A	Q8TCT8	520 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ATP6V1E2	Q96A05	226 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ADIPOR1	Q96A54	375 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TP53INP1	Q96A56	240 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	PHF21B	Q96EK2	531 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	RILP	Q96NA2	401 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	NSUN5	Q96P11	429 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	TIMP4	Q99727	224 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ANGPTL4	Q9BY76	406 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	OR10A5	Q9H207	317 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	VPS11	Q9H270	941 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ACSS3	Q9H6R3	686 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	ZBTB26	Q9HCK0	441 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	RYDEN	Q9NUL5	291 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	DNAJB12	Q9NXW2	375 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	NINJ2	Q9NZG7	142 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	B4GALT7	Q9UBV7	327 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	DTX4	Q9Y2E6	619 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	NPFFR2	Q9Y5X5	522 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	NIN	Q8N4C6	2090 aa		11.18	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110		A0A1B0GTL3	188 aa		11.18	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	HSPB2	A8KAH6	182 aa		11.18	□□□□□ -0.62
SNHG4-208	ENST00000514110	CAPN14	A8MX76	684 aa		11.18	□□□□□ -0.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 52.3 ms